The role of proton bridges in selective cleavage of Ser-, Thr-, Cys-, Met-, Asp-, and Asn-containing peptides
作者:Qingfen Zhang、Brittany Perkins、Guanhong Tan、Vicki H. Wysocki
DOI:10.1016/j.ijms.2010.09.025
日期:2011.3
Abstract Fragmentation patterns of doubly charged peptides containing serine (Ser), threonine (Thr), cysteine (Cys), homoserine (Hse), methionine (Met), aspartic acid (Asp), or asparagine (Asn) and terminating with arginine (Arg) were investigated. Stronger cleavages N-terminal to Ser, Thr, Cys, Asp, and Asn were observed in comparison to their C-terminal cleavages. In contrast, stronger cleavages
摘要 含有丝氨酸 (Ser)、苏氨酸 (Thr)、半胱氨酸 (Cys)、高丝氨酸 (Hse)、蛋氨酸 (Met)、天冬氨酸 (Asp) 或天冬酰胺 (Asn) 并以精氨酸 (Arg ) 进行了调查。与它们的 C 端切割相比,观察到更强的 N 端切割至 Ser、Thr、Cys、Asp 和 Asn。相比之下,与 N 端切割相比,观察到 Hse 和 Met 的 C 端切割更强。这些断裂模式可以通过在侧链杂原子(羟基氧、羰基氧或硫)和相邻骨架羰基氧之间形成的分子内质子桥的相对稳定性来解释。文献数据和分子动力学结果用于解释基于桥位点不同环尺寸的质子桥的稳定性。对于 Ser、Thr、Cys、Asn 和 Asp,侧链和相邻 N 端羰基之间的质子桥更稳定,因此比相邻 C 端羰基的质子桥更稳定,导致 N 端裂解增强。对于 Met 和 Hse,侧链和 C 端羰基之间的质子桥更稳定,导致 C 端裂解增强。