5'-deoxy-2',3'-O-isopropylidene-5'-[3-(methoxycarbonyl)propylthio]adenosine | 263715-51-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: 5'-deoxy-2',3'-O-isopropylidene-5'-[3-(methoxycarbonyl)propylthio]adenosine
• 英文别名: methyl 4-[[(3aR,4R,6S,6aS)-4-(6-aminopurin-9-yl)-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-6-yl]methylsulfanyl]butanoate
• CAS: 263715-51-1
• 化学式: C₁₈H₂₅N₅O₅S
• 分子量: 423.493
• InChiKey: FMCHAOUFWYCCLK-IWCJZZDYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.6
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  149
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-deoxy-2',3'-O-isopropylidene-5'-[3-(methoxycarbonyl)propylthio]adenosine 在 lithium hydroxide monohydrate 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以96%的产率得到5'-[3-(carboxy)propylthio]-5'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  发现 DNA 甲基转移酶 2 抑制剂，一种表观转录组调节剂和癌症治疗的潜在靶点

  摘要：

  表观转录组的选择性操作可能有益于癌症的治疗，也可以拓宽对表观遗传的理解。设计、合成和分析tRNA 甲基转移酶 DNMT2 的抑制剂，该酶催化S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基化胞苷 38 至 5-甲基胞苷，并分析其酶结合和抑制特性。为了快速筛选潜在的 DNMT2 结合剂，建立了微量热泳分析。除了天然抑制剂S -adenosyl- l- homocysteine (SAH) 和 sinefungin (SFG)，我们还根据N的结构鉴定了新的合成抑制剂。-腺苷-2,4-二氨基丁酸（Dab）。构效关系研究表明，Dab 4 位的氨基酸侧链和 Y 形取代模式对 DNMT2 抑制至关重要。最有效的抑制剂是炔烃取代的衍生物，表现出与天然化合物 SAH 和 SFG 相似的结合和抑制效力。CaCo-2 测定表明，酸的膜渗透性差和乙酯前药的快速水解可能是纤维素中活性不足的原因。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.2c00388
• 作为产物：
  描述：

  2',3'-异丙叉腺苷 在 偶氮二甲酸二异丙酯 、 sodium methylate 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 生成 5'-deoxy-2',3'-O-isopropylidene-5'-[3-(methoxycarbonyl)propylthio]adenosine
  参考文献：
  名称：

  发现 DNA 甲基转移酶 2 抑制剂，一种表观转录组调节剂和癌症治疗的潜在靶点

  摘要：

  表观转录组的选择性操作可能有益于癌症的治疗，也可以拓宽对表观遗传的理解。设计、合成和分析tRNA 甲基转移酶 DNMT2 的抑制剂，该酶催化S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基化胞苷 38 至 5-甲基胞苷，并分析其酶结合和抑制特性。为了快速筛选潜在的 DNMT2 结合剂，建立了微量热泳分析。除了天然抑制剂S -adenosyl- l- homocysteine (SAH) 和 sinefungin (SFG)，我们还根据N的结构鉴定了新的合成抑制剂。-腺苷-2,4-二氨基丁酸（Dab）。构效关系研究表明，Dab 4 位的氨基酸侧链和 Y 形取代模式对 DNMT2 抑制至关重要。最有效的抑制剂是炔烃取代的衍生物，表现出与天然化合物 SAH 和 SFG 相似的结合和抑制效力。CaCo-2 测定表明，酸的膜渗透性差和乙酯前药的快速水解可能是纤维素中活性不足的原因。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.2c00388

文献信息

• Efficient Synthesis ofS-Adenosyl-L-Homocysteine Natural Product Analogues and Their Use to Elucidate the Structural Determinant for Cofactor Binding of the DNA Methyltransferase M·HhaI
  作者：Marc Pignot、Goran Pljevaljcic、Elmar Weinhold

  DOI：10.1002/(sici)1099-0690(200002)2000:3<549::aid-ejoc549>3.0.co;2-7

  日期：2000.2

  good overall yields. Direct deprotection of the thionucleoside 8 delivered 5′-thio-5′-deoxyadenosine (18) in excellent yield. In addition, binding constants of these AdoHcy analogues and the DNA methyltransferase M·HhaI were determined in a fluorescence assay.

  5'-Acetylthio-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneadenosine (8) 由市售的 2',3'-O-isopropylideneadenosine (7) 和硫代乙酸在 Mitsunobu 条件下以几乎定量的产率直接制备. 原位裂解 8 的乙酰硫基官能团，然后与不同的烷基溴进行偶联，收率很高。获得的 5'-硫代核苷的脱保护产生 S-腺苷-L-高半胱氨酸类似物脱羧的 AdoHcy (11)、脱氨基的 AdoHcy (14) 和 5'-[3-(氰基)丙硫基]-5'-脱氧腺苷 (16)良好的整体收益率。硫代核苷 8 的直接脱保护以优异的产率提供 5'-thio-5'-deoxyadenosine (18)。此外，这些 AdoHcy 类似物和 DNA 甲基转移酶 M·HhaI 的结合常数在荧光测定中确定。
• Discovery of Inhibitors of DNA Methyltransferase 2, an Epitranscriptomic Modulator and Potential Target for Cancer Treatment
  作者：Marvin Schwickert、Tim R. Fischer、Robert A. Zimmermann、Sabrina N. Hoba、J. Laurenz Meidner、Marlies Weber、Moritz Weber、Martin M. Stark、Jonas Koch、Nathalie Jung、Christian Kersten、Maike Windbergs、Frank Lyko、Mark Helm、Tanja Schirmeister

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.2c00388

  日期：2022.7.28

  Selective manipulation of the epitranscriptome could be beneficial for the treatment of cancer and also broaden the understanding of epigenetic inheritance. Inhibitors of the tRNA methyltransferase DNMT2, the enzyme catalyzing the S-adenosylmethionine-dependent methylation of cytidine 38 to 5-methylcytidine, were designed, synthesized, and analyzed for their enzyme-binding and -inhibiting properties

  表观转录组的选择性操作可能有益于癌症的治疗，也可以拓宽对表观遗传的理解。设计、合成和分析tRNA 甲基转移酶 DNMT2 的抑制剂，该酶催化S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基化胞苷 38 至 5-甲基胞苷，并分析其酶结合和抑制特性。为了快速筛选潜在的 DNMT2 结合剂，建立了微量热泳分析。除了天然抑制剂S -adenosyl- l- homocysteine (SAH) 和 sinefungin (SFG)，我们还根据N的结构鉴定了新的合成抑制剂。-腺苷-2,4-二氨基丁酸（Dab）。构效关系研究表明，Dab 4 位的氨基酸侧链和 Y 形取代模式对 DNMT2 抑制至关重要。最有效的抑制剂是炔烃取代的衍生物，表现出与天然化合物 SAH 和 SFG 相似的结合和抑制效力。CaCo-2 测定表明，酸的膜渗透性差和乙酯前药的快速水解可能是纤维素中活性不足的原因。