5-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2-O-[(叔丁基)二甲基硅基]尿苷-3-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 | 118362-03-1

• 物质功能分类: 有机原料 - 氨基化合物 - 酰胺类化合物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2-O-[(叔丁基)二甲基硅基]尿苷-3-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 中文别名: rU亚磷酰胺单体；5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2'-O-[(叔丁基)二甲基硅基]尿苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine-3'-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]phosphoramidite
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)；3'-O-[5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-tert-butyldimethylsilyl-uridynyl]-2-cyanoethyl-(N,N-diisopropyl)phosphoramidite；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-tertbutyl(dimethylsilyl)uracil-3'-O-[O-(2-cyanoethyl)-N,N-(diisopropyl)]phosphoramidite；(2R,3R,4R,5R)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite；2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityluridine 2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite；2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)uridine 3'-[(2-cyanoethyl)N,N-diisopropylaminophosphoramidite]；5'-O-dimethoxytrityl-2'-O-tert-butyldimethylsilyl uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)；5'-dimethoxytrityl-uridine-2'-O-t-butyldimethylsilyl-3'-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]phosphoramidite；rU Phosphoramidite；3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 118362-03-1
• 化学式: C₄₅H₆₁N₄O₉PSi
• 分子量: 861.06
• InChiKey: SKNLXHRBXYGJOC-ZMHKPELYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.51
• 重原子数：
  60
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.49
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P264,P280,P337+P313,P302+P352+P312,P304+P340+P312
• 危险性描述：
  H302,H315,H319
• 储存条件：
  保存在2至8℃的环境中，并保持干燥。

制备方法与用途

亚磷酸酯是一种可用于合成寡核苷酸的亚磷酸酯单体。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2-O-[(叔丁基)二甲基硅基]尿苷-3-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 在 4,5-二氰基咪唑 、 水 、 吡啶 、 碘 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 [(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] 2-cyanoethyl hydrogen phosphate
  参考文献：
  名称：

  内复合物一般酸/碱催化的RNA磷酸二酯键裂解：离去基团效应†

  摘要：

  已通过使用裂解剂研究了尿苷-3'-（和-5'-）磷酸酯的许多烷基酯的一般酸/碱催化裂解，其中催化部分（ 1,3,5-三嗪）拴系到锚定的Zn II：cycln部分上。pH值约为7时，尿嘧啶，Zn II和环己酮使一般的酸/碱催化剂接近易裂的磷酸二酯键，导致尿苷3'-磷酸二酯的速率加速了1-2个数量级。奇怪的是，没有观察到它们的5'对应的加速度。甲β LG -0.7值已经被确定为普通的酸/碱催化的裂解，与质子转移到离去基团的限速步骤是一致的。

  DOI：

  10.1039/c2ob25958c
• 作为产物：
  描述：

  5’-O-（4,4’-二甲氧基三苯甲基）-2’-O-叔丁基二甲基硅基尿苷 、 双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 在 四氮唑 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 5-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-2-O-[(叔丁基)二甲基硅基]尿苷-3-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
  参考文献：
  名称：

  二核苷酸pdCpA和pdCpdA的改进的合成。

  摘要：

  为制备二核苷酸杂合体5'-O-磷酰基-2'-脱氧胞嘧啶-（3'-> 5'）腺苷（pdCpA）7开发了一条改进的途径。这种简单而简明的合成方法涉及2的连续偶联-氰基乙基N，N，N'，N'-四异丙基亚磷酰胺基与4-N-苯甲酰基-5'-O-（4，4'-二甲氧基三苯甲基）-2'-脱氧胞苷1和6-N，6- N，2'-O，3'-O-四苯甲酰腺苷2是关键步骤。还合成了一些带有不同保护基的二核苷酸衍生物，并详细研究了选择性脱保护条件。该方法在合成总DNA二核苷酸pdCpdA 17和总RNA二核苷酸21中的应用进一步证明了该方法的实用性和效率。

  DOI：

  10.1081/ncn-100002081

文献信息

• Microwave-assisted preparation of nucleoside-phosphoramidites
  作者：G. Meher、T. Efthymiou、M. Stoop、R. Krishnamurthy

  DOI：10.1039/c4cc03092c

  日期：——

  Microwave-assisted phosphitylation of nucleosides is an efficient method for the preparation of phosphoramidites.

  微波辅助核苷酸的磷酰化是制备磷酰胺酯的高效方法。
• Synthetic Method for Oligonucleotide Block by Using Alkyl-Chain-Soluble Support
  作者：Yuki Matsuno、Takao Shoji、Shokaku Kim、Kazuhiro Chiba

  DOI：10.1021/acs.orglett.6b00077

  日期：2016.2.19

  method for the synthesis of oligonucleotide blocks using a Cbz-type alkyl-chain-soluble support (Z-ACSS) attached to the 3′-OH group of 3′-terminal nucleosides was developed. The Z-ACSS allowed for the preparation of fully protected deoxyribo- and ribo-oligonucleotides without chromatographic purification and released dimer- to tetramer-size oligonucleotide blocks via hydrogenation using a Pd/C catalyst

  开发了使用连接到3'-末端核苷的3'-OH基团的Cbz-型烷基链可溶性载体（Z-ACSS）合成寡核苷酸嵌段的简单方法。Z-ACSS无需色谱纯化即可制备完全保护的脱氧核糖和核糖寡核苷酸，并通过使用Pd / C催化剂的氢化作用释放二聚体至四聚体大小的寡核苷酸嵌段，而保护基团（例如5'）没有明显损失或迁移-末端4,4'-二甲氧基三苯甲基，核苷酸间键上的2-氰基乙基或2'-TBS。
• Synthesis and Structural Study of ribo-Dioxaphosphorinane-Constrained Nucleic Acid Dinucleotides (ribo-α,β-D-CNA)
  作者：Marie Maturano、Dan-Andrei Catana、Pierre Lavedan、Nathalie Tarrat、Nathalie Saffon、Corinne Payrastre、Jean-Marc Escudier

  DOI：10.1002/ejoc.201101353

  日期：2012.2

  With increasing interest in the control of the conformations of nucleic acids to define active riboswitch or siRNA, we present herein our efforts towards the stereocontrolled synthesis and conformational analysis of ribodinucleotides in which a and beta torsional angles are constrained within a dioxaphosphorinane structure (ribo-a,beta-D-CNA). The crystal structure analysis of one a,beta-D-CNA TU dimer

  随着对控制核酸构象以定义活性核糖开关或 siRNA 的兴趣日益浓厚，我们在此展示了我们对核二核苷酸的立体控制合成和构象分析的努力，其中 a 和 β 扭转角被限制在二氧杂磷烷结构（ribo-a ,β-D-CNA)。一个 a,beta-D-CNA TU 二聚体的晶体结构分析证明了新创建的不对称中心的绝对立体化学。NMR 和 CD 分析允许完全分配和确定 a,beta-D-CNA UU 非对映异构体中的扭转角。
• Discrimination in Metal-Ion Binding to RNA Dinucleotides with a Non-Bridging Oxygen or Sulfur in the Phosphate Diester Link
  作者：Bernd Knobloch、Barbara Nawrot、Andrzej Okruszek、Roland K. O. Sigel

  DOI：10.1002/chem.200701491

  日期：2008.3.27

  formation of 10-membered chelates involving the terminal oxygen or sulfur atoms of the (thio)phosphate bridge is possible with both ligands. The results show that Mg(2+) and Mn(2+) exist as open (op) isomers binding to both dinucleotides only at the terminal phosphate group. Whereas Cd(pUpU)(-) only exists as Cd(pUpU)(-)(op), Cd(pUp((S))U)(-) is present to about 64 % as the S-coordinated macrochelate,

  用硫取代磷酸二酯键中的非桥连氧已在核酸研究中变得非常普遍，并且通常用作探针，例如在核酶中，其中通常必需的Mg（2+）被部分取代。亲硫金属离子以重新激活系统。尽管进行了广泛应用的救援实验，但尚无详细的研究来量化金属离子对此类末端硫原子的亲和力。因此，我们进行了电位pH滴定法以确定pUp（（S））U（3-）对Mg（2 +），Mn（2 +），Zn（2 +），Cd（2+）和Pb（2+），并将这些数据与先前为相应的pUpU（3-）配合物获得的数据进行比较。两个二核苷酸中的主要结合位点是末端磷酸基团。从理论上讲 两个配体也可能形成涉及（硫）磷酸酯桥的末端氧或硫原子的10元螯合物。结果表明，Mg（2+）和Mn（2+）作为开放（op）异构体存在，仅在末端磷酸基团与两个二核苷酸结合。Cd（pUpU）（-）仅以Cd（pUpU）（-）（op）形式存在，而Cd（pUp（（S））U）（-）作为S配位大螯合物Cd（ pUp（（S））U）（-）（cl
• [EN] PHOSPHATE BASED LINKERS FOR INTRACELLULAR DELIVERY OF DRUG CONJUGATES<br/>[FR] LIEURS À BASE DE PHOSPHATES POUR INTRODUCTION INTRACELLULAIRE DE CONJUGUÉS MÉDICAMENTEUX
  申请人：MERCK SHARP & DOHME

  公开号：WO2015153401A1

  公开（公告）日：2015-10-08

  Phosphate-based linkers with tunable stability for intracellular delivery of drug conjugates are described. The phosphate-based linkers comprise a monophosphate, diphosphate, triphosphate, or tetraphosphate group (phosphate group) and a linker arm comprising a tuning element and optionally a spacer. A payload is covalently linked to the phosphate group at the distal end of the linker arm and the functional group at the proximal end of the linker arm is covalently linked to a cell-specific targeting ligand such as an antibody. These phosphate-based linkers have a differentiated and tunable stability in blood vs. an intracellular environment (e.g. lysosomal compartment).

  描述了一种具有可调稳定性的磷酸酯基连接剂，用于药物共轭物的细胞内传递。这种磷酸酯基连接剂包括一个磷酸单酯、磷酸二酯、磷酸三酯或磷酸四酯基团（磷酸基团）和一个连接臂，包括一个调节元素和可选的间隔物。有效载荷以共价键连接到连接臂的远端的磷酸基团上，连接臂的近端的功能基团以共价键连接到细胞特异性靶向配体，如抗体。这些磷酸酯基连接剂在血液和细胞内环境（例如溶酶体区）中具有不同和可调的稳定性。