2'-O-[2-[(二甲基氨基)氧基]乙基]-5-甲基尿苷 | 212061-28-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 2'-O-[2-[(二甲基氨基)氧基]乙基]-5-甲基尿苷
• 英文名称: 2'-O-{2-[(N,N-dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methyluridine
• 英文别名: 2'-O-[dimethylaminooxyethyl]-5-methyluridine；2'-O-(N,N-dimethylaminooxyethyl)-5-methyluridine；2'-O-(2-dimethylaminooxyethyl)-5-methyluridine；2'-O-{2-[(Dimethylamino)oxy]ethyl}-5-methyluridine；1-[(2R,3R,4R,5R)-3-[2-(dimethylaminooxy)ethoxy]-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 212061-28-4
• 化学式: C₁₄H₂₃N₃O₇
• 分子量: 345.353
• InChiKey: GMZNBKCNDPRJTL-PRULPYPASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.71
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-[2-[(二甲基氨基)氧基]乙基]-5-甲基尿苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 二异丙基铵盐四氮唑 作用下， 以 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 生成 diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3R,4R,5R)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-4-[2-(N,N-dimethyl-aminooxy)-ethoxy]-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 2-cyano-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  2'-O- [2- [N，N-（二烷基）氨基氧基]乙基]修饰的反义寡核苷酸。

  摘要：

  [结构]具有两个新颖修饰的寡核苷酸，2'-O-¿2-[N，N-（二甲基）氨基氧基]乙基（2'-O-DMAOE）和2'-O-¿2-[N，N -（二乙基）氨基氧基]乙基（2'-O-DEAOE）已经合成。这些修饰表现出对靶RNA（而不是DNA）的高结合亲和力，并以t（1/2）> 24 h作为磷酸二酯显着增强了寡核苷酸的核酸酶稳定性。

  DOI：

  10.1021/ol006555g
• 作为产物：
  描述：

  2,2'-O-脱水-5-甲基尿嘧啶核苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 硼烷四氢呋喃络合物 、 triethylamine trihydrofluoride 、 4-甲基苯磺酸吡啶 、 sodium cyanoborohydride 、 碳酸氢钠 、 三乙胺 、 三苯基膦 、 甲基肼 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 66.17h， 生成 2'-O-[2-[(二甲基氨基)氧基]乙基]-5-甲基尿苷
  参考文献：
  名称：

  2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]修饰的核苷和寡核苷酸的合成。

  摘要：

  已开发出一种通用的合成路线，用于合成2'-O- [2-[（N，N-二甲基氨基）氧基]乙基]（缩写为2'-O-DMAOE）修饰的嘌呤和嘧啶核苷及其相应的核苷亚磷酰胺和固体支持物。为了合成2'-O-DMAOE嘌呤核苷，通过将碳-碳键氧化裂解为相应的醛，从2'-O-烯丙基嘌呤核苷（13a和15）获得关键中间体B（方案1）通过减少。为了合成嘧啶核苷，用乙二醇的硼酸酯打开2,2'-脱水-5-甲基尿苷5，得到了关键的中间体B。将2'-O-（2-羟乙基）核苷进行了高产率的转化，通过区域选择性的Mitsunobu反应，形成相应的2'-O- [2-[（1,3-dihydro-1，3-二氧代-2H-异吲哚-2-基）氧基]乙基]核苷（18、19和20）。随后将这些化合物脱保护并转化为2'-O- [2-[（[亚甲基氨基）氧基]乙基]衍生物（22、23和24）。还原并用甲醛进行第二次还原胺化，得到相应的2'-O-

  DOI：

  10.1021/jo0103975

文献信息

• Oligonucleotides having modified nucleoside units
  申请人：——

  公开号：US20040014957A1

  公开（公告）日：2004-01-22

  Disclosed are oligonucleotides and oligonucleosides that include one or more modified nucleoside units. The oligonucleotides and oligonucleosides are particularly useful as antisense agents, ribozymes, aptamer, siRNA agents, probes and primers or, when hybridized to an RNA, as a substrate for RNA cleaving enzymes including RNase H and dsRNase.

  披露的是包括一个或多个修饰核苷单元的寡核苷酸和寡核苷糖。这些寡核苷酸和寡核苷糖特别适用于作为反义剂、核酶、适配体、siRNA试剂、探针和引物，或者当它们与RNA杂交时，作为包括RNase H和dsRNase的RNA切割酶的底物。
• Antisense modulation of CDC14A expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20040077085A1

  公开（公告）日：2004-04-22

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of CDC14A. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding CDC14A. Methods of using these compounds for modulation of CDC14A expression and for treatment of diseases associated with expression of CDC14A are provided.

  提供了用于调节CDC14A表达的反义物化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码CDC14A的核酸的反义物化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了使用这些化合物调节CDC14A表达以及治疗与CDC14A表达相关的疾病的方法。
• 2‘-<i>O</i>-{2-[<i>N</i>,<i>N</i>-(Dialkyl)aminooxy]ethyl}- Modified Antisense Oligonucleotides
  作者：Thazha P. Prakash、Muthiah Manoharan、Andrew M. Kawasaki、Elena A. Lesnik、Stephen R. Owens、Guillermo Vasquez

  DOI：10.1021/ol006555g

  日期：2000.12.1

  [structure] Oligonucleotides with two novel modifications, 2'-O-¿2-[N, N-(dimethyl)aminooxy]ethyl¿ (2'-O-DMAOE) and 2'-O-¿2-[N, N-(diethyl)aminooxy]ethyl¿ (2'-O-DEAOE), have been synthesized. These modifications exhibit high binding affinity to target RNA (and not to DNA) and enhance the nuclease stability of oligonucleotides considerably with t(1/2) > 24 h as a phosphodiester.

  [结构]具有两个新颖修饰的寡核苷酸，2'-O-¿2-[N，N-（二甲基）氨基氧基]乙基（2'-O-DMAOE）和2'-O-¿2-[N，N -（二乙基）氨基氧基]乙基（2'-O-DEAOE）已经合成。这些修饰表现出对靶RNA（而不是DNA）的高结合亲和力，并以t（1/2）> 24 h作为磷酸二酯显着增强了寡核苷酸的核酸酶稳定性。
• Antisense modulation of cyclin-dependent kinase 6 expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20040087523A1

  公开（公告）日：2004-05-06

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of cyclin-dependent kinase 6. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding cyclin-dependent kinase 6. Methods of using these compounds for modulation of cyclin-dependent kinase 6 expression and for treatment of diseases associated with expression of cyclin-dependent kinase 6 are provided.

  提供了用于调节细胞周期依赖性激酶6表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码细胞周期依赖性激酶6的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了利用这些化合物调节细胞周期依赖性激酶6表达以及治疗与细胞周期依赖性激酶6表达相关的疾病的方法。
• Antisense modulation of PTPN12 expression
  申请人：Isis Pharmaceuticals Inc.

  公开号：US20030232434A1

  公开（公告）日：2003-12-18

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of PTPN12. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding PTPN12. Methods of using these compounds for modulation of PTPN12 expression and for treatment of diseases associated with expression of PTPN12 are provided.

  提供了用于调节PTPN12表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码PTPN12的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了使用这些化合物调节PTPN12表达和治疗与PTPN12表达相关疾病的方法。