(2E)-hexenoyl-coenzyme A | 10018-93-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: (2E)-hexenoyl-coenzyme A
• 英文别名: trans-2-hexenoyl-CoA；2E-hexenoyl-CoA；(2E)-2-hexenoyl-CoA；(E)-2-hexenoyl-CoA；S-hex-2t-enoyl-coenzyme-A；S-Hex-2t-enoyl-coenzym-A；hexenoyl-CoA；trans-Hex-2-enoyl-CoA；S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-phosphonooxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxy-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (E)-hex-2-enethioate
• CAS: 10018-93-6
• 化学式: C₂₇H₄₄N₇O₁₇P₃S
• 分子量: 863.67
• InChiKey: OINXHIBNZUUIMR-IXUYQXAASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.8
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.63
• 拓扑面积：
  389
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  22

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2E)-hexenoyl-coenzyme A 在 3,3,3-膦三基三丙酸 、 BfL₁ hydrolase 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 反式-2-己烯酸
  参考文献：
  名称：

  马来酰亚胺形成酶的体外研究

  摘要：

  对真菌中的聚酮化合物生物合成马来酰亚胺所涉及的酶进行了体外测定。结果表明，这些酶在立体化学偏好方面与柠檬酸循环的初级代谢酶密切相关，但具有扩大的底物选择性。一种关键的柠檬酸合酶可以与饱和和不饱和的酰基辅酶 A 底物反应，仅产生抗取代的柠檬酸。这经历抗脱水以提供不饱和前体，该前体在体外通过类酮类异构酶酶环化以产生比索草酸。

  DOI：

  10.1039/d1ra02118d
• 作为产物：
  描述：

  (E)-S-(hex-2-enoyl)-N-acetylcysteamine 在 3,3,3-膦三基三丙酸 、 BfL₁ hydrolase 、 碳酸氢钠 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 生成 (2E)-hexenoyl-coenzyme A
  参考文献：
  名称：

  马来酰亚胺形成酶的体外研究

  摘要：

  对真菌中的聚酮化合物生物合成马来酰亚胺所涉及的酶进行了体外测定。结果表明，这些酶在立体化学偏好方面与柠檬酸循环的初级代谢酶密切相关，但具有扩大的底物选择性。一种关键的柠檬酸合酶可以与饱和和不饱和的酰基辅酶 A 底物反应，仅产生抗取代的柠檬酸。这经历抗脱水以提供不饱和前体，该前体在体外通过类酮类异构酶酶环化以产生比索草酸。

  DOI：

  10.1039/d1ra02118d

文献信息

• Multiplexing of Combinatorial Chemistry in Antimycin Biosynthesis: Expansion of Molecular Diversity and Utility
  作者：Yan Yan、Jing Chen、Lihan Zhang、Qingfei Zheng、Ying Han、Hua Zhang、Daozhong Zhang、Takayoshi Awakawa、Ikuro Abe、Wen Liu

  DOI：10.1002/anie.201305569

  日期：2013.11.18

  Diversity‐oriented biosynthesis of a library of antimycin‐like compounds (380 altogether) was accomplished by using multiplex combinatorial biosynthesis. The core strategy depends on the use of combinatorial chemistry at different biosynthetic stages. This approach is applicable for the diversification of polyketides, nonribosomal peptides, and the hybrids that share a similar biosynthetic logic.

  通过使用多重组合生物合成，完成了抗霉素样化合物库（共380个）的面向多样性的生物合成。核心策略取决于在不同生物合成阶段使用组合化学。该方法适用于聚酮化合物，非核糖体肽以及具有相似生物合成逻辑的杂种的多样化。
• Human Δ³,Δ²-enoyl-CoA isomerase, type 2: a structural enzymology study on the catalytic role of its ACBP domain and helix-10
  作者：Goodluck U. Onwukwe、Petri Kursula、M. Kristian Koski、Werner Schmitz、Rik K. Wierenga

  DOI：10.1111/febs.13179

  日期：2015.2

  The catalytic domain of the trimeric human Δ3,Δ2‐enoyl‐CoA isomerase, type 2 (HsECI2), has the typical crotonase fold. In the active site of this fold two main chain NH groups form an oxyanion hole for binding the thioester oxygen of the 3E‐ or 3Z‐enoyl‐CoA substrate molecules. A catalytic glutamate is essential for the proton transfer between the substrate C2 and C4 atoms for forming the product 2E‐enoyl‐CoA

  三聚体的人的催化结构域Δ 3，Δ 2烯酰基-CoA异构酶2型（HsECI2）具有典型的巴豆酶折叠。在该折叠的活性部位，两个主链NH基团形成一个氧阴离子孔，用于结合3E-或3Z-烯酰基-CoA底物分子的硫酯氧。谷氨酸催化对于在底物C2和C4原子之间进行质子转移以形成2E-烯酰基-CoA产物至关重要，该产物是β-氧化途径的关键中间体。活动站点被C端螺旋10覆盖。在HsECI2中，异构酶结构域在其N末端被一个酰基辅酶A结合蛋白（ACBP）域扩展。HsECI2的小角X射线散射分析表明，ACBP结构域突出于中央异构酶三聚体。异构酶结构域三聚体的X射线晶体学确定了活性位点的几何形状。一条隧道，由loop-2形成并从催化位点扩展到本体溶剂，表明脂肪酰基链的可能结合方式。量热数据显示，单独表达的ACBP和异构酶结构域与脂肪酰基CoA分子紧密结合。截短的异构酶变体（无ACBP域）具有明显的烯酰辅酶A异构酶活
• Biochemical and Structural Characterization of the <i>trans</i>-Enoyl-CoA Reductase from <i>Treponema denticola</i>
  作者：Brooks B. Bond-Watts、Amy M. Weeks、Michelle C. Y. Chang

  DOI：10.1021/bi300879n

  日期：2012.8.28

  that tdTer uses an ordered bi-bi mechanism initiated by binding of the NADH redox cofactor, which is consistent with the behavior of other enoyl-ACP (CoA) reductases. Mutagenesis of the substrate binding loop, characterization of enzyme activity with respect to crotonyl-CoA, hexenoyl-CoA, and dodecenoyl-CoA substrates, and product inhibition by lauroyl-CoA suggest that this region is important for

  脂肪酸的产生对于细胞功能和高级合成生物燃料合成途径的发展都是重要的细胞途径。尽管各种脂肪酸合酶系统的化学反应是保守的，但催化这些步骤的各个同工酶在结构和生化特征上却十分不同，对于控制细胞水平的差异非常重要。脂肪酸延长循环中的关键步骤之一是烯酰-ACP（CoA）还原酶功能，可推动平衡朝链延长的方向发展。在这项工作中，我们报告了密螺旋体中反式-烯酰-CoA还原酶的结构和生化特性（tdTer），已被用于合成生物燃料途径的工程设计，与使用其他烯酰辅酶A还原酶成分构建的途径相比，产物的效价提高了一个数量级。tdTer的晶体结构确定为2.00Å分辨率，表明Ter酶与FabI，FabK和FabL家族的成员不同，但与FabV家族的成员高度相似。进一步的生化研究表明，tdTer使用有序的bi-bi机制，该机制由NADH氧化还原辅因子的结合引发，这与其他烯酰-ACP（CoA）还原酶的行为一致。底物结合环的诱变
• Enzymatic Synthesis of Dilactone Scaffold of Antimycins
  作者：Moriah Sandy、Zhe Rui、Joe Gallagher、Wenjun Zhang

  DOI：10.1021/cb300416w

  日期：2012.12.21

  cluster for antimycins was recently identified, the enzymatic logic that governs the synthesis of antimycins has not yet been revealed. In this work, the biosynthetic pathway for antimycins was dissected by both genetic and enzymatic studies for the first time. A minimum set of enzymes needed for generation of the antimycin dilactone scaffold were identified, featuring a hybrid nonribosomal peptide synthetase

  抗霉素是一类天然产物，具有出色的生物活性和独特的结构，已经引起化学家半个多世纪的兴趣。抗霉素的结构骨架建立在九元双内酯环上，该环包含一个烷基，一个酰氧基，两个甲基部分和一个与3-甲酰胺基水杨酸相连的酰胺键。尽管最近鉴定了抗霉素的生物合成基因簇，但尚未揭示控制抗霉素合成的酶学逻辑。在这项工作中，首次通过遗传和酶学研究剖析了抗霉素的生物合成途径。确定了产生抗霉素双内酯支架所需的最少一组酶，顺式和反式作用成分。基于这种NRPS-PKS机械的底物混杂性，使用体外酶促全合成技术进一步生产了几种抗霉素类似物。
• Structural Mechanism of Regioselectivity in an Unusual Bacterial Acyl-CoA Dehydrogenase
  作者：Jacquelyn M. Blake-Hedges、Jose Henrique Pereira、Pablo Cruz-Morales、Mitchell G. Thompson、Jesus F. Barajas、Jeffrey Chen、Rohith N. Krishna、Leanne Jade G. Chan、Danika Nimlos、Catalina Alonso-Martinez、Edward E. K. Baidoo、Yan Chen、Jennifer W. Gin、Leonard Katz、Christopher J. Petzold、Paul D. Adams、Jay D. Keasling

  DOI：10.1021/jacs.9b09187

  日期：2020.1.15

  natural product biosynthetic gene clusters. These predictions are supported by the demonstration that a phylogenetically distant homolog of TcsD also regioselectively oxidizes α,β-unsaturated substrates. This work exemplifies a powerful approach to understand unique enzymatic reactions and will facilitate future enzyme discovery, inform enzyme engineering, and aid natural product characterization efforts

  末端烯烃很容易衍生化，使其成为聚酮合酶 (PKS) 工程的理想官能团目标。然而，它们在自然 PKS 系统中很少遇到。PKS 中末端烯烃形成的一种机制是通过酰基辅酶 A 脱氢酶 (ACAD) 的活性。在此，我们使用生化和结构分析来了解聚酮化合物天然产物 FK506、TcsD 的生物合成中由 γ,ẟ-ACAD 催化形成末端烯烃的机制。虽然 TcsD 与经典的 α,β-ACAD 同源，但它在 γ,ẟ 位置具有区域选择性，并且仅作用于 α,β-不饱和底物。此外，这种区域选择性是由活性位点中的庞大残基和酶内 FAD 辅因子定位的横向移动的组合控制的。底物建模表明 TcsD 利用一组新的氢键供体进行底物活化和定位，防止底物 α,β 位置的脱氢。从 TcsD 的结构和生化特征中，确定了有助于区域选择性和蛋白质家族独有的关键残基，并用于识别属于不同天然产物生物合成基因簇的其他推定 γ,ẟ-ACAD。这些预测得到了