cyclo-(γ-ImPyPyPy-(R)^H2Nγ-ImPyPyPy-)

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 肽模拟物
• 英文名称: cyclo-(γ-ImPyPyPy-(R)^H2Nγ-ImPyPyPy-)
• 英文别名: cyclo-(γ-Im-Py-Py-Py-(R)H,Nγ-Im-Py-Py-Py-) (3)；(22R)-22-amino-5,11,17,28,34,40,46,57-octamethyl-2,5,8,11,14,17,20,25,28,31,34,37,40,43,46,49,54,57,60,64-icosazanonacyclo[54.2.1.14,7.110,13.116,19.127,30.133,36.139,42.145,48]hexahexaconta-1(58),4(66),6,10(65),12,16(64),18,27(63),29,33(62),35,39(61),41,45(60),47,56(59)-hexadecaene-3,9,15,21,26,32,38,44,50,55-decone
• 化学式: C₅₄H₆₁N₂₁O₁₀
• 分子量: 1164.21
• InChiKey: BBCDZYKELLLNQH-UUWRZZSWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3
• 重原子数：
  85
• 可旋转键数：
  0
• 环数：
  9.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  382
• 氢给体数：
  11
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 三氟乙酸 作用下， 反应 1.0h， 生成 cyclo-(γ-ImPyPyPy-(R)^H2Nγ-ImPyPyPy-)
  参考文献：
  名称：

  用于识别 DNA 小凹槽的循环聚酰胺基序

  摘要：

  DNA 小沟中吡咯-咪唑 (Py-Im) 聚酰胺的并排复合物的共价连接基序提供了以亚纳摩尔亲和力特异性识别预定序列的小分子。由转角特异性 γ-氨基丁酸 (γ) 残基连接的聚酰胺亚基形成发夹聚酰胺结构。γ-转角残基的前手性 α-位置的选择性氨基取代使发夹 C 末端的阳离子电荷重新定位。在这里，我们报告了吡咯树脂的合成以及用于制备循环聚酰胺的固相策略。在包含六个碱基对匹配和错配结合位点的 DNA 限制性片段上分析了两个八环循环聚酰胺的 DNA 结合特性。定量足迹滴定表明，序列组成为 cyclo-(γ-ImPyPyPy-(R)^(H2N)γ-ImPyPyPy-) 的循环聚酰胺与 5'-AGTACT-3' 位点结合，平衡结合常数 K_a = 7.6 × 10 ^(10) M^(-1)，相对于未连接的同源二聚体 (ImPyPyPy-β-Dp)_2·5'-AGTACT-3' 增强 3600 倍，相对于发夹类似物

  DOI：

  10.1021/ja983206x

文献信息

• Compositions and methods relating to cyclic compounds that undergo nucleotide base pair-specific interactions with double-stranded nucleic acids
  申请人：California Institute of Technology

  公开号：US06673940B1

  公开（公告）日：2004-01-06

  The design, synthesis, and use of cyclic compounds, including cyclic polyamides, is described. Such compounds comprise at least two polymer portions, one of which comprises at least three molecular units, and the other comprises at least four molecular units. At least one molecular unit of such a compound is a hydrogen bond donor or acceptor. The polymer portions are covalently linked to form a cycle. These compounds are capable of targeting specific nucleotide sequences in double-stranded nucleic acids, particularly double-stranded DNA. Accordingly, such compounds can be used to modulate, e.g., increase or decrease, the expression of one or more genes in vitro or in vivo.

  描述了环化合物的设计、合成和使用，包括环状聚酰胺。这些化合物至少包括两个聚合物部分，其中一个部分包含至少三个分子单位，另一个部分包含至少四个分子单位。这种化合物的至少一个分子单位是氢键的给体或受体。这些聚合物部分通过共价键连接形成一个环。这些化合物能够针对双链核酸中的特定核苷酸序列，特别是双链DNA。因此，这些化合物可以用于调节体外或体内一个或多个基因的表达，例如增加或减少。
• US9630950B2
  申请人：——

  公开号：US9630950B2

  公开（公告）日：2017-04-25