desotamide B

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: desotamide B
• 英文别名: Desotamide B；2-[(2S,8S,11S,14R,17S)-8-(1H-indol-3-ylmethyl)-11,14-bis(2-methylpropyl)-3,6,9,12,15,18-hexaoxo-17-propan-2-yl-1,4,7,10,13,16-hexazacyclooctadec-2-yl]acetamide
• 化学式: C₃₄H₅₀N₈O₇
• 分子量: 682.82
• InChiKey: CHWWXLHSWFFSCF-LEGRXYIASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.9
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  234
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-fluoro-2-4-dinitrophenyl-5-L-alanine amide 、 desotamide B 在 盐酸 、 碳酸氢钠 作用下， 以 水 、 丙酮 为溶剂， 反应 25.0h， 生成 Gly-L-FDAA 、 L-DAA-L-Leu 、 L-FDAA-D-leucine 、 FDAA-L-Asp 、 (S)-2-(5-((S)-1-amino-1-oxopropan-2-ylamino)-2,4-dinitrophenylamino)-3-methylbutanoic acid 、 L-FDAA-L-Asp-OH
  参考文献：
  名称：

  Wollamides: Antimycobacterial Cyclic Hexapeptides from an Australian Soil Streptomyces

  摘要：

  A soil Streptomyces nov. sp. (MST-115088) isolated from semiarid terrain near Wollogorang Station, Queensland returned two known and two new examples of a rare class of cyclic hexapeptide, desotamides A and B (1 and 2) and E and F (3 and 4), respectively, together with two new D-Orn homologues, wollamides A and B (5 and 6) . Structures were assigned by detailed spectorscopic and C-3 Marfey's anlaysis. the desotamides/wollamides exhibit growth inhibitory activity aganist Gram-positive bacteria (IC50 0.6-7 mu M) and are noncytotoxic to mammalian cells (IC50 > mu M). The wollamides exhibit antimycobacterial activity (IC50 2.8 and 3.1 mu M), including reduction in the intracellular mycobacterial survival in murine bone marrow-derived macrophages.

  DOI：

  10.1021/ol502472c
• 作为产物：
  描述：

  在 三异丙基硅烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 desotamide B
  参考文献：
  名称：

  环六肽wollamides A，B和desotamide B的固相合成。

  摘要：

  已经开发了包括环酰胺A，B和去氨酰胺B在内的抗菌环六​​肽的固相合成方法。简而言之，使用标准Fmoc化学方法和二异丙基碳二亚胺/羟基苯并三唑偶联剂将受保护的线性六肽组装在2-氯三苯甲基氯树脂上，用六氟异丙醇/二氯甲烷裂解树脂以保持侧链保护基完整，并在溶液中环化。使用三氟乙酸/三异丙基硅烷/二氯甲烷的混合物最终全面去除所有保护基，得到所需的环状六肽，其特征在于1H，13C NMR和HRMS。随后研究大环化参数，例如末端残基，偶联剂，

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2017.05.084

文献信息

• Total Synthesis and Antibacterial Study of Cyclohexapeptides Desotamide B, Wollamide B and Their Analogs
  作者：Yi-Xing Chen、Chao Liu、Nan Liu、Ye Wu、Qing-Jie Zhao、Hong-Gang Hu、Xiang Li、Yan Zou

  DOI：10.1002/cbdv.201700414

  日期：2018.1

  mammalian cells (IC50 > 30 μm). Herein we firstly report the total synthesis of above two cyclohexapeptides as well as a series of structural variants through solid phase peptide synthesis, of which 3 displayed a 2‐fold increase of antibacterial activity when compared with the original peptide 1. This strategy may offer good improvements for the synthesis of other cyclic peptides.

  作为天然产物来源的抗生素，去硫酰胺 A – D 和 wollamides 对革兰氏阳性菌具有生长抑制活性（IC50 0.6 – 7 μm），对哺乳动物细胞无细胞毒性（IC50 > 30 μm）。在此，我们首先报告了上述两种环六肽以及一系列结构变体通过固相肽合成的全合成，其中 3 种与原始肽 1 相比抗菌活性提高了 2 倍。改进其他环肽的合成。
• Arylboronate Ester Protected Amino Acids as Orthogonal Building Blocks for Fmoc Solid-Phase Peptide Synthesis
  作者：Chao Liu、Yan Zou、Hui Song、Yuan-Ye Jiang、Hong-Gang Hu

  DOI：10.1002/ejoc.201701064

  日期：2017.10.25

  amino acids are described. These useful building blocks were found to exhibit all of the chemical properties compatible to the Fmoc strategy solid-phase peptide synthesis and orthogonal to Boc, tBu, Pbf and Trt groups. Their effective application for synthesis of different types of peptidomimetics has been demonstrated by high-quality preparation of lipidated peptide MP-196 C-C8, on-resin head-to-tail

  描述了三种基于硼酸芳基酯的新型氨基酸。发现这些有用的构建块表现出与 Fmoc 策略固相肽合成兼容的所有化学性质，并与 Boc、tBu、Pbf 和 Trt 基团正交。通过高质量制备脂化肽 MP-196 C-C8、去硫酰胺 B 的树脂头尾环化和 hPTHrP-(11-19 ) 通过标准 Fmoc 辅助固相肽合成的简便且无金属的程序。
• Streamlined Chemoenzymatic Synthesis of Cyclic Peptides by Non-ribosomal Peptide Cyclases
  作者：Masakazu Kobayashi、Kei Fujita、Kenichi Matsuda、Toshiyuki Wakimoto

  DOI：10.1021/jacs.2c11082

  日期：2023.2.15

  Macrocyclization improves the pharmaceutical properties of peptides; however, regio- and chemoselective intramolecular cyclizations remain challenging. Here we developed a streamlined chemoenzymatic approach to synthesize cyclic peptides by exploiting non-ribosomal peptide (NRP) cyclases. Linear peptides linked to the resin through a C-terminal diol ester functionality are synthesized on a solid support

  大环化改善多肽的药学性质；然而，区域和化学选择性分子内环化仍然具有挑战性。在这里，我们开发了一种简化的化学酶法，通过利用非核糖体肽 (NRP) 环化酶来合成环肽。通过C连接到树脂的线性肽- 末端二醇酯功能在固体支持物上合成，以规避离去基团在液相中安装到肽底物上，这通常会引发不希望的差向异构化。树脂结合肽的裂解产生了具有足够纯度的二醇酯，可以很容易地被 SurE（一种代表性的青霉素结合蛋白型硫酯酶（PBP 型 TE））以头对尾的方式环化。对同源野生型酶的探索以及合理的蛋白质工程已经拓宽了酶促大环内酰胺化的范围。这种方法将有可能加速 NRP 环化酶作为生物催化剂的开发。
• Solid-phase synthesis of cyclic hexapeptides wollamides A, B and desotamide B
  作者：Lissa S. Tsutsumi、Ghee T. Tan、Dianqing Sun

  DOI：10.1016/j.tetlet.2017.05.084

  日期：2017.7

  Solid-phase synthesis of antibacterial cyclohexapeptides including wollamides A, B and desotamide B has been developed. Briefly, the protected linear hexapeptides were assembled on 2-chlorotrityl chloride resin using standard Fmoc chemistry and diisopropylcarbodiimide/hydroxybenzotriazole coupling reagents, cleaved off-resin with hexafluoroisopropanol/dichloromethane to keep side-chain protecting groups

  已经开发了包括环酰胺A，B和去氨酰胺B在内的抗菌环六​​肽的固相合成方法。简而言之，使用标准Fmoc化学方法和二异丙基碳二亚胺/羟基苯并三唑偶联剂将受保护的线性六肽组装在2-氯三苯甲基氯树脂上，用六氟异丙醇/二氯甲烷裂解树脂以保持侧链保护基完整，并在溶液中环化。使用三氟乙酸/三异丙基硅烷/二氯甲烷的混合物最终全面去除所有保护基，得到所需的环状六肽，其特征在于1H，13C NMR和HRMS。随后研究大环化参数，例如末端残基，偶联剂，
• Wollamides: Antimycobacterial Cyclic Hexapeptides from an Australian Soil <i>Streptomyces</i>
  作者：Zeinab G. Khalil、Angela A. Salim、Ernest Lacey、Antje Blumenthal、Robert J. Capon

  DOI：10.1021/ol502472c

  日期：2014.10.3

  A soil Streptomyces nov. sp. (MST-115088) isolated from semiarid terrain near Wollogorang Station, Queensland returned two known and two new examples of a rare class of cyclic hexapeptide, desotamides A and B (1 and 2) and E and F (3 and 4), respectively, together with two new D-Orn homologues, wollamides A and B (5 and 6) . Structures were assigned by detailed spectorscopic and C-3 Marfey's anlaysis. the desotamides/wollamides exhibit growth inhibitory activity aganist Gram-positive bacteria (IC50 0.6-7 mu M) and are noncytotoxic to mammalian cells (IC50 > mu M). The wollamides exhibit antimycobacterial activity (IC50 2.8 and 3.1 mu M), including reduction in the intracellular mycobacterial survival in murine bone marrow-derived macrophages.