deoxyuridine | 31501-19-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: deoxyuridine
• 英文别名: 2′-deoxy-L-uridine；β-L-2‘-desoxyuridine；2'-deoxy-L-uridine；beta-L-deoxyurdine；β-L-2'-deoxy-uridine；2'-deoxyuridine；L-Deoxyuridine；1-[(2S,4R,5S)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 31501-19-6
• 化学式: C₉H₁₂N₂O₅
• 分子量: 228.205
• InChiKey: MXHRCPNRJAMMIM-CHKWXVPMSA-N

物化性质

• 密度：
  1.533±0.06 g/cm3(Predicted)
• 熔点：
  163.0 °C

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.6
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

制备方法与用途

2'-脱氧-β-L-尿苷是一种核苷类似物，可作为病毒酶的特异性底物。它对单纯疱疹病毒1型（HSV1）胸苷激酶（TK）没有立体特异性。2′-脱氧-β-L-尿苷通过与病毒DNA聚合酶的相互作用生成5′-三磷酸形式发挥抗病毒活性。[1][2]

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  deoxyuridine 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 4,4'-二氨基二苯乙烯-2,2'-二磺酸 作用下， 以 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 1-((2S,4R,5S)-4-Fluoro-5-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-1H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  新合成的3'-氟修饰的β-2'-脱氧核糖核苷5'-三磷酸L-对映体抑制乙型肝炎DNA聚合酶，但不抑制5种细胞DNA聚合酶α，β，γ，δ和ε或HIV-1逆转录酶。 。

  摘要：

  合成了新的β-L-2'，3'-二脱氧-3'-氟核苷，并进一步转化为它们的5'-三磷酸酯。研究了它们对乙型肝炎病毒（HBV）和鸭乙型肝炎病毒（DHBV）DNA聚合酶，人免疫缺陷病毒（HIV）逆转录酶（RT）以及细胞DNA聚合酶α，β，γ，δ和ε的抑制活性。并与相应的3'-氟修饰的β-d-类似物进行比较。3'-脱氧-3'-氟-β-L-胸苷（β-L-FTTP），2'，3'-二脱氧-3'-氟-β-L-胞苷（β- L-FdCTP）和2'，3'-二脱氧-3'-氟-β-1-5-甲基胞苷（β-L-FMetdCTP）成为HBV / DHBV DNA聚合酶的有效抑制剂（IC50 = 0.25-10.4 microM ）。它们相等（FTTP）或更小（FMetdCTP，FdCTP）比其beta-d-counterparts有效。同样，β-L-胸苷的5'-三磷酸酯（β-L-TTP）被证明是这两种病毒酶的强抑制剂（IC50

  DOI：

  10.1021/jm9704210
• 作为产物：
  描述：

  L-uridine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  [EN] NOVEL 3´-DEOXY-3´-METHYLIDENE- -L-NUCLEOSIDES
  [FR] NOUVEAUX 3´-DÉSOXY-3´-MÉTHYLIDÈNE- -L-NUCLÉOSIDES

  摘要：

  本发明包括新颖的3´-去氧-3´-甲基亚-β-L-核苷，包括这些化合物的药物组合物，以及治疗或预防病毒感染，特别是HBV和/或HIV感染的方法。根据本发明，提供了由式（I）表示的化合物，其中B从A1和A2中选择。

  公开号：

  WO2011075052A1

文献信息

• [EN] PHOSPHORAMIDATE NUCLEOSIDE PRODRUG FOR TREATING VIRAL DISEASES AND CANCER, PROCESSES FOR THEIR PREPARATION AND THEIR USE<br/>[FR] PROMÉDICAMENT NUCLÉOSIDE PHOSPHORAMIDATE DESTINÉ AU TRAITEMENT DES MALADIES VIRALES ET DU CANCER, LEURS PROCÉDÉS DE PRÉPARATION ET LEUR UTILISATION
  申请人：IVACHTCHENKO ALEXANDRE VASILIEVICH

  公开号：WO2018022221A1

  公开（公告）日：2018-02-01

  The present invention pertains to chemotherapeutic agents and their use for treating viral and cancerous diseases. These compounds are inhibitors of HCV NS5B polymerase, HBV DNA polymerase and, HIV-1 reverse transcriptase (RT) inhibitor, and for treatment of hepatitis B and C infection in mammals. These compounds are also of interest for the treatment of cancer. The phosphoramidate nucleoside prodrug of the general formula (1), a stereoisomer, isotope-enriched analogue, pharmaceutically acceptable salt, hydrate, solvate, or crystalline or polymorphic form thereof, formula (1) wherein: Ar is aryl or hetaryl; R1 is H or CH3, R2 is the substituent selected from OCH2CH=CH2, OCH2CH≡CH, OCH2CH2CH2OCH3, formula (2), formula (3) or formula (4), R3 is H or CH3; R4 is OH, OR5, NR6R7; R5 is C1-C4-alkyl; R6 and R7 are not necessarily the same substituents selected from H or CH3, Z = O, or NH; an arrow (→) indicates the place of substituent connection; Nuc is formula (5) or (6); R8 and R9 are not necessarily the same substituents selected from H, F, Cl, CH3 or OH provided when continuous line and its accompanying dotted line ( ) together are the single carbon-carbon (C-C) bond or R8 and R9 are hydrogen provided when continuous line and its accompanying dotted line ( ) together are the double carbon-carbon bond (C=C); R10 is the substituent selected from R10.1- R10.5; R10.1 R10.2 R10.4 R10.5 ; R11 is the substituent selected from H, F, CI, CH3, or CF3; R12 is hydrogen, C1-C4-alkyl or C3-C6-cycloalkyl; X is oxygen or ethanediyl-1,1 (C=CH2); Y is O, S, CH2, or HO-CH group provided when continuous line and its accompanying dotted line (formula 7) together are the single carbon-carbon (C-C) bond or Y is CH group provided when continuous line and its accompanying dotted line (formula 7) together are the double carbon-carbon bond (C=C), and compound of the general formula (1), stereoisomers, isotope-enriched analogues, pharmaceutically acceptable salts, hydrates, solvates, or crystalline or polymorphic forms thereof, wherein: Ar is aryl or hetaryl; R1 is H or CH3; R2 is isopropyl; Nuc is formula (8), (9) or (10).

  本发明涉及化疗药物及其用于治疗病毒性和癌症疾病的用途。这些化合物是HCV NS5B聚合酶、HBV DNA聚合酶和HIV-1逆转录酶（RT）抑制剂，用于治疗哺乳动物中的乙型和丙型肝炎感染。这些化合物也对癌症治疗具有兴趣。通用式（1）的磷酰胺核苷前药的立体异构体、同位素富集类似物、药学上可接受的盐、水合物、溶剂合物或晶体或多形式，式（1）其中：Ar为芳基或杂芳基；R1为H或CH3，R2为从OCH2CH=CH2、OCH2CH≡CH、OCH2CH2CH2OCH3、式（2）、式（3）或式（4）中选择的取代基，R3为H或CH3；R4为OH、OR5、NR6R7；R5为C1-C4-烷基；R6和R7不一定相同，选择自H或CH3的取代基，Z=O或NH；箭头（→）表示取代基连接的位置；Nuc为式（5）或（6）；R8和R9不一定相同，选择自H、F、Cl、CH3或OH，提供当连续线及其相应的虚线（）一起为单碳-碳（C-C）键时，或R8和R9为氢，提供当连续线及其相应的虚线（）一起为双碳-碳键（C=C）时；R10为从R10.1-R10.5中选择的取代基；R10.1 R10.2 R10.4 R10.5；R11为从H、F、Cl、CH3或CF3中选择的取代基；R12为氢、C1-C4-烷基或C3-C6-环烷基；X为氧或乙烯二基-1,1（C=CH2）；Y为O、S、CH2或HO-CH基，提供当连续线及其相应的虚线（式7）一起为单碳-碳（C-C）键时，或Y为CH基，提供当连续线及其相应的虚线（式7）一起为双碳-碳键（C=C）时，以及通用式（1）的化合物、立体异构体、同位素富集类似物、药学上可接受的盐、水合物、溶剂合物或晶体或多形式，其中：Ar为芳基或杂芳基；R1为H或CH3；R2为异丙基；Nuc为式（8）、（9）或（10）。
• Efficient syntheses of [¹¹C]zidovudine and its analogs by convenient one-pot palladium(0)-copper(I) co-mediated rapid<i>C</i>-[¹¹C]methylation
  作者：Zhouen Zhang、Hisashi Doi、Hiroko Koyama、Yasuyoshi Watanabe、Masaaki Suzuki

  DOI：10.1002/jlcr.3213

  日期：2014.6.30

  The nucleosides zidovudine (AZT), stavudine (d4T), and telbivudine (LdT) are approved for use in the treatment of human immunodeficiency virus (HIV) and hepatitis B virus (HBV) infections. To promote positron emission tomography (PET) imaging studies on their pharmacokinetics, pharmacodynamics, and applications in cancer diagnosis, a convenient one-pot method for Pd(0)–Cu(I) co-mediated rapid C–C coupling of [11C]methyl iodide with stannyl precursor was successfully established and applied to synthesize the PET tracers [11C]zidovudine, [11C]stavudine, and [11C]telbivudine. After HPLC purification and radiopharmaceutical formulation, the desired PET tracers were obtained with high radioactivity (6.4–7.0 GBq) and specific radioactivity (74–147 GBq/µmol) and with high chemical (>99%) and radiochemical (>99.5%) purities. This one-pot Pd(0)–Cu(I) co-mediated rapid C-[11C]methylation also worked well for syntheses of [methyl-11C]thymidine and [methyl-11C]4′-thiothymidine, resulting twice the radioactivity of those prepared by a previous two-pot method. The mechanism of one-pot Pd(0)–Cu(I) co-mediated rapid C-[11C]methylation was also discussed.

  核苷类药物齐多夫定（AZT）、司他夫定（d4T）和替比夫定（LdT）已被批准用于治疗人类免疫缺陷病毒（HIV）和乙型肝炎病毒（HBV）感染。为了促进正电子发射断层扫描（PET）成像技术在其药代动力学、药效学以及癌症诊断中的应用研究，我们成功建立并应用了一种方便的一锅法，通过Pd(0)–Cu(I)协同催化的快速C–C偶联反应，将[11C]甲碘烷与锡前体结合，合成了PET示踪剂[11C]齐多夫定、[11C]司他夫定和[11C]替比夫定。经过HPLC纯化和放射性药物制剂处理后，得到的所需PET示踪剂具有高放射性（6.4–7.0 GBq）和高比活度（74–147 GBq/µmol），以及高化学纯度（>99%）和高放射化学纯度（>99.5%）。这种一锅法Pd(0)–Cu(I)协同催化快速C-[11C]甲基化反应同样适用于合成[甲基-11C]胸苷和[甲基-11C]4′-硫代胸苷，其放射性活度是之前两锅法所制备的两倍。我们还讨论了一锅法Pd(0)–Cu(I)协同催化快速C-[11C]甲基化反应的机制。
• [EN] MODIFIED OLIGOMERIC COMPOUNDS AND USES THEREOF<br/>[FR] COMPOSÉS OLIGOMÈRES MODIFIÉS ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：IONIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2021030763A1

  公开（公告）日：2021-02-18

  The present disclosure provides oligomeric compounds comprising a modified oligonucleotide having at least one stereo-non-standard nucleoside. An oligomeric compound comprising a modified oligonucleotide consisting of 12-30 linked nucleosides, wherein at least one nucleoside of the modified oligonucleotide is a stereo-non-standard nucleoside; and wherein the oligomeric compound is selected from among an RNAi compound, a modified CRISPR compound, and an artificial mRNA compound.

  本公开提供了包含至少一种立体非标准核苷酸的修饰寡核苷酸的寡聚化合物。包括由12-30个连接的核苷酸组成的修饰寡核苷酸的寡聚化合物，其中修饰寡核苷酸的至少一个核苷酸是立体非标准核苷酸；且所述寡聚化合物选自RNAi化合物、修饰CRISPR化合物和人工mRNA化合物。
• Synthesis of several pyrimidine l-nucleoside analogues as potential antiviral agents
  作者：Tai-Shun Lin、Mei-Zhen Luo、Mao-Chin Liu

  DOI：10.1016/0040-4020(94)00997-9

  日期：1995.1

  deblocking of the 5′-protecting groups. In addition, 2′,3′-dideoxy-β-l-5-fluorocytidine (34), a potent anti-HIV and anti-HBV agent, was synthesized by an alternative methodology from 2′,3′-dideoxy-β-l-5-fluorouridine (31) via a 4-triazolylpyrimidinone intermediate. These l-nucleoside analogues were tested in vitro against HIV, HBV, HSV-1, and HSV-2. Among these compounds, 2′,3′-dideoxy-β-l-5-azacytidine (18)

  β--1--5-碘-2′-脱氧尿苷（β-1-IUdR，7）和（β-1-BV-ara-U，10）是通过1-阿拉伯糖的多步合成法合成的。2′，3′-二脱氧-β- 1-5-氮胞苷（18），2′，3′-二脱氧-β-1-2-硫胞苷（20）以及它们各自的α-端基异构体，化合物19和21，也通过在CH 2 Cl 2中存在EtAlCl 2的情况下，将（13）与相应的甲硅烷基化的碱直接偶联，然后分离α-和β-异构体以及解封5'-保护基团，合成了α-己内酰胺。另外，2'，3'-二脱氧-β-1--5-氟胞苷（34），一种有效的抗HIV和抗HBV药物，是通过另一种方法，通过2'，3'-二脱氧-β-1-5-5-氟尿苷（31）经由4-三唑基嘧啶二酮中间体合成的。这些1-核苷类似物在体外针对HIV，HBV，HSV-1和HSV-2进行了测试。在这些化合物中，发现2'，3'-二脱氧-β-1-5-氮杂胞苷（18）在体外具有与
• Characterization of pyrimidine nucleoside phosphorylase of <i>Mycoplasma hyorhinis</i>: implications for the clinical efficacy of nucleoside analogues
  作者：Johan Vande Voorde、Federico Gago、Kristof Vrancken、Sandra Liekens、Jan Balzarini

  DOI：10.1042/bj20112225

  日期：2012.7.1

  In the present paper we demonstrate that the cytostatic and antiviral activity of pyrimidine nucleoside analogues is markedly decreased by a Mycoplasma hyorhinis infection and show that the phosphorolytic activity of the mycoplasmas is responsible for this. Since mycoplasmas are (i) an important cause of secondary infections in immunocompromised (e.g. HIV infected) patients and (ii) known to preferentially colonize tumour tissue in cancer patients, catabolic mycoplasma enzymes may compromise efficient chemotherapy of virus infections and cancer. In the genome of M. hyorhinis, a TP (thymidine phosphorylase) gene has been annotated. This gene was cloned, expressed in Escherichia coli and kinetically characterized. Whereas the mycoplasma TP efficiently catalyses the phosphorolysis of thymidine (Km=473 μM) and deoxyuridine (Km=578 μM), it prefers uridine (Km=92 μM) as a substrate. Our kinetic data and sequence analysis revealed that the annotated M. hyorhinis TP belongs to the NP (nucleoside phosphorylase)-II class PyNPs (pyrimidine NPs), and is distinct from the NP-II class TP and NP-I class UPs (uridine phosphorylases). M. hyorhinis PyNP also markedly differs from TP and UP in its substrate specificity towards therapeutic nucleoside analogues and susceptibility to clinically relevant drugs. Several kinetic properties of mycoplasma PyNP were explained by in silico analyses.

  在本文中，我们证明了嘧啶核苷类似物的细胞抑制和抗病毒活性会因解脲支原体感染而明显降低，并表明支原体的磷酸溶解活性是造成这种情况的原因。由于支原体（i）是免疫力低下（如艾滋病毒感染者）患者继发感染的重要原因，（ii）已知会优先定植于癌症患者的肿瘤组织，因此分解支原体酶可能会影响病毒感染和癌症化疗的效率。在潮霉素支原体的基因组中，有一个 TP（胸腺嘧啶磷酸化酶）基因。该基因已被克隆，并在大肠杆菌中表达和进行动力学鉴定。支原体 TP 能有效催化胸苷（Km=473 μM）和脱氧尿苷（Km=578 μM）的磷酸化，但它更喜欢尿苷（Km=92 μM）作为底物。我们的动力学数据和序列分析表明，注释的潮霉素 TP 属于 NP（核苷磷酸化酶）-II 类 PyNPs（嘧啶 NPs），有别于 NP-II 类 TP 和 NP-I 类 UPs（尿苷磷酸化酶）。在对治疗用核苷类似物的底物特异性和对临床相关药物的敏感性方面，土拉菲霉菌的 PyNP 也与 TP 和 UP 有明显不同。支原体 PyNP 的一些动力学特性已通过硅学分析得到解释。