5’-O-（4,4’-二甲氧基三苯甲基）-2’-O-叔丁基二甲基硅基尿苷 | 81246-80-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5’-O-（4,4’-二甲氧基三苯甲基）-2’-O-叔丁基二甲基硅基尿苷
• 中文别名: 1-((2R,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)嘧啶-2,4(1h,3h)-二酮；2'-O-叔丁基二甲基硅烷-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)尿苷
• 英文名称: 5'-O-dimethoxytrityl-2'-O-tert-butyldimethylsilyl uridine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine；5'-O-DMT-2'-TBDMS-Uridine；1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 81246-80-2
• 化学式: C₃₆H₄₄N₂O₈Si
• 分子量: 660.839
• InChiKey: KVHQIELPHWJPSY-WXQJYUTRSA-N

物化性质

• 密度：
  1.24±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO：100 mg/mL（151.32 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.21
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  116
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335
• 储存条件：
  存储条件为2-8°C，并需保存在惰性气体中。

制备方法与用途

5'-O-DMT-2'-TBDMS尿苷是一种用于寡核苷酸合成的脱氧核苷酸。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5’-O-（4,4’-二甲氧基三苯甲基）-2’-O-叔丁基二甲基硅基尿苷 在 重铬酸吡啶 、 3 A molecular sieve 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 18.0h， 以86%的产率得到1-[(2R,3S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-oxooxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  制备2'-和3'-二氟亚甲基尿苷的3'-和2'-亚磷酰胺的新方法

  摘要：

  尿苷2a，2b，7a和7b的2'-和3'-酮衍生物与溴代二氟甲基[三（二甲基氨基）] phosph溴化物（13）和锌的一步反应，得到相应的2'-和3'-二氟亚甲基核苷图3a，3b，8a和8b具有良好的产率。除去甲硅烷基基团得到二氟亚甲基化的尿苷4a，4b，9a和9b。4a和9a的磷酸化提供了用于寡核苷酸合成的目标2'-和3'-亚磷酰胺5和10。

  DOI：

  10.1016/0040-4020(96)00364-x
• 作为产物：
  描述：

  2′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3′,5′-O-(di-tert-butylsilylene)uridine 在 吡啶 、 氢氟酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 5’-O-（4,4’-二甲氧基三苯甲基）-2’-O-叔丁基二甲基硅基尿苷
  参考文献：
  名称：

  2'-O-取代核糖核苷的合成。

  摘要：

  提出了2'-O-取代的核糖核苷的有效合成方法，包括2'-O-TBDMS和受保护的2'-O-TOM以及2'-O-Me和2'-O-烯丙基衍生物。第一步，使用二叔丁基亚甲硅烷基同时保护核苷的3'-和5'-羟基官能团。随后将游离的2'-OH进行甲硅烷基化或烷基化，然后在碱基部分上引入合适的保护基，并除去环状甲硅烷基保护基，从而以高收率得到目标化合物。

  DOI：

  10.1081/ncn-120022724

文献信息

• Spectroscopic and enzymatic characterization of 2′–5′ and 3′–5′ RNA hexamers AACCUU synthesised by phosphotriester approach in solution using 2′-t-butyldimethylsilyl protection
  作者：Vidhya Gopalakrishnan、K.N. Ganesh、Anita Gunjal、S.M. Likhite

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)80945-5

  日期：1991.1

  identical base sequence (AACCUU) but are regioisomeric at the internucleotide phosphate linkages (2′–t′, 3′–5′ and their covalent hybrid) are presented. The 31P NMR results revealed significant differences in local phosphate backbone conformation among these isomers, with 2′–5′ isomer exhibiting maximum heterogeneity as compared to the 3′–5′ isomer, the analogous DNA hexamer and the covalent hybrid hexamer

  比较的1 H，31 P NMR和CD光谱结果以及具有相同碱基序列（AACCUU）但在核苷酸间磷酸酯键（2'–t'，3'–5'和它们的共价键是区域异构的单链RNA六聚体的酶促裂解混合）。在31P NMR结果显示这些异构体之间的局部磷酸酯主链构象存在显着差异，与3'-5'异构体，类似的DNA六聚体和共价杂合六聚体相比，2'-5'异构体表现出最大的异质性。与此相反，从2'-5'和3'-5'异构体的CD光谱中可以看出，总体的碱基-碱基堆积没有明显的差异。通过溶液相磷酸三酯化学合成所有的RNA六聚体，其中叔丁基二甲基甲硅烷基（TBDMS）作为2'-O-保护基。完全保护的低聚物通过两个步骤脱保护：（i）饱和无水MeOH = NH 3进行磷酸和氨基脱保护，（ii）TBAF去除2'-O-TBDMS基团。使用坐。MeOHNH 3（而不是水溶液。NH 3）可防止2'–3'核苷酸间磷酸酯迁移，链断裂和邻近基团
• Catalyst recognition of cis-1,2-diols enables site-selective functionalization of complex molecules
  作者：Xixi Sun、Hyelee Lee、Sunggi Lee、Kian L. Tan

  DOI：10.1038/nchem.1726

  日期：2013.9

  Carbohydrates and natural products serve essential roles in nature, and also provide core scaffolds for pharmaceutical agents and vaccines. However, the inherent complexity of these molecules imposes significant synthetic hurdles for their selective functionalization and derivatization. Nature has, in part, addressed these issues by employing enzymes that are able to orient and activate substrates within a chiral pocket, which increases dramatically both the rate and selectivity of organic transformations. In this article we show that similar proximity effects can be utilized in the context of synthetic catalysts to achieve general and predictable site-selective functionalization of complex molecules. Unlike enzymes, our catalysts apply a single reversible covalent bond to recognize and bind to specific functional group displays within substrates. By combining this unique binding selectivity and asymmetric catalysis, we are able to modify the less reactive axial positions within monosaccharides and natural products. The manipulation of complex molecules offers an avenue for developing new therapeutics and biological probes. Here, a catalyst is described that forms a covalent bond to the substrate before selectively functionalizing a proximal functional group. Cis-1,2-diols are targeted allowing for the derivatization of the axial hydroxyls of monosaccharides in the presence of unprotected equatorial hydroxyls.

  碳水化合物和天然产物在自然界中扮演着重要角色，并为制药剂和疫苗提供了核心骨架。然而，这些分子的固有复杂性给其选择性功能化和衍生化带来了重大的合成挑战。自然界在一定程度上通过利用酶来解决这些问题，这些酶能够在手性口袋中定向和激活底物，从而显著提高有机转化的速率和选择性。本文展示了，在合成催化剂的情境下，类似的接近效应也可以被利用来实现复杂分子的一般性和可预测的位点选择性功能化。与酶不同，我们的催化剂采用单一的可逆共价键来识别和结合底物中的特定功能基团。通过结合这种独特的结合选择性和不对称催化，我们能够修饰单糖和天然产品中较不活跃的轴向位置。复杂分子的操作为开发新的治疗药物和生物探针提供了途径。这里描述了一种催化剂，它在与底物形成共价键后，选择性地功能化邻近的功能基团。目标为顺-1,2-二醇，允许在未保护的赤道羟基存在下衍生化单糖的轴向羟基。
• Synthesis and Reactions of 2,2-[60]Fullerenoalkanoyl Chlorides
  作者：Tomoyuki Tada、Yasuhiro Ishida、Kazuhiko Saigo

  DOI：10.1021/jo052399l

  日期：2006.2.1

  2,2-[60]Fullerenoalkanoyl chlorides (1a−d) were easily and securely prepared from the corresponding 2,2-[60]fullerenoalkanoic acids (2a−d) by the reaction with thionyl chloride in an unusual mixed solvent, CH2Cl2/dioxane. The characterization of 1a−d by 1H and 13C NMR, FT-IR, and MALDI-TOF-MASS was conducted for the first time. The 2,2-[60]fullerenoalkanoyl chlorides thus obtained were readily converted

  通过在不寻常的混合溶剂CH 2中与亚硫酰氯反应，由相应的2，2- [60]富勒烯链烷酸（2a - d）轻松安全地制备2,2- [60]富勒烯链烷酰氯（1a - d）。Cl 2 /二恶烷。用1 H和13表征1a - d首次进行13 C NMR，FT-IR和MALDI-TOF-MASS。通过分别与胺和醇缩合，由此获得的2，2- [60]富勒烯链烷酰氯易于以中等至优异的产率转化为相应的酰胺和酯。进行缩合反应后，可以轻松制备[60]富勒烯-生物分子杂化物。
• Modified phosphotriester method for chemical synthesis of ribooligonucleotides. Part I. Synthesis of riboundecaadenylate and two fragments constituting the sequence of R-17 translation control signal
  作者：Wing L. Sung、Saran A. Narang

  DOI：10.1139/v82-021

  日期：1982.1.15

  A modified phosphotriester method has been successfully applied for the chemical synthesis of ribooligonucleotides. The starting material is a fully protected ribomononucleoside containing a 3′-phosphotriester group 5. The coupling reaction is performed using mesitylenesulfonyl tetrazole and purification of the product achieved using reversed phase column chromatography. The effectiveness of this method has been demonstrated by achieving an efficient and rapid synthesis of r-A₇, r-A₁₁, r5′-AAACAUGAGGA-3′, and r5′-UUACCCAUGU-3′ (R-17, translation control sequence).

  一种改良的磷酸三酯方法已成功应用于核糖寡核苷酸的化学合成。起始物是含有3'-磷酸三酯基团的完全保护的核糖单核苷酸。偶联反应使用二甲苯磺酰四唑进行，并通过反相柱层析纯化产物。该方法的有效性已通过成功合成r-A₇、r-A₁₁、r5′-AAACAUGAGGA-3′和r5′-UUACCCAUGU-3′（R-17，翻译控制序列）来证明。
• Synthesis and Properties of Diuridine Phosphate Analogues Containing Thio and Amino Modifications
  作者：James B. Thomson、Bhisma K. Patel、Victor Jiménez、Klaus Eckart、Fritz Eckstein

  DOI：10.1021/jo960795l

  日期：1996.1.1

  pH 9, indicating that attack on the phosphorus by the 2'-oxo anion is rate-limiting in the hydrolysis mechanism. In contrast, the rate of uridylyl (3'-5') 5'-amino-5'-deoxyuridine (UpnU) hydrolysis fell from a value of 1802 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 5 to 140 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 7.5, where it remained constant up to pH 11.5, thus indicating an acid-catalyzed reaction. The analogue 2'-amino-2'-deoxyuridylyl

  为了研究为什么用2'-氨基取代2'-羟基会阻止水解，合成了磷酸二尿苷（UpU）的几种类似物。设计这些类似物以研究2'-取代基和5'-离去基团对水解速率的影响。所有类似物都比UpU对酸碱催化的水解更加不稳定。在6到9的pH范围内，尿嘧啶（3'-5'）5'-硫代5'-脱氧尿苷（UpsU）的水解速率以对数线性方式从5 x 10的值上升。 （-）（6）s（-）（1）在pH 6到3200 x 10（-）（6）s（-）（1）在pH 9时，表明2'-氧代阴离子对磷的攻击在水解机理中是限速的。相反，尿酸（3'-5'）5'-氨基-5'的比率 -脱氧尿苷（UpnU）水解从pH 5的1802 x 10（-）（6）s（-）（1）降至pH 7.5的140 x 10（-）（6）s（-）（1） ，在高达11.5的pH值下保持恒定，因此表明是酸催化的反应。与amUpT的水解稳定性相反，类似物2'-氨基-2'-脱氧尿苷（3