5'-[3-(carboxy)propylthio]-5'-deoxyadenosine | 53186-60-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 5'-[3-(carboxy)propylthio]-5'-deoxyadenosine
• 英文别名: 5'-S-(3-carboxypropyl)-5'-thioadenosine；5-S-adenosyl-4-thiobutyric acid；4-adenosin-5'-ylsulfanyl-butyric acid；5'-S-Adenosyl-4-thiobuttersaeure；Adenosine, 5'-S-(3-carboxypropyl)-5'-thio-；4-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methylsulfanyl]butanoic acid
• CAS: 53186-60-0
• 化学式: C₁₄H₁₉N₅O₅S
• 分子量: 369.401
• InChiKey: IYLCXXRWHSNWCC-FRJWGUMJSA-N

物化性质

• 沸点：
  767.9±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.80±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.4
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  182
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-[3-(carboxy)propylthio]-5'-deoxyadenosine 在 高氯酸 、 ammonium molybdate 、 双氧水 作用下， 反应 10.0h， 以49%的产率得到5-S-adenosyl-4-thiobutyric acid sulfone
  参考文献：
  名称：

  SAM结合核糖开关的分子识别特征。

  摘要：

  DOI：

  10.1002/anie.200503198
• 作为产物：
  描述：

  2',3'-异丙叉腺苷 在 lithium hydroxide monohydrate 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 sodium methylate 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5'-[3-(carboxy)propylthio]-5'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  发现 DNA 甲基转移酶 2 抑制剂，一种表观转录组调节剂和癌症治疗的潜在靶点

  摘要：

  表观转录组的选择性操作可能有益于癌症的治疗，也可以拓宽对表观遗传的理解。设计、合成和分析tRNA 甲基转移酶 DNMT2 的抑制剂，该酶催化S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基化胞苷 38 至 5-甲基胞苷，并分析其酶结合和抑制特性。为了快速筛选潜在的 DNMT2 结合剂，建立了微量热泳分析。除了天然抑制剂S -adenosyl- l- homocysteine (SAH) 和 sinefungin (SFG)，我们还根据N的结构鉴定了新的合成抑制剂。-腺苷-2,4-二氨基丁酸（Dab）。构效关系研究表明，Dab 4 位的氨基酸侧链和 Y 形取代模式对 DNMT2 抑制至关重要。最有效的抑制剂是炔烃取代的衍生物，表现出与天然化合物 SAH 和 SFG 相似的结合和抑制效力。CaCo-2 测定表明，酸的膜渗透性差和乙酯前药的快速水解可能是纤维素中活性不足的原因。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.2c00388

文献信息

• SAH derived potent and selective EZH2 inhibitors
  作者：Pei-Pei Kung、Buwen Huang、Luke Zehnder、John Tatlock、Patrick Bingham、Cody Krivacic、Ketan Gajiwala、Wade Diehl、Xiu Yu、Karen A. Maegley

  DOI：10.1016/j.bmcl.2015.02.017

  日期：2015.4

  the histone methyltransferase (HMT) inhibitor SAH (S-adenosyl-l-homocysteine). These nucleoside-based EZH2 inhibitors blocked the methylation of nucleosomes at H3K27 in biochemical assays employing both WT PRC2 complex as well as a Y641N mutant PRC2 complex. The most potent compound, 27, displayed IC50’s against both complexes of 270 nM and 70 nM, respectively. To our knowledge, compound 27 is the most

  基于组蛋白甲基转移酶（HMT）抑制剂SAH（S-腺苷-1-同型半胱氨酸）的化学结构，设计了一系列新型的zeste同源物2（EZH2）抑制剂增强剂。这些基于核苷的EZH2抑制剂在同时使用WT PRC2复合物和Y641N突变体PRC2复合物的生化分析中阻止了H3K27处核小体的甲基化。最有效的化合物27对两种复合物分别显示270 nM和70 nM的IC 50值。据我们所知，化合物27是尚未发现的最有效的SAH衍生的EZH2 PRC2复合物的抑制剂。与SAH相比，该化合物还显示出更高的效价，亲脂效率（LipE）和对其他赖氨酸甲基转移酶的选择性。
• Substrate-Dependent Cleavage Site Selection by Unconventional Radical <i>S</i>-Adenosylmethionine Enzymes in Diphthamide Biosynthesis
  作者：Min Dong、Masaki Horitani、Boris Dzikovski、Jack H. Freed、Steven E. Ealick、Brian M. Hoffman、Hening Lin

  DOI：10.1021/jacs.7b01712

  日期：2017.4.26

  S-Adenosylmethionine (SAM) has a sulfonium ion with three distinct C-S bonds. Conventional radical SAM enzymes use a [4Fe-4S] cluster to cleave homolytically the C5',adenosine-S bond of SAM to generate a 5'-deoxyadenosyl radical, which catalyzes various downstream chemical reactions. Radical SAM enzymes involved in diphthamide biosynthesis, such as Pyrococcus horikoshii Dph2 (PhDph2) and yeast Dph1-Dph2

  S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 的锍离子具有三个不同的 CS 键。传统的自由基SAM酶使用[4Fe-4S]簇来均裂SAM的C5'、腺苷-S键，生成5'-脱氧腺苷自由基，催化各种下游化学反应。参与二苯甲酰胺生物合成的自由基 SAM 酶，例如 Pyrococcus horikoshii Dph2 (PhDph2) 和酵母 Dph1-Dph2，而是裂解甲硫氨酸的 Cγ,Met-S 键以生成 3-氨基-3-羧丙基自由基。我们在这里展示了自由基 SAM 酶可以通过改变 SAM 的结构来调整以切割与锍硫的第三个 CS 键。使用脱羧基 SAM 类似物 (dc-SAM)，PhDph2 裂解 C 甲基-S 键，形成 5'-脱氧-5'-(3-氨基丙硫基) 腺苷 (dAPTA, 1)。甲基裂解活性，像其他两个 CS 键的断裂一样，取决于 [4Fe-4S]+ 簇的存在。电子-核双共振和质谱数据表明 [4Fe-4S]
• Efficient Synthesis ofS-Adenosyl-L-Homocysteine Natural Product Analogues and Their Use to Elucidate the Structural Determinant for Cofactor Binding of the DNA Methyltransferase M·HhaI
  作者：Marc Pignot、Goran Pljevaljcic、Elmar Weinhold

  DOI：10.1002/(sici)1099-0690(200002)2000:3<549::aid-ejoc549>3.0.co;2-7

  日期：2000.2

  good overall yields. Direct deprotection of the thionucleoside 8 delivered 5′-thio-5′-deoxyadenosine (18) in excellent yield. In addition, binding constants of these AdoHcy analogues and the DNA methyltransferase M·HhaI were determined in a fluorescence assay.

  5'-Acetylthio-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneadenosine (8) 由市售的 2',3'-O-isopropylideneadenosine (7) 和硫代乙酸在 Mitsunobu 条件下以几乎定量的产率直接制备. 原位裂解 8 的乙酰硫基官能团，然后与不同的烷基溴进行偶联，收率很高。获得的 5'-硫代核苷的脱保护产生 S-腺苷-L-高半胱氨酸类似物脱羧的 AdoHcy (11)、脱氨基的 AdoHcy (14) 和 5'-[3-(氰基)丙硫基]-5'-脱氧腺苷 (16)良好的整体收益率。硫代核苷 8 的直接脱保护以优异的产率提供 5'-thio-5'-deoxyadenosine (18)。此外，这些 AdoHcy 类似物和 DNA 甲基转移酶 M·HhaI 的结合常数在荧光测定中确定。
• BIOCONJUGATES OF HETEROCYCLIC COMPOUNDS
  申请人：Hao Xiujuan

  公开号：US20160291014A1

  公开（公告）日：2016-10-06

  The invention provides bioconjugates of heterocylic compounds such as S-adenosylmethionine and S-adenosylhomocysteine with biotin or digoxigenin. The bioconjugates also include carbon and nitrogen linker moieties of varying length that are used to attach such compounds to biotin or digoxigenin. The conjugates are useful in immunoassays. The invention provides a method for detecting SAM and SAH, comprising the steps of: (a) preparing the following components: (i) bio-conjugates of SAM, SAM analogs or SAH; (ii) an europium, a terbium cryptate or other fluorophore as a donor that has a specific ligand for the tracer in the bio-conjugates of (i); (iii) an acceptor fluorescent dye that has the excitation spectra overlap those of donor's emissions and has an antibody specific for SAM or SAH labeled; (b) addition of the biological fluid containing said SAM or SAH; and (c) spectroscopic measurement of the fluorescence of the donor and the fluorescence of from the acceptor.
• PRMT5 INHIBITORS AND USES THEREOF
  申请人：Epizyme, Inc.

  公开号：US20170198006A1

  公开（公告）日：2017-07-13

  Described herein are compounds of Formula (I)-(XIII), pharmaceutically acceptable salts thereof, and pharmaceutical compositions thereof. Compounds of the present invention are useful for inhibiting PRMT5 activity. Methods of using the compounds for treating PRMT5-mediated disorders are also described.