7-O-(tert-butyldiphenylsilyl)morpholinothymidine | 1415645-49-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 7-O-(tert-butyldiphenylsilyl)morpholinothymidine
• 英文别名: 1-((2R,6S)-6-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)morpholin-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-((2R,6S)-6-(((tert-Butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)morpholin-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；1-[(2R,6S)-6-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]morpholin-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1415645-49-6
• 化学式: C₂₆H₃₃N₃O₄Si
• 分子量: 479.651
• InChiKey: YBDXIOPNHMXCPX-NZQKXSOJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.91
• 重原子数：
  34.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  85.35
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  7-O-(tert-butyldiphenylsilyl)morpholinothymidine 在 N-乙基吗啉 、 碳酸氢钠 、 5-(乙硫基)-1H-四唑 、 三氟乙酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 (9H-fluoren-9-yl)methyl 2-((((dimethylamino)(methoxy)phosphoryl)oxy)methyl)-6-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)morpholine-4-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  在自动寡核苷酸合成器中使用三苯甲基和 Fmoc 化学合成磷酰二胺吗啉代寡核苷酸

  摘要：

  在过去 6 年中，在 FDA 批准的 11 种基于寡核苷酸的药物中，磷二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO) 占 3 种。PMO 可以有效地沉默致病基因并修改剪接。然而，由于多种原因，PMO 合成仍然具有挑战性：低效的脱保护和偶联方法以及单体的不稳定性。在这里，我们报告了使用三苯甲基或 Fmoc 保护的氯代氨基磷酸酯单体合成 PMO 的树脂载体、解封和偶联试剂的合适组合的开发。在固体支持物上使用这两种方法合成的 PMO 已在斑马鱼模型中验证了基因沉默。该协议已成功转移到自动 DNA 合成器中，以制作多个 PMO 序列，首次展示了常规 PMO 在商业 DNA 合成器中的适应性。此外，具有超过 20 聚体序列的 PMO，包括 FDA 批准的 Eteplirsen（30 聚体），总产率超过 20%，优于以前的报告。杂交研究表明，相对于 DNA/DNA 双链体 (>6 °C)，PMO 对互补 DNA 的结合亲和力更高。此外，将

  DOI：

  10.1021/acs.joc.2c00265
• 作为产物：
  描述：

  5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-5-methyl uridine 在 sodium periodate 、 ammonium biborate tetrahydrate 、 sodium cyanoborohydride 、 溶剂黄146 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 3.5h， 以52%的产率得到7-O-(tert-butyldiphenylsilyl)morpholinothymidine
  参考文献：
  名称：

  由未保护的核糖核苷合成柔性保护的吗啉代单体的改进方案。

  摘要：

  已经开发了一种廉价且大大改进的方案，使用氧化乙二醇裂解和还原胺化策略从未保护的核糖核苷以高总收率合成受保护的吗啉代单体。与先前的方法不同，本策略允许在稍后的阶段安装环外胺保护剂，从而避免使用昂贵的或市售的环外胺保护的核糖核苷作为起始原料。为了证明本发明方法在选择保护基上的灵活性，已在环外胺位置用几个具有不同解嵌段性质的此类基团保护了单体。

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.724491

文献信息

• C5-pyrimidine-functionalized morpholino oligonucleotides exhibit differential binding affinity, target specificity and lipophilicity
  作者：Arnab Das、Atanu Ghosh、Surajit Sinha

  DOI：10.1039/d2ob01759h

  日期：——

  C5-substituted uridine and cytidine morpholino chlorophosphoramidate monomers were synthesized and incorporated into a 12-mer Phosphorodiamidate Morpholino Oligonucleotide (PMO) using semi-automated solid phase synthesis. PMOs with most of the tested pyrimidine C5-substitutions have significantly increased thermal stability when bound to the complementary RNA strand relative to the PMO. They exhibit

  使用半自动固相合成法合成 C5 取代的尿苷和胞苷吗啉代氯代氨基磷酸酯单体，并掺入 12 聚体磷酸二氨基酯吗啉代寡核苷酸 (PMO) 中。当与相对于 PMO 的互补 RNA 链结合时，具有大多数测试的嘧啶 C5 取代的 PMO 具有显着增加的热稳定性。它们与 RNA 的结合比与 DNA 的结合更高。CD 光谱显示双链体的 B 型螺旋构象。HPLC 分析表明，与常规 PMO 相比，它们具有更高的亲脂性。这些化学修饰具有开发更好的反义技术的巨大潜力。
• Synthesis and Biophysical Properties of Triazole-Incorporated PMOs (TzPMOs): A Convergent, Click Ligation Approach
  作者：Arpan Banerjee、Arnab Das、Atanu Ghosh、Abhishek Gupta、Surajit Sinha

  DOI：10.1021/acs.joc.3c02242

  日期：2024.3.1

  The synthesis of phosphorodiamidate morpholino oligonucleotides (PMOs) incorporating single or double triazole rings in the backbone has been achieved via Cu(I)-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC). The synthetic approach implemented is fundamentally convergent, involving the ligation of a 5′-azide PMO fragment to a 3′-alkyne fragment both in solution and on solid support. To access the 3′-alkyne

  通过 Cu(I) 催化的叠氮化物-炔环加成 (CuAAC) 合成了主链中包含单或双三唑环的磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO)。所实施的合成方法基本上是收敛的，涉及在溶液中和固体支持物上将 5'-叠氮 PMO 片段与 3'-炔片段连接。为了获得 3'-炔 PMO 片段，我们合成了所有四种核碱基的 3'- N-炔丙基氯代氨基磷酸酯吗啉代单体。与常规类似物相比，所得的三唑掺入的 PMO (TzPMO) 对互补脱氧核糖核酸 (DNA)/核糖核酸 (RNA) 链表现出相当或改进的结合亲和力。最后，设计了一个全长 TzPMO 来靶向 Nanog 基因，与常规版本相比，表现出几乎相同的杂交特性。圆二色性研究揭示了 TzPMO 形成的双链体具有 B 型螺旋构象。
• Evaluation of Transiently O-6-Protected Guanosine Morpholino Nucleosides in Phosphorodiamidate Morpholino Oligonucleotide Synthesis
  作者：Surajit Sinha、Md Qasim、Atanu Ghosh、Arnab Das

  DOI：10.1055/a-2322-3741

  日期：——

  A novel strategy is presented for the synthesis of morpholino guanosine monomers protected at O-6 with 1-(4-azidophenyl)ethan-1-ol, p-methoxybenzyl alcohol and trimethylsilylethyl groups. The introduction of these protecting groups increases the solubility of the morpholino nucleosides which is crucial during the synthesis of phosphorodiamidate morpholino oligonucleotides (PMOs). HPLC analysis shows

  提出了一种合成在 O-6 处用 1-(4-叠氮苯基)乙-1-醇、对甲氧基苯甲醇和三甲基甲硅烷基乙基保护的吗啉代鸟苷单体的新策略。这些保护基团的引入增加了吗啉代核苷的溶解度，这在二酰胺磷酸吗啉代寡核苷酸（PMO）的合成过程中至关重要。 HPLC 分析表明，与常规单体相比，三甲基硅乙基保护的单体在 PMO 合成中具有更好的偶联效率。此外，O-6 保护单体的非极性性质有利于在溶液中制备富含鸟苷的低聚物。
• 用于小核酸药物单体磷酸二酰胺吗啉合成的胺化合成方法
  申请人：上海苏博医药科技有限公司

  公开号：CN118290465A

  公开（公告）日：2024-07-05

  本发明公开了一种用于小核酸药物单体磷酸二酰胺吗啉合成的胺化合成方法，该合成方法是采用氨水与硼酸，获得原位胺化试剂，并与核苷酸原料一起投入到从核苷酸的五元环骨架构建吗啉的六元环骨架的氧化与还原胺化反应中，获得目标吗啉骨架产物，实现以磷酸二酰胺吗啉为单体的小核酸药物磷酸二酰胺吗啉低聚物PMO的合成。本发明提供的用于小核酸药物单体磷酸二酰胺吗啉合成的胺化合成方法，开发了一种替代性廉价试剂，避开昂贵与不易获得胺化试剂的使用，可以减小成本，提高效率及经济性，为扩大量生产提供可能。
• [EN] CHIRAL REAGENTS FOR PREPARATION OF HOMOGENEOUS OLIGOMERS<br/>[FR] RÉACTIFS CHIRAUX POUR LA PRÉPARATION D'OLIGOMÈRES HOMOGÈNES
  申请人：EISAI R&D MAN CO LTD

  公开号：WO2017024264A8

  公开（公告）日：2018-04-12