N³-benzoyl thymidine | 94189-75-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N³-benzoyl thymidine
• 英文别名: N(3)-benzoyl-2'-deoxythymidine；N³-benzoylthymidine；3-N-benzoylthymidine；N3-benzoylthymidine；3-benzoyl-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 94189-75-0
• 化学式: C₁₇H₁₈N₂O₆
• 分子量: 346.34
• InChiKey: HMSCPNFZRAIJIP-BFHYXJOUSA-N

物化性质

• 沸点：
  567.7±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.450±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.5
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N³-benzoyl thymidine 在 苯甲醇 作用下， 反应 30.0h， 以82%的产率得到beta-胸苷
  参考文献：
  名称：

  合成N-苯甲酰化尿苷和胸苷衍生物的新方法；N-脱苯甲酰化的简便方法。

  摘要：

  已经开发了一种通过2'，3'-O-异亚丙基尿苷的一步选择性N-苯甲酰化合成N-苯甲酰基-2'，3'-O-异亚丙基尿苷的改进方法。还描述了通过初始的三苯甲酰化，然后选择性地水解苯甲酸酯来合成N-苯甲酰基胸苷的有效合成途径。N-苯甲酰化胸苷和尿苷衍生物的N-苯甲酰化可以在中性条件下通过与苄醇一起加热而方便地进行。

  DOI：

  10.1016/s0008-6215(01)00325-1
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-bis-O-(trimethylsilyl)-thymidine 在 三氟乙酸 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 氯仿 为溶剂， 反应 3.33h， 生成 N³-benzoyl thymidine
  参考文献：
  名称：

  An Improved Method for the Synthesis ofN ³-Benzoylthymidine

  摘要：

  通过 3′，5′-双-O-（三甲基硅基）-N 3-苯甲酰基胸苷，高产合成了寡脱氧核苷酸合成的关键中间体 N 3-苯甲酰基胸苷（2），并可将其分离为稳定的晶体。

  DOI：

  10.1055/s-1987-28192

文献信息

• The Efficiency of Light-Directed Synthesis of DNA Arrays on Glass Substrates
  作者：Glenn H. McGall、Anthony D. Barone、Martin Diggelmann、Stephen P. A. Fodor、Erik Gentalen、Nam Ngo

  DOI：10.1021/ja964427a

  日期：1997.6.1

  New methods based on photolithography and surface fluorescence were used to determine photodeprotection rates and stepwise yields for light-directed oligonucleotide synthesis using photolabile 5‘-(((α-methyl-2-nitropiperonyl)oxy)carbonyl)(MeNPOC)-2‘-deoxynucleoside phosphoramidites on planar glass substrates. Under near-UV illumination (primarily 365 nm) from a mercury light source, the rate of photoremoval

  基于光刻和表面荧光的新方法用于确定使用光不稳定 5'-(((α-methyl-2-nitropiperonyl)oxy)carbonyl)(MeNPOC)-2'-的光导向寡核苷酸合成的光脱保护速率和逐步产率平面玻璃基板上的脱氧核苷亚磷酰胺。在来自汞光源的近紫外线照射（主要是 365 nm）下，发现 MeNPOC 保护基团的光去除率与生长的寡聚体的核苷酸和长度无关（t1/2 = 12 s，27.5 mW /cm2）。观察到对溶剂极性的适度依赖性，在存在非极性溶剂或不存在溶剂的情况下，光解进行得最快（例如，t1/2 = 10-13 s，27.5 mW/cm2）。在解决方案中，光解速率在 5-50 mW/cm2 范围内与光强度呈线性关系。使用基于 N6-(苯氧基乙酰基)-2'-脱氧腺苷的单体合成十二聚体寡核苷酸的平均逐步产率在 92-94% 的范围内。
• Synthesis of Oligodeoxynucleotides Using Fully Protected Deoxynucleoside 3′-Phosphoramidite Building Blocks and Base Recognition of Oligodeoxynucleotides Incorporating N3-Cyano-Ethylthymine
  作者：Hirosuke Tsunoda、Tomomi Kudo、Akihiro Ohkubo、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.3390/molecules15117509

  日期：——

  Oligodeoxynucleotide (ODN) synthesis, which avoids the formation of side products, is of great importance to biochemistry-based technology development. One side reaction of ODN synthesis is the cyanoethylation of the nucleobases. We suppressed this reaction by synthesizing ODNs using fully protected deoxynucleoside 3'-phosphoramidite building blocks, where the remaining reactive nucleobase residues

  寡聚脱氧核苷酸 (ODN) 合成避免了副产物的形成，对于基于生物化学的技术开发具有重要意义。ODN 合成的一个副反应是核碱基的氰乙基化。我们通过使用完全受保护的脱氧核苷 3'-亚磷酰胺结构单元合成 ODN 来抑制该反应，其中剩余的反应性核碱基残基被酰基-、二酰基-和酰基-氧乙烯型基团完全保护。对核碱基位点氰乙基化的详细分析表明，胸腺嘧啶碱基的 N3 保护有效地抑制了丙烯腈的迈克尔加成。使用亚磷酰胺方法合成了包含 N3-氰乙基胸腺嘧啶的 ODN，并检查了涉及该 ODN 模板的引物延伸反应。其结果，
• Synthesis of 3′-O-(2-cyanoethyl)-2′-deoxythymidine-5′-phosphate as a model compound for evaluation of cyanoethyl cleavage
  作者：Angelika C. Keller、Saulius Serva、Diana C. Knapp、Marek Kwiatkowski、Joachim W. Engels

  DOI：10.1135/cccc2008183

  日期：——

  An essential and challenging task during the development of our sequencing-by-synthesis (SBS) technique is the evaluation of efficient cyanoethyl (CE) cleavage conditions. For this purpose 3′-O-(2-cyanoethyl)-2′-deoxythymidine-5′-phosphate as a model compound as well as a short DNA oligomer bearing the CE function as terminal group were synthesized and used for various deprotection experiments. As it is already known for 2′-O-CE-protected RNA oligonucleotides, the CE function can be cleaved with tetrabutylammonium fluoride (TBAF) in THF. Indeed, by using 3′-O-(2-cyanoethyl)-2′-deoxythymidine-5′-phosphate as a simple model compound for cleavage tests, we found out that the 3′-O-CE function is quantitatively cleaved with 1 M TBAF in THF. However, the CE group is also cleaved by other small bases like hydroxy groups under alkaline conditions. The CE cleavage with TBAF in THF gives the fastest and quantitative removal of the CE group under mild conditions for our sequencing-by-synthesis (SBS) application. The efficient removal of the 3′-CE group is crucial for the proof-of-principle of our SBS approach using dye-labeled 3′-CE-blocked dNTPs, which is currently under investigation. Herein we describe the application of 3′-O-(2-cyanoethyl)-2′-deoxythymidine-5′-phosphate as model compound for the development of reversible terminators for the SBS technique. Furthermore we suggest that nucleoside phosphates bearing any removable 3′-modification might be suitable model compounds for cleavage studies in a heterogeneous environment comparable to an oligonucleotide/ aprotic solvent system.

  在我们的合成-通过合成（SBS）技术开发过程中，一个重要且具有挑战性的任务是评估高效的氰乙基（CE）裂解条件。为此，我们合成了3'-O-(2-氰乙基)-2'-脱氧胸苷-5'-磷酸作为模型化合物，以及一个带有CE功能作为末端基团的短DNA寡聚体，并用于各种去保护实验。正如已经知道的对于2'-O-CE-保护的RNA寡核苷酸，CE功能可通过THF中的四丁基氟化铵（TBAF）来裂解。事实上，通过使用3'-O-(2-氰乙基)-2'-脱氧胸苷-5'-磷酸作为裂解试验的简单模型化合物，我们发现3'-O-CE功能在1 M TBAF/THF条件下可以被完全裂解。然而，CE基团也会在碱性条件下被其他小碱基如羟基裂解。在我们的合成-通过合成（SBS）应用中，CE裂解与TBAF/THF在温和条件下提供了最快和定量的CE基团去除。对3'-CE基团的高效去除对于使用染料标记的3'-CE阻断的dNTPs进行SBS方法的原理证明至关重要，目前正在进行研究。在这里，我们描述了3'-O-(2-氰乙基)-2'-脱氧胸苷-5'-磷酸作为合成-通过合成（SBS）技术的可逆终止子的开发的模型化合物的应用。此外，我们建议带有任何可去除的3'-修饰的核苷酸磷酸盐可能是适合的模型化合物，用于在类似寡核苷酸/无极性溶剂体系中进行裂解研究。
• A new class of condensing reagents for rapid internucleotide bond formation in the phosphotriester approach and preparation of n3-benzoylthymidine as a key intermediate in oligodeoxyribonucleotide synthesis
  作者：Jun-ichi Matsuzaki、Hitoshi Hotoda、Mitsuo Sekine、Tujiaki Hata

  DOI：10.1016/0040-4039(84)80055-6

  日期：——

  Rapid internucleotide bond formation in the phosphotriester approach has been achieved in high yield by use of bis(2,4,6-trihalophenyl) phosphorochloridates (TCP and TBP) as new condensing reagents and the benzoyl group as the N3-imide protecting group of thymidine.

  在磷酸三酯方法快速间键形成已通过使用双（2,4,6-三trihalophenyl）phosphorochloridates（TCP和TBP）作为新的冷凝试剂和苯甲酰基作为N的以高产率取得3的亚胺保护基团胸腺嘧啶核苷。
• An Improved Transient Method for the Synthesis of<i>N</i>-Benzoylated Nucleosides
  作者：Xue-Feng Zhu、Howard J. Williams、A. Ian Scott

  DOI：10.1081/scc-120017200

  日期：2003.1.5

  The Jones' transient method for the synthesis of N-benzoylated nucleosides is improved by reducing the amounts of chlorotrimethylsilane (TMSCI) and benzoyl chloride to nearly equivalent quantities. The easy work-up and high yields of products are the major advantages of this approach. Jones' method is further simplified by omitting the addition of ammonium hydroxide. The utility of this modification for the preparation of some useful protected nucleosides is also presented.