(S)-methyl 3-methyl-2-(2-phenoxyacetamido)butanoate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (S)-methyl 3-methyl-2-(2-phenoxyacetamido)butanoate
• 英文别名: methyl (2S)-3-methyl-2-[(2-phenoxyacetyl)amino]butanoate
• 化学式: C₁₄H₁₉NO₄
• 分子量: 265.309
• InChiKey: XCUQBASELMXBRR-ZDUSSCGKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.5
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.43
• 拓扑面积：
  64.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-methyl 3-methyl-2-(2-phenoxyacetamido)butanoate 在 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 以88%的产率得到(S)-3-methyl-2-(2-phenoxyacetamido)butanoic acid
  参考文献：
  名称：

  立体化学对配体结合的影响：基于环氧化物的 HIV 蛋白酶抑制剂的 X 射线晶体学分析

  摘要：

  一种新的拟肽环氧化物抑制剂，设计用于与 HIV 蛋白酶 (HIV-PR) 的不可逆结合，已在溶液和固态中合成并表征。然而，通过抑制剂-酶共结晶获得的复合物的晶体结构表明，在结晶过程中，HIV-PR 选择了一种具有倒置环氧化物碳构型的次要异构体。有序假肽的结构表征，插入催化通道中，其环氧基团完整，提供了对抑制剂结合和 HIV-PR 立体选择性的更深入的了解，这有助于未来基于环氧化物的 HIV 抑制剂的开发。

  DOI：

  10.1021/ml500092e
• 作为产物：
  描述：

  L-缬氨酸甲酯盐酸盐 、 苯氧乙酸 在 N-甲基吗啉 、 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 以97%的产率得到(S)-methyl 3-methyl-2-(2-phenoxyacetamido)butanoate
  参考文献：
  名称：

  立体化学对配体结合的影响：基于环氧化物的 HIV 蛋白酶抑制剂的 X 射线晶体学分析

  摘要：

  一种新的拟肽环氧化物抑制剂，设计用于与 HIV 蛋白酶 (HIV-PR) 的不可逆结合，已在溶液和固态中合成并表征。然而，通过抑制剂-酶共结晶获得的复合物的晶体结构表明，在结晶过程中，HIV-PR 选择了一种具有倒置环氧化物碳构型的次要异构体。有序假肽的结构表征，插入催化通道中，其环氧基团完整，提供了对抑制剂结合和 HIV-PR 立体选择性的更深入的了解，这有助于未来基于环氧化物的 HIV 抑制剂的开发。

  DOI：

  10.1021/ml500092e

文献信息

• Impact of Stereochemistry on Ligand Binding: X-ray Crystallographic Analysis of an Epoxide-Based HIV Protease Inhibitor
  作者：Fabio Benedetti、Federico Berti、Pietro Campaner、Lidia Fanfoni、Nicola Demitri、Folasade M. Olajuyigbe、Matteo De March、Silvano Geremia

  DOI：10.1021/ml500092e

  日期：2014.9.11

  A new pseudopeptide epoxide inhibitor, designed for irreversible binding to HIV protease (HIV-PR), has been synthesized and characterized in solution and in the solid state. However, the crystal structure of the complex obtained by inhibitor–enzyme cocrystallization revealed that a minor isomer, with inverted configuration of the epoxide carbons, has been selected by HIV-PR during crystallization.

  一种新的拟肽环氧化物抑制剂，设计用于与 HIV 蛋白酶 (HIV-PR) 的不可逆结合，已在溶液和固态中合成并表征。然而，通过抑制剂-酶共结晶获得的复合物的晶体结构表明，在结晶过程中，HIV-PR 选择了一种具有倒置环氧化物碳构型的次要异构体。有序假肽的结构表征，插入催化通道中，其环氧基团完整，提供了对抑制剂结合和 HIV-PR 立体选择性的更深入的了解，这有助于未来基于环氧化物的 HIV 抑制剂的开发。
• Fragment-based drug design targeting syntenin PDZ2 domain involved in exosomal release and tumour spread
  作者：Manon Garcia、Laurent Hoffer、Raphaël Leblanc、Fatiha Benmansour、Mikael Feracci、Carine Derviaux、Antonio Luis Egea-Jimenez、Philippe Roche、Pascale Zimmermann、Xavier Morelli、Karine Barral

  DOI：10.1016/j.ejmech.2021.113601

  日期：2021.11

  syntenin PDZ domains interacting with syndecans. We therefore aimed to develop, through a fragment-based drug design approach, novel inhibitors targeting syntenin-syndecan interactions. We describe here the optimization of a fragment, ‘hit’ C58, identified by in vitro screening of a PDZ-focused fragment library, which binds specifically to the syntenin-PDZ2 domain at the same binding site as the syndecan-2

  Syntenin 刺激外泌体的产生，其表达在许多癌症中上调，并与转移性肿瘤的扩散有关。这些作用得到了与 Syndecans 相互作用的 Syntenin PDZ 域的支持。因此，我们的目标是通过基于片段的药物设计方法开发针对合成蛋白-合成蛋白聚糖相互作用的新型抑制剂。我们在这里描述了一个片段的优化，“命中” C58，通过体外筛选以 PDZ 为重点的片段库，它与 syntenin-PDZ2 域在与 syndecan-2 肽相同的结合位点特异性结合。X 射线晶体结构和计算对接被用来指导我们的优化过程并导致化合物45和57 (IC 50 = 33 μM 和 47 μM；分别），两个代表的 Syntenin-syndecan 相互作用抑制剂，它们选择性地影响 Syntenin-外泌体的释放。这些发现表明，有可能鉴定出抑制合成蛋白-合成多糖相互作用和外泌体释放的小分子，这些小分子可能对癌症治疗有用。