deglycobleomycin A2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 肽模拟物
• 英文名称: deglycobleomycin A2
• 英文别名: 3-[[2-[2-[2-[[(2S,3R)-2-[[(2S,3S,4R)-4-[[(2S,3R)-2-[[6-amino-2-[(1S)-3-amino-1-[[(2S)-2,3-diamino-3-oxopropyl]amino]-3-oxopropyl]-5-methylpyrimidine-4-carbonyl]amino]-3-hydroxy-3-(1H-imidazol-5-yl)propanoyl]amino]-3-hydroxy-2-methylpentanoyl]amino]-3-hydroxybutanoyl]amino]ethyl]-1,3-thiazol-4-yl]-1,3-thiazole-4-carbonyl]amino]propyl-dimethylsulfanium
• 化学式: C₄₂H₆₃N₁₆O₁₀S₃
• 分子量: 1048.26
• InChiKey: FJVNPYBGZSWJBU-DJYWCVPWSA-O

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.3
• 重原子数：
  71
• 可旋转键数：
  28
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  494
• 氢给体数：
  14
• 氢受体数：
  20

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  deglycobleomycin A2 、 zinc(II) sulfate 以 水 为溶剂， 生成 Zn(II)-deglycobleomycin A2
  参考文献：
  名称：

  Zn(II)·去甘博莱霉素 A2 的表征以及与 d(CGCTAGCG)2 的相互作用：联噻唑部分小槽结合的直接证据

  摘要：

  去甘博莱霉素 (dgBLM) 以序列选择性方式结合并降解自互补寡核苷酸 d(CGCTAGCG)2。为了表征结合相互作用，已使用二维核磁共振实验和约束分子动力学计算检查了 Zn(II)·dgBLM A2 与 DNA 八核苷酸的 1:1 复合物。Zn(II)·dgBLM A2 的两个结构域内 DNA 相互作用模式的关键要素与之前观察到的 Zn(II)·BLM A2 模式的关键要素根本不同（Manderville, RA; Ellena, JF; Hecht, SMJ Am. Chem . Soc. 1995, 117, 7891)。本研究支持联噻唑部分的小沟结合模式。仅观察到联噻唑 (Bit) 质子 Bit H5 和 Bit H5' 的轻微上场位移，Zn(II)·dgBLM A2 结合后，连续的链内NOE 连接得以保留。复合物中药物分子的取向基于 16 个分子间 Zn(II)·dgBLM A2-DNA

  DOI：

  10.1021/ja9801801

文献信息

• Characterization of Zn(II)·Deglycobleomycin A₂ and Interaction with d(CGCTAGCG)₂:  Direct Evidence for Minor Groove Binding of the Bithiazole Moiety
  作者：Steven J. Sucheck、Jeffrey F. Ellena、Sidney M. Hecht

  DOI：10.1021/ja9801801

  日期：1998.8.1

  using two-dimensional NMR experiments and restrained molecular dynamics calculations. Critical elements of the mode of DNA interaction within two structural domains of Zn(II)·dgBLM A2 were fundamentally different than those observed previously for Zn(II)·BLM A2 (Manderville, R. A.; Ellena, J. F.; Hecht, S. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7891). A minor groove mode of binding by the bithiazole moiety

  去甘博莱霉素 (dgBLM) 以序列选择性方式结合并降解自互补寡核苷酸 d(CGCTAGCG)2。为了表征结合相互作用，已使用二维核磁共振实验和约束分子动力学计算检查了 Zn(II)·dgBLM A2 与 DNA 八核苷酸的 1:1 复合物。Zn(II)·dgBLM A2 的两个结构域内 DNA 相互作用模式的关键要素与之前观察到的 Zn(II)·BLM A2 模式的关键要素根本不同（Manderville, RA; Ellena, JF; Hecht, SMJ Am. Chem . Soc. 1995, 117, 7891)。本研究支持联噻唑部分的小沟结合模式。仅观察到联噻唑 (Bit) 质子 Bit H5 和 Bit H5' 的轻微上场位移，Zn(II)·dgBLM A2 结合后，连续的链内NOE 连接得以保留。复合物中药物分子的取向基于 16 个分子间 Zn(II)·dgBLM A2-DNA