(E)-3-{1-Methyl-4-[(1-methyl-4-nitro-1H-imidazole-2-carbonyl)-amino]-1H-pyrrol-2-yl}-acrylic acid ethyl ester | 373362-03-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 唑类
• 英文名称: (E)-3-{1-Methyl-4-[(1-methyl-4-nitro-1H-imidazole-2-carbonyl)-amino]-1H-pyrrol-2-yl}-acrylic acid ethyl ester
• 英文别名: ethyl (E)-3-[1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carbonyl)amino]pyrrol-2-yl]prop-2-enoate
• CAS: 373362-03-9
• 化学式: C₁₅H₁₇N₅O₅
• 分子量: 347.33
• InChiKey: VJBPUQXOUQDMSC-AATRIKPKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.8
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  124
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (E)-3-{1-Methyl-4-[(1-methyl-4-nitro-1H-imidazole-2-carbonyl)-amino]-1H-pyrrol-2-yl}-acrylic acid ethyl ester 在 10percent Pd/C sodium tetrahydroborate 作用下， 以 甲醇 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 0.33h， 生成 (E)-3-{4-[(4-Amino-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)-amino]-1-methyl-1H-pyrrol-2-yl}-acrylic acid ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  用于有效DNA烷基化的吡咯-咪唑发夹聚酰胺的分子设计。

  摘要：

  通过具有450个碱基对（bp）的高分辨率变性凝胶电泳，合成了新的发夹聚酰胺-CPI（CPI =环丙基吡咯并吲哚）化合物12-14，并且与先前制备的发夹聚酰胺化合物1相比，它们的DNA烷基化活性更高。 DNA片段并通过HPLC产物分析合成的十核苷酸。与我们先前的结果一致，化合物1的烷基化主要发生在序列5'-AGTCAG-3'（位点3）的G部分。但是，化合物12的化合物1的烷基化部分的结构被杜卡霉素A DU-86（CPI）的链段A取代的化合物12没有显示出任何DNA烷基化活性。与之形成鲜明对比的是，发夹CPI共轭物13与化合物1的不同之处在于，它缺少一个Py单元并具有乙烯基接头，将5'的A烷基化 -AGTCAG-3'（部位3）在纳摩尔浓度下有效。具有乙烯基连接基的化合物14的烷基化发生在5'-AGTCCA-3'的A（位点6）和几个次要的烷基化位点，包括5'-TCACAA-3'的A的错配烷基化（位点2）

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20021018)8:20<4781::aid-chem4781>3.0.co;2-j
• 作为产物：
  描述：

  1-甲基-4-硝基吡咯-2-甲醛 在 sodium tetrahydroborate 、 palladium on activated charcoal 、 sodium hydride 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 3.33h， 生成 (E)-3-{1-Methyl-4-[(1-methyl-4-nitro-1H-imidazole-2-carbonyl)-amino]-1H-pyrrol-2-yl}-acrylic acid ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  吡咯/咪唑 CPI 偶联物的高效序列特异性 DNA 链间交联

  摘要：

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和

  DOI：

  10.1021/ja028459b

文献信息

• Molecular Design of a Pyrrole–Imidazole Hairpin Polyamides for Effective DNA Alkylation
  作者：Toshikazu Bando、Akihiko Narita、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1002/1521-3765(20021018)8:20<4781::aid-chem4781>3.0.co;2-j

  日期：2002.10.18

  clear contrast, the hairpin CPI conjugate 13, which differs from compound 1 in that it lacks one Py unit and possesses a vinyl linker, alkylated the A of 5'-AGTCAG-3' (site 3) efficiently at nanomolar concentrations. Alkylation by compound 14, which has a vinyl linker, occurred at the A of 5'-AGTCCA-3' (site 6) and at several minor alkylation sites, including mismatch alkylation at A of 5'-TCACAA-3'

  通过具有450个碱基对（bp）的高分辨率变性凝胶电泳，合成了新的发夹聚酰胺-CPI（CPI =环丙基吡咯并吲哚）化合物12-14，并且与先前制备的发夹聚酰胺化合物1相比，它们的DNA烷基化活性更高。 DNA片段并通过HPLC产物分析合成的十核苷酸。与我们先前的结果一致，化合物1的烷基化主要发生在序列5'-AGTCAG-3'（位点3）的G部分。但是，化合物12的化合物1的烷基化部分的结构被杜卡霉素A DU-86（CPI）的链段A取代的化合物12没有显示出任何DNA烷基化活性。与之形成鲜明对比的是，发夹CPI共轭物13与化合物1的不同之处在于，它缺少一个Py单元并具有乙烯基接头，将5'的A烷基化 -AGTCAG-3'（部位3）在纳摩尔浓度下有效。具有乙烯基连接基的化合物14的烷基化发生在5'-AGTCCA-3'的A（位点6）和几个次要的烷基化位点，包括5'-TCACAA-3'的A的错配烷基化（位点2）
• Sequence-Specific DNA Interstrand Cross-Linking by Imidazole−Pyrrole CPI Conjugate
  作者：Toshikazu Bando、Hirokazu Iida、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja003660c

  日期：2001.5.1
• NOVEL HAIRPIN POLYAMIDE
  申请人：Japan Science and Technology Agency

  公开号：EP1491534B1

  公开（公告）日：2009-08-05
• US7456294B2
  申请人：——

  公开号：US7456294B2

  公开（公告）日：2008-11-25
• Highly Efficient Sequence-Specific DNA Interstrand Cross-Linking by Pyrrole/Imidazole CPI Conjugates
  作者：Toshikazu Bando、Akihiko Narita、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja028459b

  日期：2003.3.1

  of DNA interstrand cross-linking agent by synthesizing dimers of a pyrrole (Py)/imidazole (Im)-diamide-CPI conjugate, ImPyLDu86 (1), connected using seven different linkers. The tetramethylene linker compound, 7b, efficiently produces DNA interstrand cross-links at the nine-base-pair sequence, 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3', only in the presence of a partner triamide, ImImPy. For efficient cross-linking by

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和