3,5-di-O-benzyl-4-C-(hydroxymethyl)-1,2-di-O-isopropylidene-3-C-vinyl-α-D-ribofuranose | 879546-88-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3,5-di-O-benzyl-4-C-(hydroxymethyl)-1,2-di-O-isopropylidene-3-C-vinyl-α-D-ribofuranose
• 英文别名: 3,5-di-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-3-C-vinyl-α-D-ribofuranose；[(3aR,5R,6S,6aR)-6-ethenyl-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)-3a,6a-dihydrofuro[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]methanol
• CAS: 879546-88-0
• 化学式: C₂₅H₃₀O₆
• 分子量: 426.51
• InChiKey: HRNXZXFCVLHBHT-HFOXQMJASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.7
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  66.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3,5-di-O-benzyl-4-C-(hydroxymethyl)-1,2-di-O-isopropylidene-3-C-vinyl-α-D-ribofuranose 在 4-二甲氨基吡啶 、 borane-1,4-oxathiane 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 3,5-Di-O-benzyl-3-C-hydroxyethyl-1,2-O-isopropylidene-4-C-(p-toluenesulfonyloxymethyl)-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  具有典型S型糖构象的反式-3'，4'-桥联核酸的合成及性能

  摘要：

  具有构象受限的糖部分的核苷类似物的合成是非常令人感兴趣的。本研究描述了在4,2-二氧杂双环[4.3.0]壬烷骨架和C2'位置有甲氧基的BNA（桥联核酸）单体1和2的合成。构象分析表明这些单体的糖部分被限制在典型的S型构象中。难以合成核糖型单体1的亚磷酰胺衍生物，而成功地制备了阿拉伯糖型单体2的亚磷酰胺并掺入到寡脱氧核苷酸（ODN）中。所获得的含有2个ODN衍生物的杂交能力通过熔融温度（T m）测量来评估具有互补链的链。结果，尽管双链体的稳定性低于相应的天然DNA / DNA或DNA / RNA双链体的稳定性，但ODN衍生物与DNA和RNA的互补序列互补。

  DOI：

  10.1021/jo051187l
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6R,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((R)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl)-2,2-dimethyl-6-vinyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole 在 sodium hydroxide 、 sodium periodate 、 sodium hydride 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 23.25h， 生成 3,5-di-O-benzyl-4-C-(hydroxymethyl)-1,2-di-O-isopropylidene-3-C-vinyl-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  具有典型S型糖构象的反式-3'，4'-桥联核酸的合成及性能

  摘要：

  具有构象受限的糖部分的核苷类似物的合成是非常令人感兴趣的。本研究描述了在4,2-二氧杂双环[4.3.0]壬烷骨架和C2'位置有甲氧基的BNA（桥联核酸）单体1和2的合成。构象分析表明这些单体的糖部分被限制在典型的S型构象中。难以合成核糖型单体1的亚磷酰胺衍生物，而成功地制备了阿拉伯糖型单体2的亚磷酰胺并掺入到寡脱氧核苷酸（ODN）中。所获得的含有2个ODN衍生物的杂交能力通过熔融温度（T m）测量来评估具有互补链的链。结果，尽管双链体的稳定性低于相应的天然DNA / DNA或DNA / RNA双链体的稳定性，但ODN衍生物与DNA和RNA的互补序列互补。

  DOI：

  10.1021/jo051187l

文献信息

• Synthesis of the 3′-<i>C</i>-Hydroxymethyl-Branched Locked Nucleic Acid Thymidine Monomer
  作者：Surender Kumar、Pawan K. Sharma、Paul C. Stein、Poul Nielsen

  DOI：10.1002/ejoc.200800716

  日期：2008.12

  A 3′-C-hydroxymethyl-branched Locked Nucleic Acid (LNA) monomer 3 was synthesized from diacetone-α-D-glucose taking advantage of a stereoselective Grignard reaction for the introduction of a vinyl group, an aldol/Cannizzarro sequence for introducing the 4′-substituent, oxidative cleavage of the vinyl group using a RuO4-based protocol, Vorbruggen-type nucleobase coupling and finally the ring closure

  3'-C-羟甲基支链锁核酸 (LNA) 单体 3 由双丙酮-α-D-葡萄糖合成，利用立体选择性格氏反应引入乙烯基，醛醇/康尼查罗序列用于引入使用基于 RuO4 的协议、Vorbruggen 型核碱基偶联和最终通过醚形成闭环给出双环骨架的 4'-取代基氧化裂解乙烯基。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2008)
• Synthesis of A Branched Locked Nucleic Acid (LNA) Analogue
  作者：Pawan K. Sharma、Surender Kumar、Poul Nielsen

  DOI：10.1080/15257770701542975

  日期：2007.11.26

  A 3'-C-branched LNA-type bicyclic nucleoside, containing a furanose ring locked in an N-type conformation, was synthesized from a known 3-C-vinyl allofuranose derivative using a strategy relying on the condensation with the nucleobase after the introduction of the branching hydroxymethyl chain by our recently developed RuO4 based protocol. This branched LNA nucleoside has a potential as a monomer for

  使用引入后依赖于与核碱基缩合的策略，由已知的3-C-乙烯基异呋喃糖衍生物合成了一个3'-C-支链的LNA型双环核苷，其中的呋喃糖环锁定在N-型构象中。通过我们最近开发的基于RuO4的方案合成支链羟甲基链 该支链LNA核苷具有作为LNA功能化单体的潜力。
• Synthesis and Properties of <i>Trans</i>-3‘,4‘-Bridged Nucleic Acids Having Typical S-type Sugar Conformation
  作者：Mitsuaki Sekiguchi、Satoshi Obika、Yasuki Harada、Tomohisa Osaki、Roongjang Somjing、Yasunori Mitsuoka、Nao Shibata、Miyuki Masaki、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1021/jo051187l

  日期：2006.2.1

  nucleoside analogues with a conformationally restricted sugar moiety is of great interest. The present research describes the synthesis of BNA (bridged nucleic acid) monomers 1 and 2 bearing a 4,7-dioxabicyclo[4.3.0]nonane skeleton and a methoxy group at the C2‘ position. Conformational analysis showed that the sugar moiety of these monomers is restricted in a typical S-type conformation. It was difficult

  具有构象受限的糖部分的核苷类似物的合成是非常令人感兴趣的。本研究描述了在4,2-二氧杂双环[4.3.0]壬烷骨架和C2'位置有甲氧基的BNA（桥联核酸）单体1和2的合成。构象分析表明这些单体的糖部分被限制在典型的S型构象中。难以合成核糖型单体1的亚磷酰胺衍生物，而成功地制备了阿拉伯糖型单体2的亚磷酰胺并掺入到寡脱氧核苷酸（ODN）中。所获得的含有2个ODN衍生物的杂交能力通过熔融温度（T m）测量来评估具有互补链的链。结果，尽管双链体的稳定性低于相应的天然DNA / DNA或DNA / RNA双链体的稳定性，但ODN衍生物与DNA和RNA的互补序列互补。