3'-C-methylthymidine | 130411-39-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-C-methylthymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-4-methyloxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 130411-39-1
• 化学式: C₁₁H₁₆N₂O₅
• 分子量: 256.258
• InChiKey: WOVADNQZODJWGU-XLDPMVHQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.383±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.9
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-C-methylthymidine 在 磷酸三乙酯 、 三氯化磷 作用下， 反应 24.0h， 以82.7%的产率得到1-(3'-C-methyl-2'-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)thymine 5'-phosphite ammonium salt
  参考文献：
  名称：

  3'-C支链2'-脱氧-5-甲基尿苷：合成，酶抑制和抗病毒特性。

  摘要：

  已经提出了以2-脱氧核糖为原料的3'-C-甲基-2'-脱氧核苷和3'-C-亚甲基-2'，3'-二脱氧-5-甲基尿苷的合成方案。将5-O-苯甲酰基-2-脱氧核糖呋喃糖甲基氧化，并将3'-酮衍生物的混合物分离为α-和β-端基异构体。通过与MeMgBr反应，与胸腺嘧啶反应并随后脱保护1-（3'-C-甲基-2'-α-脱氧-α-D-苏-五氟呋喃糖基）胸腺嘧啶及其β-获得了异头物。与α-酮糖的相同反应得到1-（3'-C-甲基-2'-脱氧-α-D-赤型五呋喃糖基）胸腺嘧啶及其β-异头物。将1-（5-O-苯甲酰基-3'-C-甲基-2'-脱氧-α-D-苏-五氟呋喃糖基）胸腺嘧啶转化为3'-C-亚甲基-2'，3'的混合物 分离了-二脱氧-5-甲基尿苷和3'-C-甲基-2'，3'-二脱氧-2'，3'-二氢-5-甲基尿苷。格氏试剂与2-脱氧呋喃糖3-核苷的连接的立体选择性由Cl处的取代构型决定。此外，还研究了C3

  DOI：

  10.1021/jm00102a009
• 作为产物：
  描述：

  2-deoxy-D-ribose 在 吡啶 、 N-甲基咪唑 、 chromium(VI) oxide 、 甲醇 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 sodium methylate 、 乙酸酐 、 乙酰氯 作用下， 以 乙醚 、 二氯甲烷 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 2.25h， 生成 3'-C-methylthymidine
  参考文献：
  名称：

  3'-C支链2'-脱氧-5-甲基尿苷：合成，酶抑制和抗病毒特性。

  摘要：

  已经提出了以2-脱氧核糖为原料的3'-C-甲基-2'-脱氧核苷和3'-C-亚甲基-2'，3'-二脱氧-5-甲基尿苷的合成方案。将5-O-苯甲酰基-2-脱氧核糖呋喃糖甲基氧化，并将3'-酮衍生物的混合物分离为α-和β-端基异构体。通过与MeMgBr反应，与胸腺嘧啶反应并随后脱保护1-（3'-C-甲基-2'-α-脱氧-α-D-苏-五氟呋喃糖基）胸腺嘧啶及其β-获得了异头物。与α-酮糖的相同反应得到1-（3'-C-甲基-2'-脱氧-α-D-赤型五呋喃糖基）胸腺嘧啶及其β-异头物。将1-（5-O-苯甲酰基-3'-C-甲基-2'-脱氧-α-D-苏-五氟呋喃糖基）胸腺嘧啶转化为3'-C-亚甲基-2'，3'的混合物 分离了-二脱氧-5-甲基尿苷和3'-C-甲基-2'，3'-二脱氧-2'，3'-二氢-5-甲基尿苷。格氏试剂与2-脱氧呋喃糖3-核苷的连接的立体选择性由Cl处的取代构型决定。此外，还研究了C3

  DOI：

  10.1021/jm00102a009

文献信息

• Synthesis, structure and certain biochemical properties of 31-branched thymidines and their 51-phosphate derivatives
  作者：I. I. Fedorov、E. M. Kaz'mina、N. A. Novikov、G. V. Gurskaya、A. V. Bochkarev、M. V. Yas'ko、L. S. Viktorova、M. K. Kukhanova、A. A. Kraevskii、Ya. Bal'zarini、E. De Clerk

  DOI：10.1007/bf00772900

  日期：1992.5

  the cell and inhibition of the synthesis of the viral RNA [30]. It was shown that 3'-C-methyluridine 5'-triphosphate is a terminating substrate for the RNApolymerase of E. coli [i]. In the present work a general scheme of a synthesis of 3'-branched 2'-deoxythymidines is presented. Previously the Grignard reaction was used with 3'-keto-2'deoxynucleosides [33] and with 2'-O-tosylribonucleosides [5, 6]

  对于具有潜在抗逆转录病毒活性的化合物的合成，优先采用常规方法。该方法基于 2'-脱氧核苷 3'-位的羟基被其他官能团取代，同时保留 3'-位的氢原子 [14]。将烷基取代基引入 3'-位代替氢原子同时保留 3'-羟基也很有趣，这可能在 DNA 合成过程中参与多核苷酸链的延伸。这些脱氧核苷在形成磷酸酯键时的亲核性因此显着降低，这可以赋予底物新的性质。通过这种方式，先前已在 3' 中建立了抗病毒活性 -C 甲基核糖核苷与天花疫苗病毒相关，因为它们可能在细胞中发生 5 三磷酸化并抑制病毒 RNA 的合成 [30]。结果表明，3'-C-甲基尿苷 5'-三磷酸是大肠杆菌 [i] 的 RNA 聚合酶的终止底物。在目前的工作中，提出了合成 3'-支链 2'-脱氧胸苷的一般方案。以前，格氏反应与 3'-酮-2'脱氧核苷 [33] 和 2'-O-甲苯磺酰基核糖核苷 [5, 6] 一起用于制备，这使得获得 3'-C-甲基-2'
• Compositions and methods for optimizing cleavage of RNA by RNASE H
  申请人：Isis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：EP2700720A2

  公开（公告）日：2014-02-26

  The present invention provides compositions and methods for the optimization of cleavage of RNA species by RNase H. In some emboediments, the invention provides oligonucleotides that possess two or more regions of differing conformation, and at least one transitional nucleobase positioned between the regions that is capable of modulating transfer of the helical conformation characteristic of the region bound to the 3'hydroxy thereof, to the region bound to the 5' hydroxyl thereof.

  在一些实施方案中，本发明提供的寡核苷酸具有两个或两个以上不同构象的区域，以及位于这些区域之间的至少一个过渡核碱基，该过渡核碱基能够调节与其3'羟基结合的区域所特有的螺旋构象向与其5'羟基结合的区域的转移。
• Pfundheller, Henrik M.; Jorgensen, Pia N.; Sorensen, Ulrik S., Journal of the Chemical Society. Perkin transactions I, 1998, # 8, p. 1409 - 1421
  作者：Pfundheller, Henrik M.、Jorgensen, Pia N.、Sorensen, Ulrik S.、Sharma, Sunil K.、Grimstrup, Marie、Stroech, Claudia、Nielsen, Poul、Viswanadham, Garimella、Olsen, Carl Erik、Wengel, Jesper

  DOI：——

  日期：——
• EP0789706A4
  申请人：——

  公开号：EP0789706A4

  公开（公告）日：1999-08-11
• SUGAR MODIFIED NUCLEOSIDES AND THEIR USE FOR SYNTHESIS OF OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：ICN PHARMACEUTICALS

  公开号：EP0789706A1

  公开（公告）日：1997-08-20