2,3-dimethylacrylyl-CoA | 78548-87-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: 2,3-dimethylacrylyl-CoA
• 英文别名: 2-methylcrotonoyl-CoA；S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-phosphonooxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxy-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 2-methylbut-2-enethioate
• CAS: 78548-87-5
• 化学式: C₂₆H₄₂N₇O₁₇P₃S
• 分子量: 849.643
• InChiKey: PMWATMXOQQZNBX-DJVIHCHSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.4
• 重原子数：
  54
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  389
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  22

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2,3-dimethylacrylyl-CoA 在 Caulobacter crescentus crotonyl-CoA carboxylase/reductase 、 碳酸氢钠 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 作用下， 反应 3.0h， 生成 S-{1-[5-(6-氨基-9H-嘌呤-9-基)-4-羟基-3-(膦酰氧基)四氢-2-呋喃基]-3,5,9-三羟基-8,8-二甲基-3,5-二氧代-10,14-二氧代-2,4,6-三氧杂-11,15-二氮杂-3lambda5,5lambda5-二磷杂十七烷-17-基}2-甲基硫代丁酸酯
  参考文献：
  名称：

  从中心代谢和聚酮化合物的生物合成中筛选和工程化羧化还原酶的合成潜力

  摘要：

  羧化烯酰硫酯还原酶（ECR）是最近发现的一类酶。它们催化高效添加CO 2与α，β-不饱和CoA-硫酯的双键结合，具有两个生物学功能。在许多细菌的初级代谢中，它们在吸收中央代谢物乙酰辅酶A的过程中会产生乙基丙二酰辅酶A。在次级代谢中，它们提供独特的α-羧基-酰基-硫代酯，以改变许多聚酮化合物天然产物的主链。使用各种可能的底物库系统评估了不同的ECR。我们鉴定了三个活性位点残基，以区分仅限于C4和C5-烯酰基-CoA的ECR和高度混杂的ECR，并成功地设计了一种选定的ECR作为原理证明。这项研究定义了ECR反应性的分子基础，从而可以预测和操纵天然产物多样化中的关键反应。

  DOI：

  10.1002/anie.201505282
• 作为产物：
  描述：

  反式-2,3-二甲基丙烯酸 在 碳酸氢钠 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 1.75h， 生成 2,3-dimethylacrylyl-CoA
  参考文献：
  名称：

  从中心代谢和聚酮化合物的生物合成中筛选和工程化羧化还原酶的合成潜力

  摘要：

  羧化烯酰硫酯还原酶（ECR）是最近发现的一类酶。它们催化高效添加CO 2与α，β-不饱和CoA-硫酯的双键结合，具有两个生物学功能。在许多细菌的初级代谢中，它们在吸收中央代谢物乙酰辅酶A的过程中会产生乙基丙二酰辅酶A。在次级代谢中，它们提供独特的α-羧基-酰基-硫代酯，以改变许多聚酮化合物天然产物的主链。使用各种可能的底物库系统评估了不同的ECR。我们鉴定了三个活性位点残基，以区分仅限于C4和C5-烯酰基-CoA的ECR和高度混杂的ECR，并成功地设计了一种选定的ECR作为原理证明。这项研究定义了ECR反应性的分子基础，从而可以预测和操纵天然产物多样化中的关键反应。

  DOI：

  10.1002/anie.201505282

文献信息

• Establishing a Toolkit for Precursor-Directed Polyketide Biosynthesis: Exploring Substrate Promiscuities of Acid-CoA Ligases
  作者：Maybelle Kho Go、Jeng Yeong Chow、Vivian Wing Ngar Cheung、Yan Ping Lim、Wen Shan Yew

  DOI：10.1021/bi300425j

  日期：2012.6.5

  biosynthesized from acyl-CoA precursors by polyketide synthases. One of the limitations to combinatorial biosynthesis of polyketides has been the lack of a toolkit that describes the means of delivering novel acyl-CoA precursors necessary for polyketide biosynthesis. Using five acid-CoA ligases obtained from various plants and microorganisms, we biosynthesized an initial library of 79 acyl-CoA thioesters by screening

  聚酮化合物是化学上多样化且具有医学上重要意义的生物化学物质，它们是通过聚酮化合物合酶从酰基辅酶A前体生物合成的。聚酮化合物的组合生物合成的局限性之一是缺少工具包，该工具包描述了递送聚酮化合物生物合成所必需的新型酰基-CoA前体的方法。使用从各种植物和微生物中获得的5种酸性CoA连接酶，我们通过针对123种羧酸的文库筛选每种酸性CoA连接酶，生物合成了79种酰基CoA硫酯的初始文库。酰基-CoA硫酯库包括肉桂基-CoA，3-苯基丙酰基-CoA，苯甲酰基-CoA，苯乙酰基-CoA，丙二酰-CoA，饱和和不饱和脂族CoA硫酯和双环芳族CoA硫酯的衍生物。在我们对新型酰基辅酶A前体的生物合成路线的搜索中，我们发现了两种以前未报道过的丙二酰辅酶A衍生物（3-硫代苯丙氨酰辅酶A和苯基丙二酰辅酶A），无法通过规范的丙二酰辅酶A合成酶生产。该报告强调了确定常规底物池之外底物混杂的实用性和重要性，并描述了建
• Probe compound for detecting and isolating enzymes and means and methods using the same
  申请人：Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH

  公开号：EP2230312A1

  公开（公告）日：2010-09-22

  The present invention relates to a probe compound that can comprise any substrate or metabolite of an enzymatic reaction in addition to an indicator component, such as, for example, a fluorescence dye, or the like. Moreover, the present invention relates to means for detecting enzymes in form of an array, which comprises any number of probe compounds of the invention which each comprise a different metabolite of interconnected metabolites representing the central pathways in all forms of life. Moreover, the present invention relates to a method for detecting enzymes involving the application of cell extracts or the like to the array of the invention which leads to reproducible enzymatic reactions with the substrates. These specific enzymatic reactions trigger the indicator (e.g. a fluorescence signal) and bind the enzymes to the respective cognate substrates. Moreover, the invention relates to means for isolating enzymes in form of nanoparticles coated with the probe compound of the invention. The immobilisation of the cognate substrates or metabolites on the surface of nanoparticles by means of the probe compounds allows capturing and isolating the respective enzyme, e.g. for subsequent sequencing.

  本发明涉及一种探针化合物，它可以包括酶反应的任何底物或代谢物，此外还包括指示成分，例如荧光染料或类似物。此外，本发明还涉及以阵列形式检测酶的方法，该阵列由任意数量的本发明探针化合物组成，每种探针化合物由代表所有生命形式中中心途径的相互关联的代谢物中的不同代谢物组成。此外，本发明还涉及一种检测酶的方法，该方法涉及将细胞提取物或类似物应用于本发明的阵列，从而导致与底物发生可重复的酶反应。这些特定的酶反应会触发指示剂（如荧光信号），并将酶与各自的同源底物结合。此外，本发明还涉及以涂覆有本发明探针化合物的纳米颗粒形式分离酶的方法。通过探针化合物将同源底物或代谢物固定在纳米颗粒表面，可以捕获和分离相应的酶，例如用于后续测序。
• Compositions and methods for modeling saccharomyces cerevisiae metabolism
  申请人：The Regents of The University of California

  公开号：EP2463654A1

  公开（公告）日：2012-06-13

  The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive of a S. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention. The invention provides an in silica model for determining a S. cerevisiae physiological function. The model includes a data structure relating a plurality of S. cerevisiae reactants to a plurality of S. cerevisiae reactions, a constraint set for the plurality of S. cerevisiae reactions, and commands for determining a distribution of flux through the reactions that is predictive of a S. cerevisiae physiological function. A model of the invention can further include a gene database containing information characterizing the associated gene or genes. The invention further provides methods for making an in silica S. cerevisiae model and methods for determining a S. cerevisiae physiological function using a model of the invention.

  本发明提供了一种用于确定酿酒葡萄孢菌生理功能的硅胶模型。该模型包括一个将多个酿酒葡萄孢反应物与多个酿酒葡萄孢反应相关联的数据结构、多个酿酒葡萄孢反应的约束集，以及用于确定通过反应的通量分布的指令，该通量分布可预测酿酒葡萄孢的生理功能。本发明的模型可进一步包括一个基因数据库，其中包含表征相关基因的信息。本发明进一步提供了硅胶中酿酒葡萄孢模型的制作方法和使用本发明模型确定酿酒葡萄孢生理功能的方法。本发明提供了一种用于确定酿酒葡萄孢菌生理功能的硅胶模型。该模型包括将多个酿酒葡萄孢反应物与多个酿酒葡萄孢反应相关联的数据结构、多个酿酒葡萄孢反应的约束集，以及用于确定通过反应的通量分布的指令，该通量分布可预测酿酒葡萄孢的生理功能。本发明的模型可进一步包括一个基因数据库，其中包含表征相关基因的信息。本发明进一步提供了制作硅胶葡萄孢菌模型的方法和使用本发明模型确定葡萄孢菌生理功能的方法。
• Genetically engineered bacterium for the production of isobutylene
  申请人：LanzaTech New Zealand Limited

  公开号：US10316337B2

  公开（公告）日：2019-06-11

  The invention relates to a genetically engineered bacterium having an enzyme that converts 3-hydroxyisovaleryl-CoA to 3-hydroxyisovalerate and an enzyme that converts 3-hydroxyisovalerate to isobutylene. Typically, the bacterium is capable of producing isobutylene from a gaseous substrate containing CO, CO2, and/or H2, such as syngas or an industrial waste gas.

  本发明涉及一种基因工程细菌，该细菌具有一种将 3-羟基异戊酰基-CoA 转化为 3-羟基异戊酸的酶和一种将 3-羟基异戊酸转化为异丁烯的酶。通常情况下，该细菌能够从含有 CO、CO2 和/或 H2 的气态底物（如合成气或工业废气）中生产异丁烯。
• Synthesis of isoprenoids and derivatives
  申请人：William Marsh Rice University

  公开号：US11046978B2

  公开（公告）日：2021-06-29

  This disclosure generally relates to the use of enzyme combinations or recombinant microbes comprising same to make isoprenoid precursors, isoprenoids and derivatives thereof including prenylated aromatic compounds. Novel metabolic pathways exploiting Claisen, aldol, and acyioin condensations are used instead of the natural mevalonate (MVA) pathway or 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate (DXP) pathways for generating isoprenoid precursors such as isopentenyl pyrophosphate (IPP), dimethylallyl pyrophosphate (DMAPP), and geranyl pyrophosphate (GPP). These pathways have the potential for better carbon and or energy efficiency than native pathways. Both decarboxylative and non-carboxylative condensations are utilized, enabling product synthesis from a number of different starting compounds. These condensation reactions serve as a platform for the synthesis of isoprenoid precursors when utilized in combination with a variety of metabolic pathways and enzymes for carbon rearrangement and the addition/removal of functional groups. Isoprenoid alcohols are key intermediary products for the production of isoprenoid precursors in these novel synthetic metabolic pathways.

  本公开内容一般涉及使用酶组合或包含酶组合的重组微生物来制造异戊烯前体、异戊烯及其衍生物，包括前炔基芳香族化合物。利用克来森缩合、醛醇缩合和酰亚胺缩合的新型代谢途径取代了天然的甲羟戊酸（MVA）途径或 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸（DXP）途径，用于生成焦磷酸异戊烯酯（IPP）、焦磷酸二甲基烯丙基酯（DMAPP）和焦磷酸香叶酯（GPP）等异戊烯前体。与原生途径相比，这些途径具有更高的碳效率和能量效率。利用脱羧和非羧缩合反应，可以从多种不同的起始化合物中合成产品。这些缩合反应可作为合成异戊二烯前体的平台，与各种代谢途径和酶结合使用，进行碳重排和官能团的添加/去除。在这些新型合成代谢途径中，异戊二烯醇是生产异戊二烯前体的关键中间产物。