deglycobleomycin A2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 肽模拟物
• 英文名称: deglycobleomycin A2
• 英文别名: 3-[[2-[2-[2-[[(2S,3R)-2-[[(2S,3S,4R)-4-[[(2S,3R)-2-[[6-amino-2-[(1S)-3-amino-1-[[(2S)-2,3-diamino-3-oxopropyl]amino]-3-oxopropyl]-5-methylpyrimidine-4-carbonyl]amino]-3-hydroxy-3-(1H-imidazol-5-yl)propanoyl]amino]-3-hydroxy-2-methylpentanoyl]amino]-3-hydroxybutanoyl]amino]ethyl]-1,3-thiazol-4-yl]-1,3-thiazole-4-carbonyl]amino]propyl-dimethylsulfanium
• 化学式: C₄₂H₆₃N₁₆O₁₀S₃
• 分子量: 1048.26
• InChiKey: FJVNPYBGZSWJBU-DJYWCVPWSA-O

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.3
• 重原子数：
  71
• 可旋转键数：
  28
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.52
• 拓扑面积：
  494
• 氢给体数：
  14
• 氢受体数：
  20

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  deglycobleomycin A2 、 zinc(II) sulfate 以 水 为溶剂， 生成 Zn(II)-deglycobleomycin A2
  参考文献：
  名称：

  Zn(II)·去甘博莱霉素 A2 的表征以及与 d(CGCTAGCG)2 的相互作用：联噻唑部分小槽结合的直接证据

  摘要：

  去甘博莱霉素 (dgBLM) 以序列选择性方式结合并降解自互补寡核苷酸 d(CGCTAGCG)2。为了表征结合相互作用，已使用二维核磁共振实验和约束分子动力学计算检查了 Zn(II)·dgBLM A2 与 DNA 八核苷酸的 1:1 复合物。Zn(II)·dgBLM A2 的两个结构域内 DNA 相互作用模式的关键要素与之前观察到的 Zn(II)·BLM A2 模式的关键要素根本不同（Manderville, RA; Ellena, JF; Hecht, SMJ Am. Chem . Soc. 1995, 117, 7891)。本研究支持联噻唑部分的小沟结合模式。仅观察到联噻唑 (Bit) 质子 Bit H5 和 Bit H5' 的轻微上场位移，Zn(II)·dgBLM A2 结合后，连续的链内NOE 连接得以保留。复合物中药物分子的取向基于 16 个分子间 Zn(II)·dgBLM A2-DNA

  DOI：

  10.1021/ja9801801