化合物55 | 1381761-52-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 中文名称: 化合物55
• 英文名称: FED1
• 英文别名: 5'-[(3-{[(4-Tert-Butylphenyl)carbamoyl]amino}propyl)(Propan-2-Yl)amino]-5'-Deoxyadenosine；1-[3-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl-propan-2-ylamino]propyl]-3-(4-tert-butylphenyl)urea
• CAS: 1381761-52-9
• 化学式: C₂₇H₄₀N₈O₄
• 分子量: 540.666
• InChiKey: MTLMDZJUGDUTCP-PTGPVQHPSA-N

物化性质

• 密度：
  1.37±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO: 50mg/mL

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  164
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  2',3'-异丙叉腺苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 sodium cyanoborohydride 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 37.0h， 生成 化合物55
  参考文献：
  名称：

  DOT1L抑制剂衍生的基于小分子亲和力的探针的原位蛋白质组分析和生物成像应用

  摘要：

  DOT1L是使赖氨酸79（H3K79）上的组蛋白H3甲基化的唯一蛋白质甲基转移酶，并且是一种有前途的抗癌药物。DOT1L的小分子抑制剂（例如FED1）是潜在的抗癌药，是研究DOT1L在人类疾病中的生物学作用的有用工具。FED1对DOT1L表现出优异的体外抑制活性，但其细胞作用相对较差。在这项研究中，我们设计并合成了具有光反应性和“可点击”亲和力的探针（AfBPs）P1和P2，它们是FED1的细胞渗透性和结构类似物。在体外和活的哺乳动物细胞（原位）中广泛研究了这两种探针对DOT1L蛋白的结合和抑制作用。随后在活细胞成像实验中研究了探针的细胞摄取和亚细胞定位特性，我们的结果表明，尽管P1和P2都容易进入哺乳动物细胞，但大多数不能到达细胞核，功能DOT1L驻留。这为FED1的细胞活性差提供了一个合理的解释。最后，使用P1 / P2进行大规模基于细胞的蛋白质组分析，然后进行定量LC-MS / MS

  DOI：

  10.1002/chem.201600259

文献信息

• Synthesis and Structure–Activity Relationship Investigation of Adenosine-Containing Inhibitors of Histone Methyltransferase DOT1L
  作者：Justin L. Anglin、Lisheng Deng、Yuan Yao、Guobin Cai、Zhen Liu、Hong Jiang、Gang Cheng、Pinhong Chen、Shuo Dong、Yongcheng Song

  DOI：10.1021/jm300917h

  日期：2012.9.27

  Histone3-lysine79 (H3K79) methyltransferase DOT1L has been found to be a drug target for acute leukemia with MLL (mixed lineage leukemia) gene translocations. A total of 55 adenosine-containing compounds were designed and synthesized, among which several potent DOT1L inhibitors were identified with Ki values as low as 0.5 nM. These compounds also show high selectivity (>4500-fold) over three other histone methyltransferases

  组蛋白 3-赖氨酸 79 (H3K79) 甲基转移酶 DOT1L 已被发现是具有 MLL（混合谱系白血病）基因易位的急性白血病的药物靶点。总共设计和合成了 55 种含腺苷的化合物，其中鉴定了几种有效的 DOT1L 抑制剂，K i值低至 0.5 nM。与其他三种组蛋白甲基转移酶相比，这些化合物还显示出高选择性（> 4500 倍）。讨论了这些化合物对 DOT1L 的抑制活性的构效关系 (SAR)。强效 DOT1L 抑制剂对 MLL 易位白血病细胞系 MV4;11 和 THP1 的增殖具有选择性活性，EC 504–11 μM 的值。等温滴定量热研究表明，两种代表性抑制剂以高亲和力与 DOT1L:核小体复合物结合，仅与酶辅因子 SAM（S-腺苷-1-甲硫氨酸）竞争，而不与底物核小体竞争。
• 5’-脱氧-5’-异丙基取代氨基核苷类化合物、 其制备方法和用途
  申请人：中国科学院上海药物研究所

  公开号：CN109748944B

  公开（公告）日：2021-12-10

  本发明公开了通式7所示的5’‑脱氧‑5’‑异丙基取代氨基核苷类化合物，该类化合物7的制备方法，以及该类化合物7作为中间体在制备5’‑脱氧‑5’‑多取代氨基核苷类化合物1中的应用。
• Convenient preparation of pinometostat and related 5′-deoxy-5′-amino adenosine derivatives as well as their activity against DOT1L
  作者：Tongchao Liu、Huanming Ren、Cong Li、Guohua Chen、Maosheng Cheng、Dongmei Zhao、Jingkang Shen、Jia Li、Yubo Zhou、Bing Xiong、Yue-Lei Chen

  DOI：10.1016/j.tetlet.2017.12.064

  日期：2018.1

  information, the newly prepared 2′-C-Me adenosine derivatives contribute to the limited repertoire of ribose-modified nucleoside DOT1L inhibitors. In general, this new synthetic method will facilitate not only the study of nucleoside DOT1L inhibitors, but also the synthetic and medicinal chemistry research of 5′-deoxy-5′-amino adenosine derivatives.

  从腺苷和2'- C- Me腺苷，建立了向核苷DOT1L抑制剂（包括匹诺司他，EPZ5677和FED1）的3步路线。借助有用的结构活性关系信息，新制备的2'- C- Me腺苷衍生物有助于限制核糖修饰的核苷DOT1L抑制剂的库。通常，这种新的合成方法不仅将有助于核苷DOT1L抑制剂的研究，而且将促进5'-脱氧-5'-氨基腺苷衍生物的合成和药物化学研究。
• Modulators of Histone Methyltransferase, and Methods of Use Thereof
  申请人：Epizyme, Inc.

  公开号：US20160068559A1

  公开（公告）日：2016-03-10

  Disclosed are compounds, pharmaceutical compositions containing the compounds, and the uses of the compounds and compositions as modulators of histone methyltransferases, and for treating diseases influenced by modulation of histone methyltransferase activity.

  本发明涉及一种化合物、含有该化合物的药物组合物，以及将该化合物和组合物用作组蛋白甲基转移酶调节剂，以及治疗受组蛋白甲基转移酶活性调节影响的疾病的用途。
• [EN] MODULATORS OF HISTONE METHYLTRANSFERASE, AND METHODS OF USE THEREOF<br/>[FR] MODULATEURS D'HISTONE MÉTHYLTRANSFÉRASE ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION
  申请人：EPIZYME INC

  公开号：WO2012082436A3

  公开（公告）日：2012-09-20