我们报道了
拓扑替康(Tpt)和其他
喜树碱(Cpts)与几种双螺旋和单链寡核苷酸相互作用的NMR研究。通过(31)P NMR光谱,核Overhauser实验(NOE)和分子动力学(MD)模拟获得的结果表明,如许多作者所建议的那样,Cpt药物不会插入双螺旋结构。
磷NMR光谱表明,在
磷酸二酯主链的任何
水平上都没有发生变形,而2D NOESY实验允许检测Cpts的芳族质子与双螺旋的质子之间的多个接触。根据NOE数据建立的药物/寡核苷酸复合物模型表明,通过将A和B环与末端CG碱基对的
鸟嘌呤或
胞苷堆叠在一起,该药物位于双螺旋末端,并优先选择3个[主要或分钟]末端位点。Cpt与双链以及单链低聚物相互作用,这可以从在药物质子上观察到的NMR位移变化看出。但是这种屏蔽效果不能证明是嵌入的,因为它很大程度上是由于带正电的药物与寡核苷酸带负电的离子表面之间的外部非特异性相互作用。从相关时间值获得一种配合物的分子