X‐Ray Crystallography and Free Energy Calculations Reveal the Binding Mechanism of A
<sub>2A</sub>
Adenosine Receptor Antagonists
作者:Willem Jespers、Grégory Verdon、Jhonny Azuaje、Maria Majellaro、Henrik Keränen、Xerardo García‐Mera、Miles Congreve、Francesca Deflorian、Chris Graaf、Andrei Zhukov、Andrew S. Doré、Jonathan S. Mason、Johan Åqvist、Robert M. Cooke、Eddy Sotelo、Hugo Gutiérrez‐de‐Terán
DOI:10.1002/anie.202003788
日期:2020.9.14
was subsequently used to design new chromone derivatives. Their affinities for the A2AAR were experimentally determined and investigated through a cycle of ligand‐FEP calculations, validating the binding orientation of the different chemical substituents proposed. Subsequent X‐ray crystallography of the A2AAR with a low and a high affinity chromone derivative confirmed the predicted binding orientation
我们提出了一个基于自由能微扰 (FEP) 计算、化学合成、生物物理绘图和 X 射线晶体学迭代的强大协议,以揭示拮抗剂系列与 A 2A腺苷受体 (AR)的结合模式。最初使用侧链 FEP 模拟对生物物理作图实验中的8 个 A 2A AR 结合位点突变进行分析,并在替代结合模式下进行。结果明显支持了一种结合模式,该模式随后被用于设计新的色酮衍生物。它们对 A 2A AR 的亲和力通过配体-FEP 计算循环进行实验测定和研究,验证了所提出的不同化学取代基的结合方向。随后对具有低亲和力和高亲和力色酮衍生物的 A 2A AR进行的 X 射线晶体学证实了预测的结合方向。这里报道的新分子和结构是由自由能计算驱动的,并提供了与 A 2A AR 结合的拮抗剂的新见解,A 2A AR 是免疫肿瘤学中的一个新兴靶点。