thymidine 5'-monophosphate | 14057-65-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: thymidine 5'-monophosphate
• 英文别名: TMP；dTMP；deoxythymidine monophosphate；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-4-oxido-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
• CAS: 14057-65-9
• 化学式: C₁₀H₁₃N₂O₈P
• 分子量: 320.196
• InChiKey: GYOZYWVXFNDGLU-XLPZGREQSA-L

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  151
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thymidine 5'-monophosphate 在 pyruvate kinase 、 Thymidylate kinase from Candida albicans 、 potassium chloride 、 5’-三磷酸腺苷 、 还原型辅酶Ⅰ 、 magnesium chloride 、 L-lactate dehydrogenase 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 TMP
  参考文献：
  名称：

  The Structure of Thymidylate Kinase from Candida albicans Reveals a Unique Structural Element

  摘要：

  据报道，白色念珠菌胸苷酸激酶的结构通过 X 射线晶体学测定，分辨率为 2.45 Å，最终 Rfree 为 0.223。来自白色念珠菌的胸苷酸激酶具有独特的 15 个残基环，这在其他属的胸苷酸激酶中是不存在的。这里报告的结构表明，该环的构象受到亚基内和亚基间氢键的约束，并且该环中的许多关键残基在医学上重要的不同念珠菌物种之间是保守的。使用基于核磁共振的新型测定以及传统的偶联测定来确定酶的底物特异性。该酶对 3'-叠氮基-3'-脱氧胸苷单磷酸具有活性，对 dGMP 具有中等活性。白色念珠菌酶和人类酶之间明显的功能和结构差异表明胸苷酸激酶是开发新抗真菌剂的合适靶标。

  DOI：

  10.1021/acs.biochem.7b00498
• 作为产物：
  描述：

  thymidine 5'-<3-hydroxy-2,2-di(ethoxycarbonyl)propyl-1>phosphate sodium salt 在 正丁胺 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 3.0h， 以99.5%的产率得到thymidine 5'-monophosphate
  参考文献：
  名称：

  在5'端对寡核苷酸进行化学磷酸化的新方法

  摘要：

  描述了一种用于合成寡核苷酸的化学5'-磷酸化的新的有效方法。因此，3-（4,4'-二甲氧基三苯甲氧基）-2,2-二（乙氧羰基）丙基-1 N，N-二异丙基亚磷酰胺的2-氰乙基（1）是在常规链装配过程中作为5'-末端构件引入的。常规的氨解反应产生了用二甲氧基三苯甲基化的系链在5'-磷酸盐处保护的低聚物。在此步骤中，可通过RP HPLC轻松地将寡核苷酸与截短的杂质分离。连续去三苯甲基化并用氨水进行简短处理，得到寡核苷酸5'-单磷酸酯。或者，可以通过仍锚固在固体支持物上的寡核苷酸的去三苯甲基化来定量最后一次偶联的产率。然后通常的脱保护直接导致5'-磷酸化的低聚物。

  DOI：

  10.1016/0040-4020(95)00544-i

文献信息

• Synthesis and Stability of a 2′-<i>O</i>-[<i>N</i>-(Aminoethyl)carbamoyl]methyladenosine-Containing Dinucleotide
  作者：Stefan Milton、Charlotte Ander、Dmytro Honcharenko、Małgorzata Honcharenko、Esther Yeheskiely、Roger Strömberg

  DOI：10.1002/ejoc.201300699

  日期：2013.11

  towards the synthesis of 2′-O-[N-(aminoethyl)carbamoyl]methyl-modified di- and oligonucleotides, we have synthesised a protected 2′-O-[N-(aminoethyl)carbamoyl]methyl-modified adenosine where the modification is introduced in a convenient one-pot three-step procedure. The corresponding H-phosphonate building block was also synthesised, and from this intermediate, a 2′-O-[N-(aminoethyl)carbamoyl]methyl-containing

  为了合成 2'-O-[N-（氨基乙基）氨基甲酰基]甲基修饰的二核苷酸和寡核苷酸，我们合成了受保护的 2'-O-[N-（氨基乙基）氨基甲酰基]甲基修饰的腺苷，其中修改是在一个方便的一锅三步程序中引入的。还合成了相应的 H-膦酸酯结构单元，并且可以从该中间体制备含 2'-O-[N-（氨基乙基）氨基甲酰基]甲基的二核苷酸。我们还对该二核苷酸的化学和酶稳定性进行了研究。二核苷酸经历了不同的氨解和其他碱性条件，HPLC 分析表明修饰在大多数条件下是完整的，但在 55°C 下使用 NH3（浓缩水溶液）时有一些轻微的水解。在其他几组条件下，包括甲醇中的饱和 NH3，和乙二胺，酰胺保持完整。用来自 Crotalus adamanteus 毒液的磷酸二酯酶 I 和来自牛脾的磷酸二酯酶 II 处理二核苷酸表明，N-（氨基乙基）氨基甲酰基甲基部分为磷酸二酯键提供了对酶促降解的实质性保护；磷酸二酯在 7 天后完全没有被
• Kinetic and Theoretical Studies on the Mechanism of Alkaline Hydrolysis of DNA
  作者：Naoya Takeda、Masahiko Shibata、Nobuo Tajima、Kimihiko Hirao、Makoto Komiyama

  DOI：10.1021/jo000323d

  日期：2000.7.1

  hydrolysis of thymidine 3'-monophosphate esters (including thymidylyl(3'-5')thymidine (Tp-OT)) monotonically decrease as the leaving groups get poorer. According to the theoretical calculation in which the solvent effects are incorporated, no intermediate is formed in the course of the reaction. In the alkaline hydrolysis of the activated Tp-OT analogues having good leaving groups, the 3',5'-cyclic monophosphate

  通过动力学分析和密度泛函理论计算研究了碱水解DNA的反应机理。胸苷3'-单磷酸酯（包括胸苷基（3'-5'）胸苷（Tp-OT））的水解速率随着离去基团的变差而单调降低。根据结合了溶剂作用的理论计算，在反应过程中没有形成中间体。在具有良好离去基团的活化的Tp-OT类似物的碱性水解中，通过5'-烷氧基离子通过分子内攻击同时形成了胸苷的3'，5'-环单磷酸。但是，在天然二核苷酸的水解中，不会发生这种副反应，因为由于构象约束而不能形成导致其贫穷的离开群体离开的过渡状态。对磷酸二甲酯及其O（桥基）-> S取代类似物水解的理论分析支持了这些观点。
• Nontargeted in vitro metabolomics for high-throughput identification of novel enzymes in Escherichia coli
  作者：Daniel C Sévin、Tobias Fuhrer、Nicola Zamboni、Uwe Sauer

  DOI：10.1038/nmeth.4103

  日期：2017.2

  A method to screen proteins for enzymatic activity by incubating purified or overexpressed proteins with a metabolite extract and measuring changes in metabolite abundance using mass spectrometry enables high-throughput characterization of functionally uncharacterized proteins in Escherichia coli. Our understanding of metabolism is limited by a lack of knowledge about the functions of many enzymes. Here, we develop a high-throughput mass spectrometry approach to comprehensively profile proteins for in vitro enzymatic activity. Overexpressed or purified proteins are incubated in a supplemented metabolome extract containing hundreds of biologically relevant candidate substrates, and accumulating and depleting metabolites are determined by nontargeted mass spectrometry. By combining chemometrics and database approaches, we established an automated pipeline for unbiased annotation of the functions of novel enzymes. In screening all 1,275 functionally uncharacterized Escherichia coli proteins, we discovered 241 potential novel enzymes, 12 of which we experimentally validated. Our high-throughput in vitro metabolomics method is generally applicable to any purified protein or crude cell lysate of its overexpression host and enables performing up to 1,200 nontargeted enzyme assays per working day.

  通过将纯化或过表达的蛋白质与代谢物提取物孵育，并使用质谱法测量代谢物丰度的变化，筛选蛋白质的酶活性，这种方法能够对大肠杆菌中功能未定的蛋白质进行高通量表征。我们对代谢的理解受到许多酶功能缺乏了解的限制。在这里，我们开发了一种高通量质谱法，用于全面分析蛋白质的体外酶活性。将过表达或纯化的蛋白质与含有数百种生物相关候选底物的补充代谢物提取物孵育，并通过非靶向质谱法确定累积和耗竭的代谢物。通过结合化学计量学和数据库方法，我们建立了一个自动化的管道，用于对新型酶的功能进行无偏注解。在筛选所有1275种功能未定的大肠杆菌蛋白质时，我们发现了241种潜在的新型酶，其中12种通过实验验证。我们的高通量体外代谢组学方法通常适用于任何纯化的蛋白质或过表达宿主的粗细胞裂解液，每个工作日最多可以进行1200次非靶向酶检测。
• Four Deoxynucleoside Kinase Activities from Drosophila melanogaster Are Contained within a Single Monomeric Enzyme, a New Multifunctional Deoxynucleoside Kinase
  作者：Birgitte Munch-Petersen、Jure Piskur、Leif Søndergaard

  DOI：10.1074/jbc.273.7.3926

  日期：1998.2

  enzymes with the capacity to phosphorylate all four deoxynucleosides, the two thymidine kinase isoenzymes, TK1 and TK2, and the deoxycytidine kinase, dCK. TK1 is cell cycle-regulated; TK2 is expressed constitutively and can phosphorylate deoxycytidine to the same extent as thymidine. dCK phosphorylates deoxycytidine, deoxyadenosine, and deoxyguanosine, but not thymidine. In addition, the three kinases

  在哺乳动物细胞中，存在三种具有使所有四个脱氧核苷磷酸化的嘧啶核苷挽救酶，两种胸苷激酶同工酶TK1和TK2以及脱氧胞苷激酶dCK。TK1是细胞周期调节的；TK2组成型表达，可将脱氧胞苷磷酸化至与胸苷相同的程度。dCK磷酸化脱氧胞苷，脱氧腺苷和脱氧鸟苷，但不使胸苷磷酸化。另外，这三种激酶可以使许多医学上重要的类似物磷酸化。在培养的果蝇果蝇胚胎细胞中，仅存在一种嘧啶脱氧核苷激酶。该激酶被纯化并显示出广泛的底物特异性，因为与哺乳动物细胞中的激酶相比，它能够高效地磷酸化所有四个脱氧核苷。另外，许多核苷类似物，如阿拉伯呋喃糖基嘧啶，脱氧尿苷和5'-氟脱氧尿苷被磷酸化。有可忽略不计的3'-叠氮胸苷，没有dTMP磷酸化。该酶作为约30kDa的单体具有活性。我们建议将该多功能激酶命名为D. melanogaster脱氧核苷激酶。底物特异性，大小和其他特征表明，与其他哺乳动物脱氧核糖核苷激酶相比，该酶与人TK
• Gene <i>ytkD</i> of <i>Bacillus subtilis</i> Encodes an Atypical Nucleoside Triphosphatase Member of the Nudix Hydrolase Superfamily
  作者：WenLian Xu、Candice R. Jones、Christopher A. Dunn、Maurice J. Bessman

  DOI：10.1128/jb.186.24.8380-8384.2004

  日期：2004.12.15

  Gene ytkD of Bacillus subtilis , a member of the Nudix hydrolase superfamily, has been cloned and expressed in Escherichia coli . The purified protein has been characterized as a nucleoside triphosphatase active on all of the canonical ribo- and deoxyribonucleoside triphosphates. Whereas all other nucleoside triphosphatase members of the superfamily release inorganic pyrophosphate and the cognate nucleoside monophosphate, YtkD hydrolyses nucleoside triphosphates in a stepwise fashion through the diphosphate to the monophosphate, releasing two molecules of inorganic orthophosphate. Contrary to a previous report, our enzymological and genetic studies indicate that ytkD is not an orthologue of E. coli mutT .

  摘要 基因 ytkD 的 基因 ytkD 是 Nudix水解酶超家族的成员，已被克隆并在 大肠杆菌 .纯化后的蛋白质被鉴定为一种核苷三磷酸酶，对所有典型的核糖核苷和脱氧核糖核苷三磷酸酶都有活性。该超家族的所有其他核苷三磷酸酶成员都会释放出无机焦磷酸和同源的核苷单磷酸，而 YtkD 则以逐步的方式从二磷酸水解到单磷酸，释放出两分子无机正磷酸盐。与之前的报告相反，我们的酶学和遗传学研究表明 ytkD 不是 大肠杆菌 mutT .