N-(6-氯-5-硝基-4-氧代-1,4-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺 | 51471-45-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 中文名称: N-(6-氯-5-硝基-4-氧代-1,4-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺
• 英文名称: (2-acetylamino-6-chloro-5-nitro-3H-pyrimidin-4-one)
• 英文别名: n-(6-Chloro-5-nitro-4-oxo-1,4-dihydropyrimidin-2-yl)acetamide；N-(4-chloro-5-nitro-6-oxo-1H-pyrimidin-2-yl)acetamide
• CAS: 51471-45-5
• 化学式: C₆H₅ClN₄O₄
• 分子量: 232.583
• InChiKey: YBOCORODVPIHME-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.2
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.17
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

安全信息

• 海关编码：
  2933599090

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(6-氯-5-硝基-4-氧代-1,4-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺 在 palladium on activated charcoal 咪唑 、 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 75.0 ℃ 、120.0 kPa 条件下， 反应 6.0h， 生成 N-[5-amino-6-[[(1R,3S,4R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]cyclopentyl]amino]-4-oxo-1H-pyrimidin-2-yl]acetamide
  参考文献：
  名称：

  Base Pairing and Replicative Processing of the Formamidopyrimidine-dG DNA Lesion

  摘要：

  The 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine of 2'-deoxyguanosine (FaPydG) is one of the major DNA lesions found after oxidative stress in cells. To clarify the base pairing and coding potential of this major DNA lesion with the aim to estimate its mutagenic effect, we prepared oligonucleotides containing a cyclopentane based analogue of the DNA lesion (cFaPydG). In addition, oligonucleoticles containing the cyclopentane analogue of 2'-deoxyguanosine (cdG), and oligonucleotides containing 8-oxo-7,8-dihydro2'-deoxyguanosine (8-oxodG) were synthesized. The thermodynamic stability of duplexes containing these building blocks and all canonical counterbases were determined by concentration dependent melting-point measurements (van't Hoff plots). The data reveal that cFaPydG greatly destabilizes a DNA duplex (Delta Delta G(o)298K approximate to 2-4 kcal mol(-1)). The optimal base pairing partner for the cFaPydG lesion is dC. Investigation of duplexes containing dG and cdG shows that the effect of substituting the deoxyribose by a cyclopentane moiety is marginal. The data also provide strong evidence that the FaPydG lesion is unable to form a base pair with dA. Our computational studies indicate that the syn-conformation required for base pairing with dA is energetically unfavorable. This is in contrast to 8-oxodG for which the syn-conformation represents the energetic minimum. Kinetic primer extension studies using S. cerevisiae Pol eta reveal that cFaPydG is replicated in an error-free fashion. dC is inserted 2-3 orders of magnitude more efficiently than dT or CIA, showing that FaPydG is a lesion which retains the coding potential of dG. This is also in contrast to 8-oxodG, for which base pairing with dC and dA was established.

  DOI：

  10.1021/ja0549188
• 作为产物：
  描述：

  乙酸酐 、 2-氨基-4-氯-5-硝基-6-羟基嘧啶 在 硫酸 作用下， 反应 0.5h， 以84%的产率得到N-(6-氯-5-硝基-4-氧代-1,4-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺
  参考文献：
  名称：

  甲酰嘧啶G DNA损伤的合成，稳定性和构象。

  摘要：

  甲酰嘧啶（FapydGua）病变源自核碱基鸟嘌呤，是涉及诱变和致癌作用的主要DNA病变。迄今为止，关于该主要病变的化学信息非常有限。本文中，我们描述了FapydGua病变的乙酰基保护单体的合成和详细表征。在DMSO和水/乙腈中的稳定性研究表明，以前认为非常不稳定的N-糖苷键比预期的要稳定得多。FapydGua病变在水/乙腈中的半衰期为37.8小时，α-异构体为65.2小时。在室温下，确定用于异构化反应的弛豫时间为tau ＝ 6.5h。最重要的是，发现甲酰胺基集团 通过修复酶对病变识别过程至关重要的蛋白质固定在非极性溶剂（如氯仿）的顺式构象中。该构象使得能够在七元环系统的框架内在甲酰胺的羰基氧和N-糖苷键的NH之间形成氢键。这对修复酶（hOGG1和Fpg蛋白）对病变的识别有影响。迄今为止，据信这些酶可识别FapydGua病变的羰基。我们的研究表明，该羰基基团几乎被掩埋在主要的顺式构象中，因此

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20020104)8:1<293::aid-chem293>3.0.co;2-l
• 作为试剂：
  描述：

  (3S,4S)-1-amino-3,4-dihydroxy-2-pentanone 、 N-(6-氯-5-硝基-4-氧代-1,4-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺 在 N-(6-氯-5-硝基-4-氧代-1,4-二氢嘧啶-2-基)乙酰胺 作用下， 以45的产率得到2-acetylamino-5-nitro-6-((3S,4S)-3,3-dihydroxy-2-oxo-pentylamino)-pyrimidin-4-one
  参考文献：
  名称：

  一种通过直接手性合成方法制备二盐酸沙丙蝶呤的方法

  摘要：

  本发明公开了一种通过直接手性合成方法制备二盐酸沙丙蝶呤的方法，该发明缩短了二盐酸沙丙蝶呤的合成路线，利用不对称合成的方式引入手性中心使用钐催化剂的四氢呋喃溶液为催化剂，选择性催化得到高对映体异构值的目标化合物，提高了收率，原料廉价易得，大大降低了成本，为二盐酸沙丙蝶呤的大规模工业化生产提供了一条行之有效的思路。

  公开号：

  CN102627644A

文献信息

• METHOD FOR SYNTHESIZING SAPROPTERIN DIHYDROCHLORIDE
  申请人：ASYMCHEM LABORATORIES (TIANJIN)CO., LTD.

  公开号：US20150119573A1

  公开（公告）日：2015-04-30

  Disclosed is a method for synthesizing sapropterin dihydrochloride. The present disclosure reduces a synthesis route of the sapropterin dihydrochloride, and resolves a racemate intermediate or an intermediate having a low antimer isomerism value by using a chiral resolving reagent, thereby obtaining an intermediate having a high antimer isomerism value. Raw materials are cheap and readily available, and the cost is significantly reduced, hence providing an effective scheme for mass industrial production of the sapropterin dihydrochloride.

  公开了一种合成盐酸沙普曲酮的方法。本公开通过使用手性分离试剂减少了盐酸沙普曲酮的合成路线，并解决了一个具有低对映异构体值的混合物中间体或中间体，从而获得一个具有高对映异构体值的中间体。原材料价格便宜且易得，成本显著降低，因此为盐酸沙普曲酮的大规模工业生产提供了有效方案。
• Synthesis of a nitro group containing ribonucleoside related to guanosine
  作者：J. Claude Espie、M. France Lhomme、Claude Morat、Jean Lhomme

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)88822-x

  日期：1990.1

  The α- and β-anomers of the nitro group containing ribonucleoside have been prepared in a three-step sequence. Both exhibit an intramolecular H-bond between the 4-NH and an oxygen atom of the nitro group.

  含硝基核糖核苷的α-和β-异头物已按三步顺序制备。两者均在4-NH和硝基的氧原子之间显示分子内的H键。
• Dissecting the Differences between the α and β Anomers of the Oxidative DNA Lesion FaPydG
  作者：Florian Büsch、J. Carsten Pieck、Matthias Ober、Johannes Gierlich、Gerald W. Hsu、Lorena S. Beese、Thomas Carell

  DOI：10.1002/chem.200701373

  日期：2008.2.27

  The oxidative DNA lesion, FaPydG rapidly anomerizes to form a mixture of the alpha and beta anomer. To investigate the mutagenic potential of both forms, we prepared stabilized bioisosteric analogues of both configurational isomers and incorporated them into oligonucleotides. These were subsequently used for thermodynamic melting-point studies and for primer-extension experiments. While the beta compound

  氧化性DNA损伤FaPydG迅速发生异构化，形成α和β异构体的混合物。为了研究两种形式的诱变潜力，我们制备了两种构型异构体的稳定的生物等位基因类似物，并将其掺入寡核苷酸中。这些随后被用于热力学熔点研究和引物延伸实验。尽管与早期数据一致，β化合物更喜欢使用胞苷作为配对伴侣，但α化合物不能与任何天然碱基形成稳定的碱基对。在使用高保真聚合酶Bst Pol I进行引物延伸研究中，该聚合酶能够读取病灶。β化合物没有显示出很强的诱变潜力。相比之下，α化合物会严重破坏DNA双链体的稳定性，并会阻断所有测试的DNA聚合酶，
• Synthesis of the riboside analog of the pyrimidine adduct formed in the reaction between the carcinogen n-hydroxy-n-2 acetylaminofluorene and DNA
  作者：B. Robillard、M.F. Lhomme、J. Lhomme

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)98129-2

  日期：1985.1

  A general synthesis has been achieved to obtain carcinogen modified quanosines. The method was applied to the preparation of the N- 2, 5-diamino-4-oxo-3H-pyrimidine-6-yl-N-(β-D-ribofuranosyl)-N(2-fluorenyl)urea .

  已经实现了合成以获得致癌物修饰的广氨酸。该方法用于制备N-2、5-二氨基-4-氧代-3H-嘧啶-6-基-N-（β-D-核呋喃呋喃糖基）-N （2-芴基）脲。
• [EN] METHOD FOR SYNTHESIZING SAPROPTERIN DIHYDROCHLORIDE<br/>[FR] PROCÉDÉ DE SYNTHÈSE DE DICHLORHYDRATE DE SAPROPTÉRINE
  申请人：ASYMCHEM LAB TIANJIN CO LTD

  公开号：WO2013152609A1

  公开（公告）日：2013-10-17

  本发明公开了一种二盐酸沙丙蝶呤的合成方法，该发明缩短了二盐酸沙丙蝶呤的合成路线，利用不对称合成的方式引入手性中心使用钐催化剂的四氢呋喃溶液为催化剂，选择性催化得到高对映体异构值的目标化合物，提高了收率，原料廉价易得，大大降低了成本，为二盐酸沙丙蝶呤的大规模工业化生产提供了一条行之有效的思路。

表征谱图