1-[5’-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2’-deoxy-2’-fluoro-β-D-arabinofuranosyl]uracil | 908241-66-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-[5’-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2’-deoxy-2’-fluoro-β-D-arabinofuranosyl]uracil
• 英文别名: 1-[(2R,3S,4R,5R)-5-{[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]methyl}-3-fluoro-4-hydroxyoxolan-2-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione；TBDMS(-5)D-Araf2F(b)-uracil-1-yl；1-[(2R,3S,4R,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3-fluoro-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 908241-66-7
• 化学式: C₁₅H₂₅FN₂O₅Si
• 分子量: 360.458
• InChiKey: DYFZTUHXHLQLAT-GWNIPJSYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.15
• 重原子数：
  24.0
• 可旋转键数：
  4.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  93.55
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[5’-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2’-deoxy-2’-fluoro-β-D-arabinofuranosyl]uracil 在 2,4,6-三甲基吡啶 、 四丁基氟化铵 、 silver nitrate 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 30.0h， 生成 1-[(2R,3S,4R,5R)-3-fluoro-5-(hydroxymethyl)-4-[(4-methoxyphenyl)diphenylmethoxy]oxolan-2-yl]-3H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  [EN] SUBSTITUTED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND ANALOGS THEREOF
  [FR] NUCLÉOSIDES SUBSTITUÉS, NUCLÉOTIDES ET ANALOGUES DE CEUX-CI

  摘要：

  本文披露了核苷、核苷酸和核苷酸类似物，其合成方法以及利用一个或多个核苷、核苷酸和核苷酸类似物治疗如小核糖核酸病毒感染等疾病和/或症状的方法。

  公开号：

  WO2016100569A1
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧-2-氟-1,3,5-三苯甲酰基-alpha-D-阿拉伯呋喃糖 在 吡啶 、 氨 、 氢溴酸 、 溶剂黄146 作用下， 以 甲醇 、 四氯化碳 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 1-[5’-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2’-deoxy-2’-fluoro-β-D-arabinofuranosyl]uracil
  参考文献：
  名称：

  一些 2'-FLUORO-2'-DEOXY-3'-C-ETHYNYL 和 3'-C-VINYL-β-D-LYXOFURANOSYL 核苷的合成

  摘要：

  1-(2-Fluoro-2-deoxy-β-D-arabinofuranosyl) 尿嘧啶 (5) 和 1-(2-fluoro-2-deoxy-β-D-arabinofuranosyl) 胞嘧啶 (6) 的合成如前所述。这两种化合物都通过多步序列转化为 2'-氟-2'-脱氧-3'-C-乙炔基和 3'-C-乙烯基-β-D-lyxofuranosyl 核苷（16-19）。所有这些新的核苷都在体外针对七种人类肿瘤细胞系进行了评估。

  DOI：

  10.1081/ncn-200060300

文献信息

• Gapmer Antisense Oligonucleotides Containing 2′,3′‐Dideoxy‐2′‐fluoro‐3′‐ <i>C</i> ‐hydroxymethyl‐β‐ <scp>d</scp> ‐lyxofuranosyl Nucleotides Display Site‐Specific RNase H Cleavage and Induce Gene Silencing
  作者：Mathias B. Danielsen、Chenguang Lou、Jolanta Lisowiec‐Wachnicka、Anna Pasternak、Per T. Jørgensen、Jesper Wengel

  DOI：10.1002/chem.201904540

  日期：2020.1.27

  use of gapmer antisense oligonucleotides (AONs). Over the years various modifications have been synthesized and incorporated into AONs, however, precise control of RNase H-induced cleavage and target sequence selectivity has yet to be realized. Herein, the synthesis of the uracil and cytosine derivatives of a novel class of 2'-deoxy-2'-fluoro-3'-C-hydroxymethyl-β-d-lyxo-configured nucleotides has been

  脱靶效应在gapmer反义寡核苷酸（AON）的治疗应用中仍然是重大挑战。多年来，已经合成了各种修饰并将其结合到AON中，但是，尚未实现对RNase H诱导的切割和靶序列选择性的精确控制。在此，已经完成了新型的2'-脱氧-2'-氟-3'-C-羟甲基-β-d-lyxo-构型核苷酸的尿嘧啶和胞嘧啶衍生物的合成，并且已经掺入了靶分子。进入AON。核酸外切酶降解的实验表明，相对于未修饰的对照，核酸溶解稳定性得到了改善。引入一种或两种新型2'-氟-3' 在间隔体AON的间隔区域中作为修饰的-C-羟甲基核苷酸与相应的AON：RNA双链体的RNA链的有效RNase H介导的切割有关。值得注意的是，可以根据单个修饰的位置来设计定制的单个切割事件。沿着完整的缺口区域扫描了单个错配碱基对的影响，表明该修饰能够实现RNase H裂解的显着特异性。基于细胞的模型系统被用来证明具有新型修饰介导基因沉默的gapmer
• [EN] COMPOUNDS AND METHODS FOR TREATING DISEASE<br/>[FR] COMPOSÉS ET MÉTHODES POUR TRAITER UNE MALADIE
  申请人：[en]ROME THERAPEUTICS, INC.

  公开号：WO2023178133A1

  公开（公告）日：2023-09-21

  The invention provides compounds, compositions and methods for treating medical disorders, such as cancer, an autoimmune disorder, and/or a neurological disorder, and inhibiting LINE1 reverse transcriptase and/or HERV-K reverse transcriptase using a compound according to Formula I or a pharmaceutically acceptable salt thereof, or a related compound provided herein.