3,5-di-O-benzyl-4-C-(2-hydroxyethyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribopentofuranose | 287737-62-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3,5-di-O-benzyl-4-C-(2-hydroxyethyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribopentofuranose
• 英文别名: 2-[(3aR,5R,6S,6aR)-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)-6,6a-dihydro-3aH-furo[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]ethanol
• CAS: 287737-62-6
• 化学式: C₂₄H₃₀O₆
• 分子量: 414.499
• InChiKey: MJDQMQBSGZRXTC-HOUBMWHVSA-N

物化性质

• 沸点：
  529.3±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.22±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  66.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3,5-di-O-benzyl-4-C-(2-hydroxyethyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribopentofuranose 在 正丁基锂 、 草酰氯 、 二甲基亚砜 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 4-C-allyl-3,5-di-O-benzyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  五元和六元构象锁定 2',4'-碳环核糖胸苷：合成、结构和生化研究

  摘要：

  两个不寻常的反应，包括 5-己烯基或 6-庚烯基自由基环化在 C4' 的远距离双键和 C2' 的胸苷核呋喃糖环的自由基中心已被用作合成 North 型构象限制顺式的关键步骤高产率的 LNA（碳环-LNA-T）和 ENA（碳环-ENA-T）的稠合双环五元和六元碳环类似物。它们的结构已通过长程 1H-13C NMR 相关 (HMBC)、TOCSY、COSY 和 NOE 实验得到明确证实。随后将碳环-LNA-T 和碳环-ENA-T 掺入反义寡核苷酸 (AON) 中，以表明它们将修饰的 AON/RNA 异源双链的 Tm 提高了 3.5-5 摄氏度和 1.5 摄氏度/碳环修饰-LNA-T 和碳环-ENA-T，分别。而发现碳环-LNA-T、碳环-ENA-T、氮杂-ENA-T和LNA-T修饰的AON/RNA双链体的相对RNase H切割率与天然对应物非常相似，无论AON 链中的类型和位点修饰，与天然的相比，将碳环-LNA

  DOI：

  10.1021/ja071106y
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyl-5-vinyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole 在 9-硼双环[3.3.1]壬烷 、 sodium hydroxide 、 双氧水 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 30.0h， 以93%的产率得到3,5-di-O-benzyl-4-C-(2-hydroxyethyl)-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribopentofuranose
  参考文献：
  名称：

  作为有效的反义寡核苷酸的2'-O，4'-C-亚乙基桥核酸（ENA）的合成和性质。

  摘要：

  合成了新型双环核苷，2'-O，4'-C-乙烯核苷和2'-O，4'-C-丙烯核苷，作为反义寡核苷酸的构建基块，以进一步优化2'-O，4'-桥连核酸（2'，4'-BNA）或锁定核酸（LNA）的C-亚甲基键。这些核苷中的2'-O，4'-C-乙烯-和丙烯键都将糖的褶皱限制为RNA的N-构象，就像2'，4'-BNA / LNA一样。此外，具有2'-O，4'-C-乙烯核苷的乙烯桥连核酸（ENA）大大提高了对互补RNA的亲和力，并且与2'，4'-BNA / LNA（DeltaT （m）＝ + 3，每次修改约5摄氏度。另一方面，添加2'-O，4' 寡核苷酸中的-C-丙烯修饰导致与互补RNA的亲和力降低。至于对核酸酶的稳定性，在寡核苷酸中掺入一个2'-O，4'-C-乙烯或一个2'-O，4'-C-丙烯核苷可显着提高其对核酸外切酶的抗性至大于2'的程度。 ，4'-BNA / LNA。这些结果表明ENA比2'，4'-BNA

  DOI：

  10.1016/s0968-0896(03)00115-9

文献信息

• BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE
  申请人：Obika Satoshi

  公开号：US20120208991A1

  公开（公告）日：2012-08-16

  It is an object of the present invention to provide a novel molecule for antisense therapies which is not susceptible to nuclease degradation in vivo and has a high binding affinity and specificity for the target mRNAs and which can efficiently regulate expression of specific genes. The novel artificial nucleoside of the present invention has an amide bond introduced into a bridge structure of 2′,4′-BNA/LNA. The oligonucleotide containing the 2′,4′-bridged artificial nucleotide has a binding affinity for a single-stranded RNA comparable to known 2′,4′-BNA/LNA and has an increased nuclease resistance over LNA. Particularly, it is expected to be applied to nucleic acid drugs because of its much stronger binding affinity for single-stranded RNAs than S-oligo's affinity

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。
• ヌクレオシド誘導体の製造方法
  申请人：国立大学法人岐阜大学

  公开号：JP2019119739A

  公开（公告）日：2019-07-22

  【課題】ＲＮＡ医薬等に適用するためのより実用的なヌクレオシド誘導体の製造方法の提供。【解決手段】下式の化合物１０などで表されるヌクレオチド誘導体の製造方法であって、１，２：５，６−ジ−Ｏ−イソプロピリデン−α−Ｄ−グルコフラノースから数工程を経て得られる下式の化合物９を、ウラシルと、ビス（トリメチルシリル）アセタミドで処理し、ヌクレオチド化合物１０を得る。【選択図】なし

  提供一种用于应用于RNA药物等的更实用的核苷酸衍生物的制备方法。采用下式化合物10等表示的核苷酸衍生物的制备方法，其中通过对1,2:5,6-二-O-异丙基亚-D-葡萄糖苷从而得到下式化合物9，然后与尿嘧啶、双(三甲基硅基)乙酰胺处理，得到核苷酸化合物10。【选择图】无
• Synthesis of 2′,4′-Propylene-Bridged (Carba-ENA) Thymidine and Its Analogues: The Engineering of Electrostatic and Steric Effects at the Bottom of the Minor Groove for Nuclease and Thermodynamic Stabilities and Elicitation of RNase H
  作者：Yi Liu、Jianfeng Xu、Mansoureh Karimiahmadabadi、Chuanzheng Zhou、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo101207d

  日期：2010.11.5

  any, effect on nuclease resistance but 8′S-OH resulted in significantly decreased nucleolytic stability; and (3) 8′-NH2 substituted carba-ENA leads to obvious loss in the nuclease resistance. The RNA strand in all of the carba-ENA derivatives modified AON:RNA hybrid duplexes can be digested by RNase H1 with high efficiency, even at twice the rate of those of the native and ENA modified counterpart.

  2'，4'-丙烯桥胸苷（carba-ENA-T）和5个8'-Me / NH 2通过将分子内自由基加成到束缚的肟-醚的C═N中，已经制备了/ OH修饰的氨基-ENA-T类似物。这些碳烯-ENA核苷随后被掺入15mer寡脱氧核苷酸（AON）中，并且与天然和ENA对应物相比，已研究了它们对cDNA和RNA的亲和力，核酸酶抗性和RNase H募集能力。这些碳烯-ENA修饰的AON具有高度的RNA选择性，因为它们都对AON：RNA双链体产生轻微的热稳定作用，但对AON：DNA双链体产生相当大的去稳定作用。发现在carba-ENA-T上不同的C8'取代基（在小凹槽的底部）仅导致AON：RNA双链体的热稳定性变化很小。但是，我们 观察到，亲代碳酸酯-ENA-T修饰的AONs表现出比ENA-T修饰的对应物更高的核酸分解稳定性。不仅取决于化学性质，而且取决于C8'取代基的立体化学取向，C8'取代基还可以进一
• FIVE- AND SIX-MEMBERED CONFORMATIONALLY LOCKED 2',4'-CARBOCYCLIC RIBO-THYMIDINES FOR THE TREATMENT OF INFECTIONS AND CANCER
  申请人：Chattopadhyaya Jyoti

  公开号：US20100087387A1

  公开（公告）日：2010-04-08

  Compounds (1, 2, 3, 4) according to the formulae shown below: (Formula 1, 2, 3, 4). For General Formula1-4:N=1-Thyminyl,9-Adeninyl,9-Guaninyl,1-Cytosinyl, 5-methyl-1-cytosinyl, 5-trifluoromethyl-1-cytosinyl, 5-fluoro-1-cytosinyl, 5-fluoro-1-cytosinyl, 5-trifluoromethyl-1-Uracilyl or Formula (A) (12a/12b) wherein for 12a: n=1, Q=CH 3 (R) [5-membered carbocyclic with C7′ in R configuration], 12b: n=1, Q=CH 3 (S) [5-membered carbocyclic with C7′ in S configuration].

  根据下面所示的公式，化合物（1、2、3、4）：（公式1、2、3、4）。对于一般的公式1-4：N = 1-胸腺嘧啶基，9-腺嘌呤基，9-鸟嘌呤基，1-胞嘧啶基，5-甲基-1-胞嘧啶基，5-三氟甲基-1-胞嘧啶基，5-氟-1-胞嘧啶基，5-氟-1-胞嘧啶基，5-三氟甲基-1-尿嘧啶基或公式（A）（12a / 12b），其中对于12a：n = 1，Q = CH3（R）[C7'以R构型的5元环碳环]，12b：n = 1，Q = CH3（S）[C7'以S构型的5元环碳环]。
• Synthesis and Evaluation of Novel 5‐<i>O</i>‐(4‐<i>C</i>‐Aminoalkyl‐β‐D‐ribofuranosyl) Apramycin Derivatives for the Inhibition of Gram‐Negative Pathogens Carrying the Aminoglycoside Phosphotransferase(3′)‐Ia Resistance Determinant
  作者：Dmitrijs Lubriks、Klara Haldimann、Fatmanur Kiliç、Maximilian Hartmann、Erik C. Böttger、Sven N. Hobbie、Edgars Suna、David Crich

  DOI：10.1002/hlca.202300138

  日期：2023.11

  We report the synthesis and evaluation of two new apramycin 5-O-β-d-ribofuranosides, or apralogs, carrying aminoalkyl branches at the ribofuranose 4-position. This novel modification conveys excellent activity for the inhibition of protein synthesis by wild-type bacterial ribosomes and correspondingly high antibacterial activity against several Gram-negative pathogens. Notably, these new modifications

  我们报道了两种新的安普霉素 5- O -β- d-呋喃核苷或安普拉同源物的合成和评价，它们在呋喃核糖 4 位上带有氨基烷基分支。这种新颖的修饰具有优异的抑制野生型细菌核糖体蛋白质合成的活性，并且对几种革兰氏阴性病原体具有相应的高抗菌活性。值得注意的是，这些新修饰克服了其他携带 5- O-呋喃核糖基部分的 2-脱氧链霉胺型氨基糖苷在受到能够作用于核糖 5 位的氨基糖苷磷酸转移酶的挑战时抗菌活性的降低。