δ-L-α-aminoadipoyl-L-cysteine (1-(R)-carboxy-2-thiomethyl)ethyl ester | 1041170-92-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 肽模拟物
• 英文名称: δ-L-α-aminoadipoyl-L-cysteine (1-(R)-carboxy-2-thiomethyl)ethyl ester
• 英文别名: LLL-ACOmC；N^6^-[(1r)-2-[(1r)-1-Carboxy-2-(Methylsulfanyl)ethoxy]-2-Oxo-1-(Sulfanylmethyl)ethyl]-6-Oxo-L-Lysine；(2S)-2-amino-6-[[(2R)-1-[(1R)-1-carboxy-2-methylsulfanylethoxy]-1-oxo-3-sulfanylpropan-2-yl]amino]-6-oxohexanoic acid
• CAS: 1041170-92-6
• 化学式: C₁₃H₂₂N₂O₇S₂
• 分子量: 382.459
• InChiKey: ZBJXRZZOCYDPEK-CIUDSAMLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.9
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  182
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 苯甲醚 、 三氟乙酸 作用下， 反应 0.5h， 以43%的产率得到δ-L-α-aminoadipoyl-L-cysteine (1-(S)-carboxy-2-thiomethyl)ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  异青霉素 N 合酶介导缩酚酸底物类似物中硫醇盐氧化为磺酸盐：对氧结合的影响和与腈水合酶的联系？

  摘要：

  异青霉素 N 合酶 (IPNS) 是一种非血红素铁氧化酶，可催化 β-内酰胺抗生素生物合成的核心步骤：线性三肽 delta-L-α-氨基己二酰-L-半胱氨酰-D-缬氨酸 (ACV) 的氧化环化异青霉素 N (IPN)。ACV 类似物 delta-L-α-氨基己二酰-L-半胱氨酸（1-（S）-羧基-2-硫甲基）乙酯（ACOmC）已合成为 IPNS 催化的机械探针，并用酶结晶。厌氧 IPNS/Fe(II)/ACOmC 复合物的晶体结构确定为 1.80 A 分辨率，揭示了高度拥挤的活性位点区域。通过将这些厌氧生长的晶体暴露在高压氧气中，观察到了意想不到的次磺酸盐产物，在 IPNS 活性位点内与铁络合。提出了形成次磺酸盐-铁络合物的机制，并且似乎 ACOmC 在其与 IPNS 反应的最早阶段遵循不同的反应途径。因此，似乎氧（共底物）在与之前 IPNS 研究中观察到的不同的位点结合，在此过程中从铁中置换了水配体。以前在

  DOI：

  10.1021/ja8005397

文献信息

• The crystal structure of an<scp>lll</scp>-configured depsipeptide substrate analogue bound to isopenicillin N synthase
  作者：Wei Ge、Ian J. Clifton、Jeanette E. Stok、Robert M. Adlington、Jack E. Baldwin、Peter J. Rutledge

  DOI：10.1039/b910170e

  日期：——

  Isopenicillin N synthase (IPNS) is a non-heme iron(II) oxidase, which catalyses the biosynthesis of isopenicillin N (IPN) from the tripeptide δ-L-α-aminoadipoyl-L-cysteinyl-D-valine (LLD-ACV) in a remarkable oxidative bicyclisation reaction. The natural substrate for IPNS is the LLD-configured tripeptide. LLL-ACV is not turned over by the enzyme, but inhibits turnover of the LLD-tripeptide. The mechanism by which this inhibition takes place is not fully understood. Recent studies have employed a range of LLD-configured depsipeptide substrate analogues in crystallographic studies to probe events preceding β-lactam closure in the IPNS reaction cycle. Herein, we report the first crystal structure of IPNS in complex with an LLL-configured depsipeptide analogue, δ-L-α-aminoadipoyl-L-cysteine (1-(R)-carboxy-2-thiomethyl)ethyl ester (LLL-ACOmC). This report describes the crystal structure of the IPNS:Fe(II):LLL-ACOmC complex to 2.0 Å resolution, and discusses attempts to oxygenate this complex at high pressure in order to probe the mechanism by which LLL-configured substrates inhibit IPNS catalysis.

  异青霉素 N 合酶 (IPNS) 是一种非血红素铁 (II) 氧化酶，可催化三肽 δ-L-α-氨基己二酰-L-半胱氨酰-D-缬氨酸 (LLD-ACV) 生物合成异青霉素 N (IPN)发生显着的氧化双环化反应。 IPNS 的天然底物是 LLD 配置的三肽。 LLL-ACV 不会被酶转化，但会抑制 LLD-三肽的转化。这种抑制发生的机制尚不完全清楚。最近的研究在晶体学研究中采用了一系列 LLD 配置的缩酚肽底物类似物来探测 IPNS 反应循环中 β-内酰胺闭合之前的事件。在此，我们报道了IPNS与LLL配置的缩酚肽类似物δ-L-α-氨基己二酰-L-半胱氨酸(1-(R)-羧基-2-硫甲基)乙酯(LLL-ACOmC)复合物的第一个晶体结构）。该报告以 2.0 Å 分辨率描述了 IPNS:Fe(II):LLL-ACOmC 复合物的晶体结构，并讨论了在高压下对该复合物进行氧化的尝试，以探讨 LLL 配置底物抑制 IPNS 催化的机制。
• Isopenicillin N Synthase Mediates Thiolate Oxidation to Sulfenate in a Depsipeptide Substrate Analogue: Implications for Oxygen Binding and a Link to Nitrile Hydratase?
  作者：Wei Ge、Ian J. Clifton、Jeanette E. Stok、Robert M. Adlington、Jack E. Baldwin、Peter J. Rutledge

  DOI：10.1021/ja8005397

  日期：2008.8.1

  Isopenicillin N synthase (IPNS) is a nonheme iron oxidase that catalyzes the central step in the biosynthesis of beta-lactam antibiotics: oxidative cyclization of the linear tripeptide delta-L-alpha-aminoadipoyl-L-cysteinyl-D-valine (ACV) to isopenicillin N (IPN). The ACV analogue delta-L-alpha-aminoadipoyl-L-cysteine (1-(S)-carboxy-2-thiomethyl)ethyl ester (ACOmC) has been synthesized as a mechanistic

  异青霉素 N 合酶 (IPNS) 是一种非血红素铁氧化酶，可催化 β-内酰胺抗生素生物合成的核心步骤：线性三肽 delta-L-α-氨基己二酰-L-半胱氨酰-D-缬氨酸 (ACV) 的氧化环化异青霉素 N (IPN)。ACV 类似物 delta-L-α-氨基己二酰-L-半胱氨酸（1-（S）-羧基-2-硫甲基）乙酯（ACOmC）已合成为 IPNS 催化的机械探针，并用酶结晶。厌氧 IPNS/Fe(II)/ACOmC 复合物的晶体结构确定为 1.80 A 分辨率，揭示了高度拥挤的活性位点区域。通过将这些厌氧生长的晶体暴露在高压氧气中，观察到了意想不到的次磺酸盐产物，在 IPNS 活性位点内与铁络合。提出了形成次磺酸盐-铁络合物的机制，并且似乎 ACOmC 在其与 IPNS 反应的最早阶段遵循不同的反应途径。因此，似乎氧（共底物）在与之前 IPNS 研究中观察到的不同的位点结合，在此过程中从铁中置换了水配体。以前在