(R)-2-[(benzyloxy-formyl-amino)-methyl]-pentanoic acid | 944030-56-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (R)-2-[(benzyloxy-formyl-amino)-methyl]-pentanoic acid
• 英文别名: (R)-2-[(Benzyloxy-formyl-amino)-methyl]-pentanoic acid；(2R)-2-[[formyl(phenylmethoxy)amino]methyl]pentanoic acid
• CAS: 944030-56-2
• 化学式: C₁₄H₁₉NO₄
• 分子量: 265.309
• InChiKey: IYPZTKGXSKSNMT-CYBMUJFWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.2
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  66.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-2-[(benzyloxy-formyl-amino)-methyl]-pentanoic acid 、 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N-[[[(2R)-2-[[formyl(hydroxy)amino]methyl]pentanoyl]amino]methyl]-7-methoxy-1-benzofuran-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  骨形态发生蛋白1的反向异羟肟酸酯抑制剂。

  摘要：

  抑制骨形态发生蛋白1（BMP1）是一种治疗纤维化的潜在方法，因为需要BMP1（锌金属蛋白酶家族的成员）才能将前胶原转化为胶原蛋白。发现了一类新型的异羟肟酸酯BMP1抑制剂，并获得了与BMP1的共晶结构。观察到的结合模式是独特的，因为小分子占据了金属蛋白酶口袋的非主要部分，从而提供了建立金属蛋白酶选择性的机会。初始命中的结构指导修饰导致鉴定了口服体内对其他金属蛋白酶具有选择性的工具化合物。由于针对该化学类别的细胞色素P450 3A4具有不可逆的抑制作用，因此可以通过优化皮下注射系列来管理潜在药物相互作用的风险。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.8b00173
• 作为产物：
  描述：

  在 四丁基氢氧化铵 、 N,N'-羰基二咪唑 作用下， 以 2-甲基四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 (R)-2-[(benzyloxy-formyl-amino)-methyl]-pentanoic acid
  参考文献：
  名称：

  骨形态发生蛋白1的反向异羟肟酸酯抑制剂。

  摘要：

  抑制骨形态发生蛋白1（BMP1）是一种治疗纤维化的潜在方法，因为需要BMP1（锌金属蛋白酶家族的成员）才能将前胶原转化为胶原蛋白。发现了一类新型的异羟肟酸酯BMP1抑制剂，并获得了与BMP1的共晶结构。观察到的结合模式是独特的，因为小分子占据了金属蛋白酶口袋的非主要部分，从而提供了建立金属蛋白酶选择性的机会。初始命中的结构指导修饰导致鉴定了口服体内对其他金属蛋白酶具有选择性的工具化合物。由于针对该化学类别的细胞色素P450 3A4具有不可逆的抑制作用，因此可以通过优化皮下注射系列来管理潜在药物相互作用的风险。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.8b00173

文献信息

• PDF INHIBITORS
  申请人：Pichota Arkadius

  公开号：US20090318445A1

  公开（公告）日：2009-12-24

  The invention relates to novel compounds that are inhibitors of peptidyl deformylase (PDF). The compounds are useful as antimicrobials and antibiotics. The compounds of the invention display selective inhibition of peptidyl deformylase versus other metalloproteinases such as MMPs. Methods of preparation and uses of the compounds are also disclosed.

  本发明涉及一种新型化合物，它们是肽变形酶（PDF）的抑制剂。这些化合物可用作抗微生物和抗生素。本发明的化合物具有选择性地抑制肽变形酶而不是其他金属蛋白酶，如MMPs。还公开了化合物的制备方法和用途。
• Peptide deformylase inhibitors of Mycobacterium tuberculosis: Synthesis, structural investigations, and biological results
  作者：Arkadius Pichota、Jeyaraj Duraiswamy、Zheng Yin、Thomas H. Keller、Jenefer Alam、Sarah Liung、Gladys Lee、Mei Ding、Gang Wang、Wai Ling Chan、Mark Schreiber、Ida Ma、David Beer、Xinyi Ngew、Kakoli Mukherjee、Mahesh Nanjundappa、Jeanette W.P. Teo、Pamela Thayalan、Amelia Yap、Thomas Dick、Wuyi Meng、Mei Xu、James Koehn、Shi-Hao Pan、Kirk Clark、Xiaoling Xie、Carolyn Shoen、Michael Cynamon

  DOI：10.1016/j.bmcl.2008.10.040

  日期：2008.12

  Bacterial peptide deformylase (PDF) belongs to a subfamily of metalloproteases catalyzing the removal of the N-terminal formyl group from newly synthesized proteins. We report the synthesis and biological activity of highly potent inhibitors of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) PDF enzyme as well as the first X-ray crystal structure of Mtb PDF. Structure-activity relationship and crystallographic data clarified the structural requirements for high enzyme potency and cell based potency. Activities against single and multi-drug-resistant Mtb strains are also reported.
• Reverse Hydroxamate Inhibitors of Bone Morphogenetic Protein 1
  作者：Lara S. Kallander、David Washburn、Mark A. Hilfiker、Hilary Schenck Eidam、Brian G. Lawhorn、Joanne Prendergast、Ryan Fox、Sarah Dowdell、Sharada Manns、Tram Hoang、Steve Zhao、Guosen Ye、Marlys Hammond、Dennis A. Holt、Theresa Roethke、Xuan Hong、Robert A. Reid、Robert Gampe、Hong Zhang、Elsie Diaz、Alan R. Rendina、Amy M. Quinn、Bob Willette

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.8b00173

  日期：2018.7.12

  Bone Morphogenetic Protein 1 (BMP1) inhibition is a potential method for treating fibrosis because BMP1, a member of the zinc metalloprotease family, is required to convert pro-collagen to collagen. A novel class of reverse hydroxamate BMP1 inhibitors was discovered, and cocrystal structures with BMP1 were obtained. The observed binding mode is unique in that the small molecule occupies the nonprime

  抑制骨形态发生蛋白1（BMP1）是一种治疗纤维化的潜在方法，因为需要BMP1（锌金属蛋白酶家族的成员）才能将前胶原转化为胶原蛋白。发现了一类新型的异羟肟酸酯BMP1抑制剂，并获得了与BMP1的共晶结构。观察到的结合模式是独特的，因为小分子占据了金属蛋白酶口袋的非主要部分，从而提供了建立金属蛋白酶选择性的机会。初始命中的结构指导修饰导致鉴定了口服体内对其他金属蛋白酶具有选择性的工具化合物。由于针对该化学类别的细胞色素P450 3A4具有不可逆的抑制作用，因此可以通过优化皮下注射系列来管理潜在药物相互作用的风险。