DNA-Encoded Library Hit Confirmation: Bridging the Gap Between On-DNA and Off-DNA Chemistry
作者:Bing Xia、G. Joseph Franklin、Xiaojie Lu、Katie L. Bedard、LaShadric C. Grady、Jennifer D. Summerfield、Eric X. Shi、Bryan W. King、Kenneth E. Lind、Cynthia Chiu、Eleanor Watts、Vera Bodmer、Xiaopeng Bai、Lisa A. Marcaurelle
DOI:10.1021/acsmedchemlett.1c00156
日期:2021.7.8
this issue, we apply a library synthesis “recipe” strategy for on-DNA resynthesis using a cleavable linker, followed by direct affinity selection mass spectrometry (AS-MS) evaluation and identification of binder(s) from the released small-molecule mixture. We validate and showcase this approach employing the receptor-interacting-protein kinase 2 (RIP2) DEL campaign. We also designed and developed two cleavable
DNA 编码库 (DEL) 技术是学术界和制药行业中命中鉴定的强大平台。当在亲和力选择、PCR/测序和数据分析之后进行脱 DNA 再合成命中确认时,人们通常假设 DNA 标签与其编码的附着小分子的化学结构之间存在“一对一”关系。由于文库合成通常会产生混合物,因此这种近似增加了忽视积极发现和有价值信息的风险。为了解决这个问题,我们应用文库合成“配方”策略,使用可裂解接头进行 DNA 上的再合成,然后进行直接亲和选择质谱 (AS-MS) 评估和从释放的小分子中鉴定结合物混合物。我们利用受体相互作用蛋白激酶 2 (RIP2) DEL 活动验证并展示了这种方法。我们还设计和开发了两种可裂解连接体来实现该方法,即光可裂解连接体(基于硝基苯基)和酸不稳定连接体(四氢吡喃基醚)。该策略提供了一种有效的方法来识别和快速确定混合物的关键活性成分。