benzyl N-{5-amino-1-[(4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)carbamoyl]pentyl}carbamate | 154497-24-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: benzyl N-{5-amino-1-[(4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)carbamoyl]pentyl}carbamate
• 英文别名: (S)-benzyl (6-amino-1-((4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)amino)-1-oxohexan-2-yl)carbamate；benzyl (S)-(6-amino-1-((4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)amino)-1-oxohexan-2-yl)carbamate；Z-Lys-AMC
• CAS: 154497-24-2
• 化学式: C₂₄H₂₇N₃O₅
• 分子量: 437.495
• InChiKey: BGUZGLJLCRENHP-FQEVSTJZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.46
• 重原子数：
  32.0
• 可旋转键数：
  9.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  123.66
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  benzyl N-{5-amino-1-[(4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)carbamoyl]pentyl}carbamate 在 palladium on activated charcoal 、 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  通过荧光探针SFP3鉴定的基于肽的Sirtuin脱乙酰化酶抑制剂的开发，该探针可有效测量Sirtuin的脱乙酰化酶活性。

  摘要：

  Sirtuins（SIRT）是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸依赖性组蛋白脱乙酰基酶的一个家族，可作为许多生理过程的表观遗传调节剂。最近的研究表明，除了其众所周知的脱乙酰基酶活性外，沉默调节蛋白还表现出脱酰基酶活性，例如脱肉豆蔻酰化酶活性。在这里，我们显示了我们先前报道的沉默调节蛋白荧光探针SFP3，可以测量SIRT1-3的脂肪酰基转移酶活性，从而能够选择性检测脂肪酰基转移酶活性。我们进一步利用这一发现来开发SIRT2脂肪酸酶活性的首批抑制剂。值得注意的是，大多数先前报道的sirtuin抑制剂，包括化合物TM，AGK2和SirSir2，几乎没有显示SIRT2脱脂酰基转移酶抑制活性，但基本上是特异性的脱乙酰基酶抑制剂。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.9b00315
• 作为产物：
  描述：

  (Z-(Ac)Lys-AMC) 在 sirtuin 作用下， 反应 4.0h， 生成 benzyl N-{5-amino-1-[(4-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)carbamoyl]pentyl}carbamate
  参考文献：
  名称：

  2″-氨基 NAD+ 的确定立体异构体及其对人类去乙酰化酶和细菌（ADP-核糖基）转移酶的活性

  摘要：

  烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NAD + ) 是一种重要的生物分子，在能量代谢、表观遗传调控和细胞信号传导的交叉领域具有重要作用。因此，NAD +的合成类似物作为药物化学、化学生物学和药物发现的化学工具引起了极大的兴趣。在此，我们报告了 2"-氨基 NAD +的三种立体异构体的化学合成和全面分析表征，以及它们对两类 NAD +的生化评价。-消耗酶：人类sirtuins 1-3和细菌毒素TccC3。为了使观察到的活动合理化，对 SIRT1 和 SIRT2 进行了分子对接实验，确定了焦磷酸键的正确方向是该系列活动的主要决定因素。这些结果，连同稳定性测试和构象分析的结果，首次允许并排比较不同 2"-氨基 NAD +立体异构体的化学和生化特征以及分析性质。我们的研究结果提供了对sirtuins识别共底物类似物的见解，并将极大地促进这些重要的NAD +的应用类似物作为化学工具化合物，用于这些以及其他 NAD

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2022.116875

文献信息

• Interactions between sirtuins and fluorogenic small-molecule substrates offer insights into inhibitor design
  作者：Hua-Li Wang、Sha Liu、Zhu-Jun Yu、Chengyong Wu、Linna Cheng、Yuxi Wang、Kai Chen、Shu Zhou、Qiang Chen、Yamei Yu、Guo-Bo Li

  DOI：10.1039/c7ra05824a

  日期：——

  small-molecule substrates, i.e., acetyl-(AcBKA), crotonyl-(CrBKA), succinyl-(SuBKA), and myristoyl-(MyBKA)-containing substrates, were synthesized and tested against three representative sirtuin isoforms (i.e., SIRT2, SIRT5, and SIRT6). Enzyme kinetic results indicate that the fluorogenic small-molecule substrates have similar sirtuin-isoform preference as compared to peptide substrates. ITC analyses

  Sirtuins是依赖烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD +）的赖氨酸脱酰基酶，可调节代谢和应激反应，并参与人类病变，如神经退行性变。在这项研究中，合成了四个荧光小分子底物，即乙酰基-（AcBKA），巴豆酰基-（CrBKA），丁二酰基-（SuBKA）和肉豆蔻酰基-（MyBKA）包含的底物，并针对三种代表性的sirtuin同工型进行了测试。 （即，SIRT2，SIRT5和SIRT6）。酶动力学结果表明，与肽底物相比，荧光小分子底物具有类似的沉默调节蛋白同工型。ITC分析表明，AcBKA或MyBKA与SIRT2的结合主要是由熵驱动的，而SuBKA与SIRT5的结合是由焓驱动的。SIRT5：SuBKA复杂的晶体结构揭示了一种新的底物结合模式，该模式不同于肽底物结合模式，但涉及Loop S上的Tyr102，Arg105和其他催化重要残基。这表明SuBKA可能是通过SIRT5脱琥珀酰化的，可能是通过提出了
• Crystal structures of the mitochondrial deacylase Sirtuin 4 reveal isoform-specific acyl recognition and regulation features
  作者：Martin Pannek、Zeljko Simic、Matthew Fuszard、Marat Meleshin、Dante Rotili、Antonello Mai、Mike Schutkowski、Clemens Steegborn

  DOI：10.1038/s41467-017-01701-2

  日期：——

  information are available for Sirt4. Here we describe acyl substrates and crystal structures for Sirt4. The enzyme shows isoform-specific acyl selectivity, with significant activity against hydroxymethylglutarylation. Crystal structures of Sirt4 from Xenopus tropicalis reveal a particular acyl binding site with an additional access channel, rationalizing its activities. The structures further identify a conserved

  Sirtuins是进化保守的NAD +依赖性蛋白赖氨酸脱酰基酶。七种人类亚型Sirt1-7调节新陈代谢和应激反应，被认为是衰老相关疾病的治疗靶标。Sirt4定位于线粒体，并调节脂肪酸的代谢和凋亡。与线粒体脱乙酰基酶Sirt3和脱琥珀酰酶Sirt5相比，Sirt4没有明显的脱酰基酶活性和结构信息。在这里，我们描述了Sirt4的酰基底物和晶体结构。该酶表现出同工型特异性的酰基选择性，对羟甲基戊二酸具有显着的活性。热带爪蟾的Sirt4的晶体结构揭示了一个特殊的酰基结合位点，具有额外的进入通道，从而使其活动合理化。这些结构进一步确定了保守的，折叠到活性位点的亚型特异性Sirt4环可能调节催化作用。利用这些结果，我们进一步建立了有效的Sirt4活性测定法，NADH对Sirt4的异常调节以及药理调节剂对Sirt4的作用。
• Inhibitors of the NAD⁺-Dependent Protein Desuccinylase and Demalonylase Sirt5
  作者：Benjamin Maurer、Tobias Rumpf、Michael Scharfe、Diana A. Stolfa、Martin L. Schmitt、Wenjuan He、Eric Verdin、Wolfgang Sippl、Manfred Jung

  DOI：10.1021/ml3002709

  日期：2012.12.13

  NAD(+)-dependent histone deacetylases (sirtuins) play important roles in epigenetic regulation but also through nonhistone substrates for other key cellular events and have been linked to the pathogenesis of cancer, neuro-degeneration, and metabolic diseases. The subtype Sirt5 has been shown recently to act as a desuccinylating and demalonylating enzyme. We have established an assay for biochemical testing of Sirt5 using a small labeled succinylated lysine derivative. We present a comparative study on the profiling of several established sirtuin inhibitors on Sirt1-3 as well as Sirt5 and also present initial results on a screening for new compounds that block Sirt5. Thiobarbiturates were identified as new Sirt5 inhibitors in the low micromolar range, which are selective over Sirt3 that can be found in the same cell compartment as Sirt5.