Merging Allosteric and Active Site Binding Motifs: De novo Generation of Target Selectivity and Potency via Natural-Product-Derived Fragments
作者:Jan Lanz、Rainer Riedl
DOI:10.1002/cmdc.201402478
日期:2015.3
approach delivered, in synergy with the combination of allosteric and active site binding motifs, highly selective and ligand‐efficient non‐zinc‐binding (3: 4‐[5‐(2‐[(3‐methoxyphenyl)methyl]carbamoyl}eth‐1‐yn‐1‐yl)‐2,4‐dioxo‐1,2,3,4‐tetrahydropyrimidin‐1‐yl]methyl}benzoic acid) as well as zinc‐binding (4: 4‐(5‐[2‐([3‐(3‐carboxypropoxy)phenyl]methyl}carbamoyl)eth‐1‐yn‐1‐yl]‐2,4‐dioxo‐1,2,3,4‐tetrahyd
从头开始设计具有自定义生物学活性的分子的从头设计仍然是化学生物学和药物发现中的主要智力挑战。本文中,我们验证了天然产物衍生的片段(NPDF)是优秀的分子种子,可以有针对性地从头发现用于调节治疗性相关蛋白质的先导结构。这种从头方法的应用结合了变构位点和活性位点结合基序,高选择性和配体有效的非锌结合(3:4-[5-(2-[(3-甲氧基苯基)甲基]氨基甲酰基} eth-1-yn-1-基)-2,4-二氧代1,2,3,4-四氢嘧啶-1-基]甲基}苯甲酸)以及锌结合(4:4-(5- [2-([3-(3-羧基丙氧基)苯基]甲基}氨基甲酰基)eth-1-yn-1-基] -2,4-二氧代-1,2,3,4基于四氢嘧啶-1-基}甲基)苯甲酸的尿嘧啶MMP-13抑制剂的IC 50值为11 n M(3:LE = 0.35)和6 n M(4:LE = 0.31)。