BocN(CH2CONH-PyPyPy-CO2Me)(CH2CONH-PyPyPy-CONH-Dp) | 470464-11-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: BocN(CH2CONH-PyPyPy-CO2Me)(CH2CONH-PyPyPy-CONH-Dp)
• 英文别名: Methyl 4-[[4-[[4-[[2-[[2-[[5-[[5-[[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]amino]-2-oxoethyl]-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]amino]acetyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carboxylate；methyl 4-[[4-[[4-[[2-[[2-[[5-[[5-[[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]amino]-2-oxoethyl]-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]amino]acetyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carboxylate
• CAS: 470464-11-0
• 化学式: C₅₁H₆₅N₁₅O₁₁
• 分子量: 1064.17
• InChiKey: NWGFZUMEYCUCLF-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  77
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  292
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  BocN(CH2CONH-PyPyPy-CO2Me)(CH2CONH-PyPyPy-CONH-Dp) 在 盐酸 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 2.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  亚氨基二乙酸连接的聚酰胺的合成和 DNA 结合特性：合作扩展 2:1 并排平行结合的表征

  摘要：

  制备了一系列亚氨基二乙酸 (IDA) 连接的聚酰胺 (DpPyPyPy-IDA-PyPyPyDp)，并构成通过可官能化的五原子接头头对头连接的聚酰胺。发现 IDA 接头对不同于 β-丙氨酸（延伸）或 γ-氨基丁酸（发夹）接头的 DNA 结合构象产生独特的影响，导致在最有可能具有交错排列与堆叠排列的扩展构象。在一系列包含系统变化的富含 A/T 的结合位点大小的发夹脱氧寡核苷酸上进行的荧光嵌入剂置换 (FID) 测定的通用变体用于区分 IDA 连接的聚酰胺的结合模式。

  DOI：

  10.1021/ja026588m
• 作为产物：
  描述：

  N-BOC-亚氨基二乙酸 在 4-二甲氨基吡啶 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 BocN(CH2CONH-PyPyPy-CO2Me)(CH2CONH-PyPyPy-CONH-Dp)
  参考文献：
  名称：

  亚氨基二乙酸连接的聚酰胺的合成和 DNA 结合特性：合作扩展 2:1 并排平行结合的表征

  摘要：

  制备了一系列亚氨基二乙酸 (IDA) 连接的聚酰胺 (DpPyPyPy-IDA-PyPyPyDp)，并构成通过可官能化的五原子接头头对头连接的聚酰胺。发现 IDA 接头对不同于 β-丙氨酸（延伸）或 γ-氨基丁酸（发夹）接头的 DNA 结合构象产生独特的影响，导致在最有可能具有交错排列与堆叠排列的扩展构象。在一系列包含系统变化的富含 A/T 的结合位点大小的发夹脱氧寡核苷酸上进行的荧光嵌入剂置换 (FID) 测定的通用变体用于区分 IDA 连接的聚酰胺的结合模式。

  DOI：

  10.1021/ja026588m

文献信息

• Synthesis and DNA Binding Properties of Iminodiacetic Acid-Linked Polyamides:  Characterization of Cooperative Extended 2:1 Side-by-Side Parallel Binding
  作者：Craig R. Woods、Takahiro Ishii、Dale L. Boger

  DOI：10.1021/ja026588m

  日期：2002.9.1

  head-to-head by a functionalizable five-atom linker. It was found that the IDA linker exerts a unique influence over the DNA binding conformation differing from both the beta-alanine (extended) or gamma-aminobutyric acid (hairpin) linkers, resulting in cooperative parallel side-by-side 2:1 binding in an extended conformation most likely with a staggered versus stacked alignment. A generalized variant of a fluorescent

  制备了一系列亚氨基二乙酸 (IDA) 连接的聚酰胺 (DpPyPyPy-IDA-PyPyPyDp)，并构成通过可官能化的五原子接头头对头连接的聚酰胺。发现 IDA 接头对不同于 β-丙氨酸（延伸）或 γ-氨基丁酸（发夹）接头的 DNA 结合构象产生独特的影响，导致在最有可能具有交错排列与堆叠排列的扩展构象。在一系列包含系统变化的富含 A/T 的结合位点大小的发夹脱氧寡核苷酸上进行的荧光嵌入剂置换 (FID) 测定的通用变体用于区分 IDA 连接的聚酰胺的结合模式。