1-(3,3-dimethylbutyryl)-L-proline benzyl ester | 92010-16-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: 1-(3,3-dimethylbutyryl)-L-proline benzyl ester
• 英文别名: (S)-benzyl 1-(3,3-dimethylbutanoyl)pyrrolidine-2-carboxylate；benzyl (2S)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)pyrrolidine-2-carboxylate
• CAS: 92010-16-7
• 化学式: C₁₈H₂₅NO₃
• 分子量: 303.401
• InChiKey: UKKVKSUIXIZNDS-HNNXBMFYSA-N

物化性质

• 沸点：
  436.3±38.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.101±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  46.6
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(3,3-dimethylbutyryl)-L-proline benzyl ester 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 20.0 ℃ 、379.22 kPa 条件下， 以94%的产率得到1-(3,3-dimethylbutyryl)-L-proline
  参考文献：
  名称：

  在蛋白质-配体结合的背景下调节氢键碱性：以凝血酶抑制剂为例的研究揭示了去溶剂化的主要作用

  摘要：

  理解氢键的细微方面是提高我们设计对蛋白质宿主具有高亲和力的配体的能力的一项艰巨而关键的任务。为了对这些方面有更深入的了解，我们研究了一系列凝血酶抑制剂，其中通过生物立体异构调节了从Gly216接受H键的配体基团的碱性。例如，通过相邻部分的生物等排代换，使C = O受体电子缺乏或富集。尽管当增加H键的碱性时（由于与蛋白质更强的H键结合），预期配体的结合亲和力会提高，但我们在此提供的数据出乎意料地显示出相反的趋势。该趋势归因于去溶剂化在确定相对结合亲和力中的主导作用。例如，H-键碱性的降低减少了去溶剂化损失，并且如实验观察到的，提高了结合亲和力，因为去溶剂化损失的减少主导了配体与蛋白质相互作用的净贡献的变化。因此，当前的研究表明，去溶剂化可能是造成明显的反直觉的结构-活性关系（SAR）结果的主要原因，并且表明了解这一因素可以提高我们预测结合亲和力和设计更有效配体的能力。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2016.09.038
• 作为产物：
  描述：

  3,3-二甲基-1-丁酸 、 L-脯氨酸苄酯盐酸盐 在 4-二甲氨基吡啶 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以92%的产率得到1-(3,3-dimethylbutyryl)-L-proline benzyl ester
  参考文献：
  名称：

  设计，合成和测试潜在的抗渗胶剂。5.为供体位点设计的二取代的苯甲酸和为受体位点设计的脯氨酸水杨酸酯。

  摘要：

  本文报道了新型强力抗凝胶剂的发现。通过分子模拟实验设计了新化合物二取代苯甲酸衍生物。这些分子包含定位成与HbS中Val-6 beta突变位点（供体位点）附近的几个极性氨基酸残基相互作用的官能团。这些化合物还包含一个疏水基团，该基团设计成在由几个疏水性氨基酸产生的蛋白质表面上占据一个非极性的ara。报道了使用标准溶解度测定法合成和测试这些新分子。在活性最强的抗胶凝剂之一化合物13和苯扎贝特之间进行结构比较，化合物13对溶液中Hb的氧亲和力影响很小 一种已知的抗血脂药物，该药物具有促进作用，并且对降低Hb氧亲和力具有非常有效的作用（Perutz，MF; Poyart，C. Lancet 1983，2，881-882）。我们还报告了合成和测试的一系列脯氨酸-水杨酸分子设计用于在突变受体区域共价反应。这类分子没有显示出明显的活性。

  DOI：

  10.1021/jm00378a005

文献信息

• Design, synthesis, and testing of potential antisickling agents. 5. Disubstituted benzoic acids designed for the donor site and proline salicylates designed for the acceptor site
  作者：Donald J. Abraham、David M. Gazze、Paul E. Kennedy、Michael Mokotoff

  DOI：10.1021/jm00378a005

  日期：1984.12

  This paper reports the discovery of a new class of potent antigelling agents. The new compounds, disubstituted benzoic acid derivatives, were designed by using molecular modeling experiments. These molecules contain functional groups positioned to interact with several polar amino acid residues near the Val-6 beta mutation site (donor site) in HbS. The compounds also contain a hydrophobic group designed

  本文报道了新型强力抗凝胶剂的发现。通过分子模拟实验设计了新化合物二取代苯甲酸衍生物。这些分子包含定位成与HbS中Val-6 beta突变位点（供体位点）附近的几个极性氨基酸残基相互作用的官能团。这些化合物还包含一个疏水基团，该基团设计成在由几个疏水性氨基酸产生的蛋白质表面上占据一个非极性的ara。报道了使用标准溶解度测定法合成和测试这些新分子。在活性最强的抗胶凝剂之一化合物13和苯扎贝特之间进行结构比较，化合物13对溶液中Hb的氧亲和力影响很小 一种已知的抗血脂药物，该药物具有促进作用，并且对降低Hb氧亲和力具有非常有效的作用（Perutz，MF; Poyart，C. Lancet 1983，2，881-882）。我们还报告了合成和测试的一系列脯氨酸-水杨酸分子设计用于在突变受体区域共价反应。这类分子没有显示出明显的活性。
• Enhancement of Hydrophobic Interactions and Hydrogen Bond Strength by Cooperativity: Synthesis, Modeling, and Molecular Dynamics Simulations of a Congeneric Series of Thrombin Inhibitors
  作者：Laveena Muley、Bernhard Baum、Michael Smolinski、Marek Freindorf、Andreas Heine、Gerhard Klebe、David G. Hangauer

  DOI：10.1021/jm9016416

  日期：2010.3.11

  that engages in a hydrogen bond with Gly 216. The first series of inhibitors has a m-chlorobenzyl moiety binding in the S1 pocket, and the second has a benzamidine moiety. When the adjacent hydrogen bond is present, the enhanced binding affinity per Å2 of hydrophobic contact surface in the S3 pocket improves by 75% and 59%, respectively, over the inhibitors lacking this hydrogen bond. This improvement

  通过计算方法准确预测配体与其受体的结合亲和力是基于结构的药物设计的主要挑战之一。这些预测中潜在的重大错误之一是非共价相互作用的配体结合亲和力贡献是可加的共同假设。本文中，我们介绍了从两个单独的凝血酶抑制剂系列中获得的数据，这些凝血酶抑制剂的大小不断增加，并结合在S3口袋中，并带有或不带有与Gly 216氢键键合的相邻胺的疏水侧链。一米的S1'袋-氯苄基部分结合，并且所述第二具有苄脒部分。当相邻氢键存在时，增强的每的结合亲和力2与缺少该氢键的抑制剂相比，S3袋中疏水接触表面的表面张力分别提高了75％和59％。每结合亲和力的这种改进2演示了疏水相互作用和氢键间的协同性。
• Modulating hydrogen-bond basicity within the context of protein-ligand binding: A case study with thrombin inhibitors that reveals a dominating role for desolvation
  作者：Nader N. Nasief、Ahmed M. Said、David Hangauer

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.09.038

  日期：2017.1

  of hydrogen bonding is a challenging but crucial task to improve our ability to design ligands with high affinity for protein hosts. To gain a deeper understanding of these aspects, we investigated a series of thrombin inhibitors in which the basicity of the ligand's group that accepts an H-bond from Gly216 was modulated via bioisosterism; e.g., a C=O acceptor was made electron deficient or rich via

  理解氢键的细微方面是提高我们设计对蛋白质宿主具有高亲和力的配体的能力的一项艰巨而关键的任务。为了对这些方面有更深入的了解，我们研究了一系列凝血酶抑制剂，其中通过生物立体异构调节了从Gly216接受H键的配体基团的碱性。例如，通过相邻部分的生物等排代换，使C = O受体电子缺乏或富集。尽管当增加H键的碱性时（由于与蛋白质更强的H键结合），预期配体的结合亲和力会提高，但我们在此提供的数据出乎意料地显示出相反的趋势。该趋势归因于去溶剂化在确定相对结合亲和力中的主导作用。例如，H-键碱性的降低减少了去溶剂化损失，并且如实验观察到的，提高了结合亲和力，因为去溶剂化损失的减少主导了配体与蛋白质相互作用的净贡献的变化。因此，当前的研究表明，去溶剂化可能是造成明显的反直觉的结构-活性关系（SAR）结果的主要原因，并且表明了解这一因素可以提高我们预测结合亲和力和设计更有效配体的能力。