1-((2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 124691-92-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-((2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• 英文别名: 3′-O-(propargyl)thymidine；3'-O-propargyl-thymidine；3'-O-(2-propynyl)thymidine；3'-propargylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-prop-2-ynoxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 124691-92-5
• 化学式: C₁₃H₁₆N₂O₅
• 分子量: 280.28
• InChiKey: KJULSTLPEMBQDG-HBNTYKKESA-N

物化性质

• 熔点：
  144.7 °C
• 密度：
  1.37±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 吡啶 、 sodium azide 、 copper(II) sulfate 、 sodium ascorbate 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 (2R,3R,4S,5R,6R)-2-(acetoxymethyl)-6-(4-(((2R,3S,5R)-2-(azidomethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yloxy)methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triyl triacetate
  参考文献：
  名称：

  Glycosyl-Nucleolipids as New Bioinspired Amphiphiles

  摘要：

  以叠氮胸苷为起始物，合成了四例具有单氟碳链或双碳氢链的甘油糖基-核苷酸类似物（GNL），产率良好。物化研究（表面张力测定、差示扫描量热法）表明，基于羟基丁酰胺的GNL的相变温度表现为吸热，与先前报道的基于双链甘油的GNL类似。本文报道的第二代含有游离核碱基的GNF显示出更好的表面活性（更低的界面张力），相较于第一代GNF。

  DOI：

  10.3390/molecules181012241
• 作为产物：
  描述：

  1-((2R,4S,5R)-5-((tert-butyldimethylsilyloxy)methyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以93%的产率得到1-((2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Glycosyl-Nucleolipids as New Bioinspired Amphiphiles

  摘要：

  以叠氮胸苷为起始物，合成了四例具有单氟碳链或双碳氢链的甘油糖基-核苷酸类似物（GNL），产率良好。物化研究（表面张力测定、差示扫描量热法）表明，基于羟基丁酰胺的GNL的相变温度表现为吸热，与先前报道的基于双链甘油的GNL类似。本文报道的第二代含有游离核碱基的GNF显示出更好的表面活性（更低的界面张力），相较于第一代GNF。

  DOI：

  10.3390/molecules181012241

文献信息

• A Click Chemistry Approach to Pleuromutilin Conjugates with Nucleosides or Acyclic Nucleoside Derivatives and Their Binding to the Bacterial Ribosome
  作者：Line Lolk、Jacob Pøhlsgaard、Anne Sofie Jepsen、Lykke H. Hansen、Henrik Nielsen、Signe I. Steffansen、Laura Sparving、Annette B. Nielsen、Birte Vester、Poul Nielsen

  DOI：10.1021/jm800261u

  日期：2008.8.1

  Pleuromutilin and its derivatives are antibacterial drugs that inhibit protein synthesis in bacteria by binding to ribosomes. To promote rational design of pleuromutilin based drugs, 19 pleuromutilin conjugates with different nucleoside fragments as side chain extensions were synthesized by a click chemistry protocol. Binding was assessed by chemical footprinting of nucleotide U2506 in 23S rRNA, and

  截短侧耳素及其衍生物是通过与核糖体结合而抑制细菌中蛋白质合成的抗菌药物。为了促进基于截短侧耳素的药物的合理设计，通过点击化学方案合成了19种截短侧耳素作为侧链延伸的截短侧耳素缀合物。通过23S rRNA中核苷酸U2506的化学足迹评估结合，所有结合物均以不同程度结合，反映了其与肽基转移酶中心的结合亲和力。侧链延伸部分还在位置U2585处显示了各种保护。对具有最高亲和力的结合物的对接研究支持以下结论：尽管存在各种结合，截短侧耳素骨架仍在相同的结合袋中结合。共轭三唑部分的位置很好，核碱基位于50S核糖体亚基的不同口袋中。与截短侧耳素本身相比，具有最高亲和力和明显更好结合的衍生物包含与截短侧耳素C-22的腺嘌呤9-基丙烯三唑缀合物。
• Silicon‐Based Chemistry: An Original and Efficient One‐Step Approach to [ ¹⁸ F]‐Nucleosides and [ ¹⁸ F]‐Oligonucleotides for PET Imaging
  作者：Jürgen Schulz、Delphine Vimont、Thomas Bordenave、Damien James、Jean‐Marc Escudier、Michèle Allard、Magali Szlosek‐Pinaud、Eric Fouquet

  DOI：10.1002/chem.201003234

  日期：2011.3.7

  Take it eaSi! Nucleosides, dinucleotides, and one oligonucleotide, all modified by click chemistry, have for the first time been directly and very efficiently labeled with 18F by using a silicon‐based, one‐step approach that opens the way for the development of a new class of positron emission tomography (PET) tracers (see graphic).

  接受吧！通过点击化学修饰的核苷酸，二核苷酸和一个寡核苷酸，首次通过基于硅的一步法直接，非常有效地被18 F高效标记，这为开发新的类别开辟了道路正电子发射断层扫描（PET）示踪剂（见图）。
• A Multi-Task Palladium Catalyst Involved in Heck-Reduction-Cyclization Sequences for the Preparation of 4-Benzyl-1,2-dihydroisoquinolin-3-ones: An Unusual Homogeneous-Heterogeneous Sustainable Approach
  作者：François-Xavier Felpin、Julia Laudien、Eric Fouquet、Cécile Zakri

  DOI：10.1055/s-0029-1219926

  日期：2010.6

  A mixed homogeneous-heterogeneous catalysis that exploits a multi-task palladium catalyst has been developed for one-pot sequential Heck-reduction-cyclization (HRC) reactions leading to novel 4-benzyl-1,2-dihydroisoquinolin-3-ones. The HRC sequence requires mild conditions and allows the separation of the palladium residues under the form of an in situ generated Pd(0)/C catalyst by simple filtration. The homemade and recovered catalyst can be efficiently reused for Suzuki-Miyaura reactions and reductive processes making it useful for sustainable chemistry.

  开发了一种利用多功能钯催化剂的混合均相-非均相催化，用于一步法顺序的Heck-还原-环化（HRC）反应，从而合成新型4-苄基-1,2-二氢异喹啉-3-酮。HRC反应序列在温和条件下进行，并允许通过简单过滤将钯残留物以原位生成的Pd(0)/C催化剂形式分离。自制的回收催化剂可以高效地重复用于铃木-宫浦反应和还原过程，使其在可持续化学中具有重要价值。
• Nucleoside and nucleotide analogues by catalyst free Huisgen nitrile oxide–alkyne1,3-dipolar cycloaddition
  作者：Virginie Algay、Ishwar Singh、Frances Heaney

  DOI：10.1039/b917450h

  日期：——

  An efficient, catalyst free, 1,3-dipolar cycloaddition strategy to conjugate nucleosides and nucleotides with isoxazoles under atmospheric conditions and in an aqueous environment is reported. The protocol involves chloramine-T as a practical reagent to induce in situ nitrile oxide formation and the alkyne partner is attached to the sugar residue or the nucleobase. The reactions are regiospecific,

  报道了一种有效的，无催化剂的1,3-偶极环加成策略，用于在大气条件下和水性环境中将核苷和核苷酸与异恶唑偶联。该协议涉及氯胺作为诱导原位一氧化氮形成的实用试剂，炔烃配偶体附着在糖残基或核碱基上。该反应是区域特异性的，快速且高产率的。
• ¹¹C Click Chemistry Using [¹¹C]Methyl Azide: Simplified, Versatile, and Practical Alternative Access to [¹¹C]Nucleosides and [¹¹C]Oligonucleotides for PET Imaging
  作者：Thomas Bordenave、Puja Panwar Hazari、Damien James、Anil K. Mishra、Magali Szlosek-Pinaud、Eric Fouquet

  DOI：10.1002/ejoc.201201379

  日期：2013.3

  the simplified formation of methyl azide and its use in the Huisgen cycloaddition for the rapid, efficient, and selective labeling of modified nucleosides and oligonucleotides. The transposition to radioactive chemistry is presented, and this furnishes practical access to [11C]methylated tracers for positron emission tomography imaging.

  本通讯报道了叠氮化物的简化形成及其在 Huisgen 环加成反应中的应用，以快速、有效和选择性地标记修饰的核苷和寡核苷酸。介绍了向放射性化学的转置，这提供了对 [11C] 甲基化示踪剂进行正电子发射断层扫描成像的实际访问。