5,8,11,14-四氧杂-2-氮杂十六碳二酸 1-芴甲基酯 | 437655-95-3

• 物质功能分类: 化学试剂 - 有机试剂 - 多环化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 中文名称: 5,8,11,14-四氧杂-2-氮杂十六碳二酸 1-芴甲基酯
• 中文别名: 5,8,11,14-四氧杂-2-氮杂十六碳二酸1-芴甲基酯
• 英文名称: 1-(9H-fluoren-9-yl)-3-oxo-2,7,10,13,16-pentaoxa-4-azaoctadecan-18-oic acid
• 英文别名: 14-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-3,6,9,12-tetraoxatetradecanoic acid；14-N-{[(9'H-fluoren-9'-yl)methoxy]carbonylamino}-3,6,9,12-tetraoxa-1-tetradecanoic acid；[2-(2-{2-[2-((9H-fluoren-9-yl-methoxycarbonyl)amino)-ethoxy]-ethoxy}-ethoxy)-ethoxy]-acetic acid；15-N-(9-fluorenyImethyIoxycarbonyl)-15-aza-3,6,9,12-tetraoxa-pentadecanoate；Fmoc-NH-PEG4-CH2COOH；2-[2-[2-[2-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]acetic acid
• CAS: 437655-95-3
• 化学式: C₂₅H₃₁NO₈
• 分子量: 473.523
• InChiKey: XPNLDOFYRFOXLR-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  51℃
• 沸点：
  681.3±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.235±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

制备方法与用途

生物活性

Fmoc-NH-PEG4-CH2COOH 是一种可降解的 ADC 链接剂，用于抗体药物偶联物 (ADC) 的合成。它也是一种基于 PEG 的 PROTAC 链接剂，可用于 PROTAC 的合成。

目标

性质	说明
可切割	-
烷基/醚	-
聚乙二醇 (PEGs)	-

体外研究

ADC 由抗体和通过 ADC 链接剂连接的细胞毒性药物组成。PROTAC 包含两种不同的配体，由一个链接子连接；一种是 E3 泛素连接酶的配体，另一种是靶蛋白的配体。PROTAC 利用细胞内的泛素-蛋白酶体系统选择性降解目标蛋白质。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5,8,11,14-四氧杂-2-氮杂十六碳二酸 1-芴甲基酯 在 O-(benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium tetrafluoroborate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 9H-fluoren-9-ylmethyl N-[2-[2-[2-[2-[2-[bis[2-[[2-[2-[2-[2-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]ethyl]amino]-2-oxoethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]carbamate
  参考文献：
  名称：

  LINKER-DRUG AND ANTIBODY-DRUG CONJUGATE (ADC) EMPLOYING THE SAME

  摘要：

  提供由式（I）表示的连接药物或其药学上可接受的盐或溶剂。在式（I）中，C是一个结合物，L是一个连接单元，D是一个毒素单元，n是一个从1到4的整数。结合物的结构由式（II）表示。在式（II）中，X是一个离去基团，R1和R2中的每一个独立地是一个单键或—NH—，Z是取代芳基、杂环芳基、直链烷基、环烷基、杂环烷基或它们的组合。抗体通过抗体的半胱氨酸残基与连接单元结合。还提供了使用上述连接药物的抗体-药物结合物（ADC）。

  公开号：

  US20180169262A1
• 作为产物：
  描述：

  1-氨基-3,6,9-三噁-11-十一醇 在 盐酸 、 水 、 potassium carbonate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 甲苯 为溶剂， 反应 17.75h， 生成 5,8,11,14-四氧杂-2-氮杂十六碳二酸 1-芴甲基酯
  参考文献：
  名称：

  锌（II）周期蛋白-肽共轭物与Ras的弱效应子结合状态相互作用

  摘要：

  摘要制备了锌（II）环素-肽杂合化合物和双锌（II）环素复合物，作为鸟嘌呤核苷酸结合蛋白Ras的潜在结合剂，该蛋白是细胞信号转导中的重要分子开关。化合物的设计基于先前的观察结果，即锌（II）环素络合物可作为Ras-效应子相互作用抑制剂的先导化合物，因此能够中断Ras诱导的信号转导。锌（II）环素选择性地稳定了活性Ras的构象状态1，这种构象状态与效应蛋白（如Raf激酶）的亲和力大大降低。为了实现此类Ras-Raf相互作用抑制剂的更高结合亲和力，通过固相合成方案制备了衍生自Ras-活化剂SOS序列的具有短肽的锌（II）环素共轭物。从核-叠氮化物环加成反应获得双核双锌（II）环素复合物。所制备化合物的NMR研究表明，肽结合物不会导致金属络合物-肽结合物的Ras结合亲和力增加。双核锌复合物导致蛋白质立即沉淀，从而阻止了对其结合的光谱研究。

  DOI：

  10.1016/j.ica.2010.07.067

文献信息

• Protein-Inorganic Array Construction: Design and Synthesis of the Building Blocks
  作者：Niculina D. Bogdan、Mihaela Matache、Veronika M. Meier、Cristian Dobrotă、Ioana Dumitru、Gheorghe D. Roiban、Daniel P. Funeriu

  DOI：10.1002/chem.200902649

  日期：2010.2.15

  Herein we describe the design and synthesis of the first series of di‐functional ligands for the directed construction of inorganic‐protein frameworks. The synthesized ligands are composed of a metal‐ion binding moiety (terpyridine‐based) conjugated to an epoxysuccinyl peptide, known to covalently bind active cysteine proteases through the active‐site cysteine. We explore and optimize two different

  在这里，我们描述了用于无机蛋白质骨架定向构建的第一系列双功能配体的设计和合成。合成的配体由结合到环氧琥珀酰肽上的金属离子结合部分（基于吡啶）组成，已知该肽通过活性位点的半胱氨酸与活性半胱氨酸蛋白酶共价结合。我们探索并优化了双官能化金属离子配体与含环氧琥珀酰的肽部分之间的两种不同的缀合化学：肽键形成（成功有限）和Cu I催化的点击化学（良好结果）。此外，合成的配体与Fe II和Ni II的络合对离子进行了研究：证实双功能配体的行为与母体吡啶相同。按照设计，尽管单击反应产生了两个三唑环，但肽部分不会干扰络合反应。ES‐MS与NMR和UV / Vis研究一起确定了结构，络合反应的化学计量，以及对化学敏感的含多肽的聚吡啶配体进行自组装的条件。这些结果确立了我们方法的多功能性，并为合成含有更多精心设计的聚吡啶配体以及针对不同酶家族的亲和标记物的双功能配体开辟了道路。因此，
• Structural Evaluation of Tandem Hairpin Pyrrole–Imidazole Polyamides Recognizing Human Telomeres
  作者：Akiyoshi Hirata、Kiyoshi Nokihara、Yusuke Kawamoto、Toshikazu Bando、Asuka Sasaki、Satoru Ide、Kazuhiro Maeshima、Takeshi Kasama、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja506058e

  日期：2014.8.13

  A polyamide containing N-methylpyrrole (Py) and N-methylimidazole (Im), designated PIPA, binds with high affinity and specificity to specific nucleotide sequences in the minor groove of double-helical DNA. Based on a recent report of the synthesis of PIPA for telomere visualization, the present paper focused on the size of the connecting part (hinge region) of two PIPA segments of the tandem hairpin

  含有 N-甲基吡咯 (Py) 和 N-甲基咪唑 (Im) 的聚酰胺，称为 PIPA，以高亲和力和特异性结合双螺旋 DNA 小沟中的特定核苷酸序列。基于最近关于端粒可视化的 PIPA 合成报告，本文重点研究串联发夹 PIPA 的两个 PIPA 段的连接部分（铰链区）的大小，Dab(Im-Im-Py)-Py- Py-Py-Im-[铰链]-Dab(Im-Im-Py)-Py-Py-Py-Im-βAla-NH(CH2)3N(CH3)-(CH2)3NH-[染料]。本论文还描述了通过测量热熔化温度和表面等离子体共振以及通过对人类细胞中的端粒 (TTAGGG)n 进行特异性染色来表征结合。还通过高分辨率质谱法研究了微异质性。
• Synthesis and Systematic Study on the Effect of Different PEG Units on Stability of PEGylated, Integrin-αvβ6-Specific A20FMDV2 Analogues in Rat Serum and Human Plasma
  作者：Kuo-yuan Hung、Renata Kowalczyk、Ami Desai、Margaret A. Brimble、John F. Marshall、Paul W. R. Harris

  DOI：10.3390/molecules27144331

  日期：——

  incorporation of poly (ethylene glycol) chains, coined PEGylation, is a well-established approach to improve the pharmacokinetic properties of drug molecules. Here, we report a systematic study on the incorporation of a varying number of ethylene glycol units (1–20) into the A20FMDV2 peptide to establish the effects of PEGylation size on the peptide stability in both rat serum and human plasma. In addition

  A20FMDV2 是一种 20 聚体肽，对肿瘤相关的 αvβ6 整联蛋白表现出高选择性和亲和力，可以与细胞外配体竞争关键的 RGD 结合位点，作为一种有前景的 αvβ6 特异性抑制剂用于抗癌治疗。不幸的是，A20FMDV2 的临床价值受到快速肾脏排泄导致的血液半衰期较短以及据报道对血清蛋白酶高度敏感性的限制。聚乙二醇链的掺入，即聚乙二醇化，是改善药物分子药代动力学特性的一种行之有效的方法。在此，我们报告了一项关于将不同数量的乙二醇单元 (1-20) 掺入 A20FMDV2 肽中的系统研究，以确定聚乙二醇化大小对大鼠血清和人血浆中肽稳定性的影响。此外，还描述了乙酰基和丙酰基聚乙二醇化处理对肽稳定性的影响。对所选肽类似物的整合素-αvβ6 靶向结合进行了评估，显示出良好的体外特异性和活性。大鼠血清中的稳定性研究表明，所有聚乙二醇化肽都表现出良好的稳定性，并且含有二十个乙二醇单元（PEG 20
• Targeting the tubulin C-terminal tail by charged small molecules
  作者：Shuo Li、Mattia Mori、Mingyan Yang、Soumia Elfazazi、Rafael Hortigüela、Peter Chan、Xinyue Feng、April Risinger、Zhiyou Yang、María Ángela Oliva、J. Fernando Díaz、Wei-Shuo Fang

  DOI：10.1039/d2ob01910h

  日期：——

  A series of linear and cyclic peptides bearing triple arginines were synthesized to bind to the tubulin C-terminal tail, providing a starting point to target this versatile yet undruggable site.

  一系列带有三个精氨酸的线性和环状肽被合成，以结合微管C末端尾部，为针对这个多才多艺但难以药物化靶点提供了起点。
• Linker-drug and antibody-drug conjugate (ADC) employing the same
  申请人：Industrial Technology Research Institute

  公开号：US10864279B2

  公开（公告）日：2020-12-15

  A linker-drug represented by formula (I) or a pharmaceutically acceptable salt or solvate thereof is provided. In formula (I), C is a conjugator, L is a linker unit, D is a toxin unit, and n is an integer ranging from 1 to 4. The structure of the conjugator is represented by formula (II). In formula (II), X is a leaving group, each of R1 and R2 is independently a single bond or —NH—, and Z is substituted aryl, heteroaryl, linear alkyl, cycloalkyl, heterocycloalkyl, or a combination thereof. The antibody is conjugated to the linker unit through a cysteine residue of the antibody. An antibody-drug conjugate (ADC) employing the above linker-drug is also provided.

  本发明提供了一种由式（I）表示的连接剂-药物或其药学上可接受的盐或溶液。在式 (I) 中，C 是共轭物，L 是连接体单元，D 是毒素单元，n 是 1 至 4 的整数。在式 (II) 中，X 是离去基团，R1 和 R2 各自独立地是单键或-NH-，Z 是取代的芳基、杂芳基、直链烷基、环烷基、杂环烷基或它们的组合。抗体通过抗体的半胱氨酸残基与连接体单元连接。还提供了一种采用上述连接体-药物的抗体-药物共轭物（ADC）。