6,7-二甲基核糖基2,4-二羟基蝶啶 | 2535-20-8

• 物质功能分类: 分析化学 - 标准品 - 药典标准品和杂质标准品
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 蝶啶及其衍生物
• 中文名称: 6,7-二甲基核糖基2,4-二羟基蝶啶
• 中文别名: 核黄素EP杂质C
• 英文名称: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine
• 英文别名: 6,7-dimethyl-8-D-ribityllumazine；6,7-Dimethyl-8-ribityl-lumazin；6,7-Dimethyl-ribolumazin；6,7-Dimethyl-8-(D-ribityl)-lumazin；6,7-dimethyl-8-[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl]pteridine-2,4-dione
• CAS: 2535-20-8
• 化学式: C₁₃H₁₈N₄O₆
• 分子量: 326.309
• InChiKey: SXDXRJZUAJBNFL-XKSSXDPKSA-N

物化性质

• 熔点：
  272-274 °C (decomp)
• 密度：
  1.70±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO（少许）、水（少许）
• 物理描述：
  Solid

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.7
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  155
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

6,7-二甲基-8-三硝基脲嗪是核黄素的直接生物合成前体(RBF，HY-B0456)，同时也是一种非共价结合的鲁马嗪蛋白(LumP)荧光团，属于荧光辅助蛋白。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6,7-二甲基核糖基2,4-二羟基蝶啶 在 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐 作用下， 以 phosphate buffer 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 维生素 B2
  参考文献：
  名称：

  一系列新的 N-[2,4-Dioxo-6-d-ribitylamino-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl] 草氨酸衍生物作为 Lumazine 合成酶和核黄素合成酶的抑制剂：设计、合成、生化评估、晶体学和机械意义

  摘要：

  核黄素生物合成的倒数第二个步骤是由 lumazine 合酶催化的。合成了在 lumazine 合酶催化反应中去除磷酸盐后产生的假设中间体的三种代谢稳定类似物，并作为 lumazine 合酶抑制剂进行了评估。所有三种中间体类似物都是结核分枝杆菌lumazine 合酶、枯草芽孢杆菌lumazine 合酶和粟酒裂殖酵母lumazine 合酶的抑制剂，而其中一种被证明是一种极其有效的大肠杆菌核黄素合酶抑制剂，K i为 1.3 nM。的晶体结构M.结核 lumazine 合酶与其中一种抑制剂的复合物提供了一个在磷酸根消除后立即发生的中间体构象模型，支持了在席夫碱中间体向环状结构的构象变化之前发生磷酸根消除的机制。

  DOI：

  10.1021/jo702631a
• 作为产物：
  描述：

  D-Ribamin 在 盐酸 、 sodium dithionite 、 水 作用下， 生成 6,7-二甲基核糖基2,4-二羟基蝶啶
  参考文献：
  名称：

  Masuda et al., Chemical and pharmaceutical bulletin, 1959, vol. 7, p. 366

  摘要：

  DOI：

文献信息

• The effect of MR1 ligand glyco-analogues on mucosal-associated invariant T (MAIT) cell activation
  作者：Chriselle D. Braganza、Kensuke Shibata、Aisa Fujiwara、Chihiro Motozono、Koh-Hei Sonoda、Sho Yamasaki、Bridget L. Stocker、Mattie S. M. Timmer

  DOI：10.1039/c9ob01436e

  日期：——

  MAIT cells revealed that the absence of the 2'-hydroxy group on the sugar backbone of lumazines improved MR1-MAIT TCR binding, which could be rationalised using computational docking studies. Although none of the lumazines activated MAIT cells, all 5-OP-RU analogues showed significant MAIT cell activation, with several analogues exhibiting comparable activity to 5-OP-RU. Docking studies with the 5-OP-RU

  粘膜相关不变T（MAIT）细胞是最近鉴定的先天样T淋巴细胞的一个子集，它们似乎在从病毒和细菌感染到自身免疫性疾病和癌症的许多病理中起着重要作用。MAIT细胞通过MR1在MAIT T细胞受体（TCR）的抗原呈递细胞上呈递配体而被激活，但是很少有研究探索系统改变配体结构对MR1结合和MAIT细胞活化的影响。在此，我们报道了关于已知MAIT细胞激动剂7-羟基-6-甲基-8-d-ribityllumazine（RL-6-Me-7-OH）和5中糖基序变化的影响的首次研究。 （2-氧代丙基亚氨基）-6-d-核糖基氨基尿嘧啶（5-OP-RU）。MAIT细胞的四聚体染色显示缺少2' lumazines的糖主链上的-羟基基团改善了MR1-MAIT TCR结合，这可以使用计算对接研究进行合理化。尽管没有一种二嗪类化合物激活MAIT细胞，但所有5-OP-RU类似物均显示出显着的MAIT细胞激活，其中几种类似物的
• Isolierung und Struktur von Pteridinen (Lumazinen) aus<i>Russula sp.</i>(Täublinge;<i>Basidiomycetes</i>)
  作者：Peter Xaver Iten、Hana Märki-Danzig、Herbert Koch、Conrad Hans Eugster

  DOI：10.1002/hlca.19840670223

  日期：1984.3.14

  Isolation and Structure Elucidation of Pteridines (Lumazines) from Russula sp. (Basidiomycetes)

  芸苔属（Russula sp。）蝶啶（Lumazines）的分离和结构鉴定。（担子菌）
• A New Series of 3-Alkyl Phosphate Derivatives of 4,5,6,7-Tetrahydro-1-<scp>d</scp>-ribityl-1<i>H</i>-pyrazolo[3,4-<i>d</i>]pyrimidinedione as Inhibitors of Lumazine Synthase:  Design, Synthesis, and Evaluation
  作者：Yanlei Zhang、Guangyi Jin、Boris Illarionov、Adelbert Bacher、Markus Fischer、Mark Cushman

  DOI：10.1021/jo070982r

  日期：2007.9.1

  hypothetical intermediate in the lumazine synthase-catalyzed reaction were synthesized and evaluated as lumazine synthase inhibitors. The key steps of the synthesis were C-5 deprotonation of 4-chloro-2,6-dimethoxypyrimidine, acylation of the resulting anion, and conversion of the product to a pyrazolopyrimidine with hydrazine. Alkylation of the pyrazolopyrimidine with a substituted ribityl iodide and

  Lumazine合酶催化核黄素生物合成中的倒数第二个步骤。合成了在LUM嗪合酶催化的反应中的假定中间体的三个系列的吡唑并嘧啶类似物的同源系列，并评价为LUM嗪合酶抑制剂。合成的关键步骤是4-氯-2,6-二甲氧基嘧啶的C-5脱质子化，所得阴离子的酰化作用以及产物与肼的转化为吡唑并嘧啶。吡唑并嘧啶与取代的碘化碘化物的烷基化和核糖链的脱保护得到了最终的三种产物。这三种化合物都是结核分枝杆菌，稻瘟病菌，白色念珠菌的鲁嗪合酶的极强抑制剂。，和粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe lumazine）合酶，其抑制常数在低纳摩尔至亚纳摩尔范围内。结合至结核分枝杆菌lumazine合酶的同系物之一的分子模型表明，lumazine合酶催化的反应途径中的假设中间体与代谢稳定的类似物均相似地结合。
• A high‐throughput screening for inhibitors of riboflavin synthase identifies novel antimicrobial compounds to treat brucellosis
  作者：María Inés Serer、Mariela del Carmen Carrica、Jörg Trappe、Sandra López Romero、Hernán Ruy Bonomi、Sebastián Klinke、María Laura Cerutti、Fernando Alberto Goldbaum

  DOI：10.1111/febs.14829

  日期：2019.7

  describe a high‐throughput screening approach to identify inhibitors of the enzymatic activity of riboflavin synthase, the last enzyme in this pathway. We also provide evidence for their subsequent validation as potential drug candidates in an in vitro brucellosis infection model. From an initial set of 44 000 highly diverse low molecular weight compounds with drug‐like properties, we were able to identify

  布鲁氏菌属种。是致病性细胞内革兰氏阴性细菌，适应多种哺乳动物（包括人类）细胞内的生活。这些细菌是布鲁氏菌病的病原体，布鲁氏菌病是世界上发病率最高的人畜共患感染之一，目前还没有人类疫苗。目前针对布鲁氏菌病的治疗方法是长期联合使用两种或多种抗生素，这可能会导致人群产生抗生素耐药性。核黄素（维生素 B2）由微生物和植物生物合成，但包括人类在内的哺乳动物必须从饮食来源获取它。由于动物体内缺乏核黄素生物合成酶，该途径如今被认为是开发新型抗菌药物的丰富靶标资源。在这项工作中，我们描述了一种高通量筛选方法来识别核黄素合酶（该途径中的最后一种酶）酶活性的抑制剂。我们还为它们随后被验证为潜在候选药物提供了证据体外布鲁氏菌病感染模型。从最初的 44000 种具有药物样特性的高度多样化的低分子量化合物中，我们能够识别出 10 种在低微摩尔范围内具有 50% 抑制浓度的分子。更远布鲁氏菌属培养和巨噬细胞内复制实验
• <i>O</i>-Nucleoside, <i>S</i>-Nucleoside, and <i>N</i>-Nucleoside Probes of Lumazine Synthase and Riboflavin Synthase
  作者：Arindam Talukdar、Yujie Zhao、Wei Lv、Adelbert Bacher、Boris Illarionov、Markus Fischer、Mark Cushman

  DOI：10.1021/jo3010364

  日期：2012.7.20

  nitro groups, alkenes, and halogens. The target compounds were tested as inhibitors of lumazine synthase and riboflavin synthase obtained from a variety of microorganisms. In general, the S-nucleosides and N-nucleosides were more potent than the corresponding O-nucleosides as lumazine synthase and riboflavin synthase inhibitors, while the C-nucleosides were the least potent. A series of molecular dynamics

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。