N⁴-benzoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-benzoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: N4-Benzoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine；N-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-(methylsulfanylmethoxy)oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• 化学式: C₂₄H₃₅N₃O₅SSi
• 分子量: 505.711
• InChiKey: UPERCFHFRMYXFP-QKNQBKEWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.51
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  115
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-benzoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine 在 四丁基氟化铵 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N⁴-benzoyl-3’-O-(tert-butyldithiomethyl)-2‘-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  [EN] DESIGN AND SYNTHESIS OF NOVEL DISULFIDE LINKER BASED NUCLEOTIDES AS REVERSIBLE TERMINATORS FOR DNA SEQUENCING BY SYNTHESIS
  [FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION

  摘要：

  在此披露的内容包括化合物、组合物以及它们在核酸测序中的使用方法。

  公开号：

  WO2017058953A1
• 作为产物：
  描述：

  二甲基亚砜 、 N⁴-benzoyl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxycytidine 在 乙酸酐 、 溶剂黄146 作用下， 反应 48.0h， 以74%的产率得到N⁴-benzoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  DNA sequencing reaction additive

  摘要：

  本发明提供了利用5-氯-2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮在测序反应中的方法、组合物、混合物和试剂盒，特别是在使用由二硫化物基团封端的3′-O位置的脱氧核苷三磷酸的测序反应中。在一种实施例中，脱氧核苷三磷酸包括由亚甲基二硫醚作为可切割保护基团的3′-O位置，并且可检测标签可逆地连接到所述脱氧核苷的核碱基。此外，描述了含硫醇化合物和硫醇化合物的清除剂。这些化合物为未来的测序技术提供了新的可能性，包括但不限于合成测序。

  公开号：

  US10844430B2

文献信息

• NUCLEOTIDE ANALOGUES
  申请人：Intelligent Biosystems, Inc.

  公开号：US20170130051A1

  公开（公告）日：2017-05-11

  The present invention provides methods, compositions, mixtures and kits utilizing deoxynucleoside triphosphates comprising a 3′-O position capped by a group comprising methylenedisulfide as a cleavable protecting group and a detectable label reversibly connected to the nucleobase of said deoxynucleoside. Such compounds provide new possibilities for future sequencing technologies, including but not limited to Sequencing by Synthesis.

  本发明提供了利用包含由甲亚砜二硫醚作为可裂解保护基团的3'-O位置封端的脱氧核苷三磷酸的方法、组合物、混合物和试剂盒，以及可逆地连接到所述脱氧核苷的核碱基的可检测标签。这些化合物为未来的测序技术提供了新的可能性，包括但不限于合成测序。
• [EN] NUCLEOTIDE DERIVATIVES AND METHODS OF USE THEREOF<br/>[FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2017205336A1

  公开（公告）日：2017-11-30

  Disclosed herein, inter alia, are compounds, compositions, and methods of thereof in the sequencing a nucleic acid.

  本公开的内容包括化合物、组合物以及在核酸测序中的方法。
• [EN] ION SENSOR DNA AND RNA SEQUENCING BY SYNTHESIS USING NUCLEOTIDE REVERSIBLE TERMINATORS<br/>[FR] SÉQUENÇAGE D'ADN ET D'ARN PAR SYNTHÈSE BASÉ SUR LA DÉTECTION D'IONS À L'AIDE DE TERMINATEURS NUCLÉOTIDIQUES RÉVERSIBLES
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2017087887A1

  公开（公告）日：2017-05-26

  This disclosure is related to a method for determining the identity of a nucleotide residue of a single-stranded DNA or RNA, or sequencing DNA or RNA, in a solution using an ion-sensing field effect transistor and reversible nucleotide terminators.

  这项披露涉及一种使用离子感应场效应晶体管和可逆核苷酸终止剂在溶液中确定单链DNA或RNA的核苷酸残基身份，或对DNA或RNA进行测序的方法。
• Methods and compositions for incorporating nucleotides
  申请人：Intelligent BioSystems Inc.

  公开号：US09399799B2

  公开（公告）日：2016-07-26

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  该发明提供了一种确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。该发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成方法测序。这些现象包括但不限于序列领先、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而导致的噪声。
• MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYNTHESIS
  申请人：MOLECULAR ASSEMBLIES, INC.

  公开号：US20160108382A1

  公开（公告）日：2016-04-21

  The invention includes methods for identifying polymerases, such as modified terminal nucleotidyl transferases (TdT), that are capable of binding nucleotides comprising removable 3′-O-blocking moieties to a nucleic acid initiator, without the use of a template. The invention further includes the identified polymerases, and methods of using the polymerases for de novo synthesis of predetermined oligonucleotide sequences.

  本发明包括识别聚合酶的方法，例如修饰的末端核苷酸转移酶（TdT），其能够在没有模板的情况下结合包含可移除3'-O阻断基团的核苷酸到核酸启动子上。本发明还包括识别到的聚合酶，以及使用聚合酶进行预定寡核苷酸序列的新生合成的方法。