2-oxooctanoate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 酮酸及其衍生物
• 英文名称: 2-oxooctanoate
• 化学式: C₈H₁₃O₃
• 分子量: 157.189
• InChiKey: GPPUPQFYDYLTIY-UHFFFAOYSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.8
• 重原子数：
  11
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  57.2
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-oxooctanoate 在 1,6-di-o-phosphonohex-2-ulofuranose 、 piperazine*HCl buffer 、 还原型辅酶Ⅰ 作用下， 生成 2-羟基辛酸
  参考文献：
  名称：

  Gln102Arg和Cys97Gly突变对嗜热脂肪芽孢杆菌L-乳酸脱氢酶结构特异性和立体特异性的影响

  摘要：

  嗜热脂肪芽孢杆菌 (BSLDH) 的 L-乳酸脱氢酶是一种热稳定酶，在不对称合成中具有相当大的应用潜力。因此，了解控制其结构特异性和立体特异性的因素是很有意义的。本文评估了 GIn 102→Arg 和 Cys97→Gly 突变的影响。在对 13 种 2-酮酸的调查中，发现 Q102R 突变降低了 BSLDH 还原具有小或亲水 R 基团的 RCOCOOH 底物的活性，而不影响其对具有较大疏水性 R 取代基的那些的活性

  DOI：

  10.1021/ja00038a016
• 作为产物：
  描述：

  2-Hydroxyoctanoate 、 氧气 生成 2-oxooctanoate 、 双氧水
  参考文献：
  名称：

  鉴定和表征HAOX1，HAOX2和HAOX3这三种人过氧化物酶体2-羟基酸氧化酶。

  摘要：

  基于计算机的方法确定了三种不同的人类2-羟酸氧化酶基因HAOX1，HAOX2和HAOX3，它们编码的蛋白质与植物乙醇酸氧化酶（一种典型的2-羟酸氧化酶）具有明显的序列相似性。这些基因的产物靶向过氧化物酶体，并具有2-羟酸氧化酶活性。每个基因显示出不同的组织特异性表达模式，每种酶显示出不同的底物偏好。HAOX1主要在肝脏和胰腺中表达，并且在二碳底物乙醇酸盐上最有活性，但对2-羟基脂肪酸也有活性。HAOX2主要在肝和肾中表达，并且对2-羟基棕榈酸酯显示出最高活性。仅在胰腺中检测到HAOX3表达，该酶表现出对中链底物2-羟基辛酸酯的偏爱。这些结果表明，所有三种人类2-羟基酸氧化酶均参与2-羟基脂肪酸的氧化，并且也可能有助于脂肪酸α-氧化的一般途径。原发性高草酸尿症1型（PH1）是由过氧化物酶体丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶（通常消除过氧化物酶体内乙醛酸的酶）缺陷引起的。肝和肾脏过氧化物酶体中HAOX1

  DOI：

  10.1074/jbc.275.17.12590

文献信息

• DESIGNER CALVIN-CYCLE-CHANNELED PRODUCTION OF BUTANOL AND RELATED HIGHER ALCOHOLS
  申请人：Lee James Weifu

  公开号：US20110177571A1

  公开（公告）日：2011-07-21

  Designer Calvin-cycle-channeled and photosynthetic NADPH-enhanced pathways, the associated designer genes and designer transgenic photosynthetic organisms for photobiological production of butanol and related higher alcohols from carbon dioxide and water are provided. The butanol and related higher alcohols include 1-butanol, 2-methyl-1-butanol, isobutanol, 3-methyl-1-butanol, 1-hexanol, 1-octanol, 1-pentanol, 1-heptanol, 3-methyl-1-pentanol, 4-methyl-1-hexanol, 5-methyl-1-heptanol, 4-methyl-1-pentanol, 5-methyl-1-hexanol, and 6-methyl-1-heptanol. The designer photosynthetic organisms such as designer transgenic oxyphotobacteria and algae comprise designer Calvin-cycle-channeled and photosynthetic NADPH-enhanced pathway gene(s) and biosafety-guarding technology for enhanced photobiological production of butanol and related higher alcohols from carbon dioxide and water.

  本发明提供了设计师卡尔文循环通道和光合作用NADPH增强途径、相关设计师基因和转基因光合生产丁醇和相关高级醇的生物体，这些生物体利用二氧化碳和水进行光生物生产。所述丁醇和相关高级醇包括1-丁醇、2-甲基-1-丁醇、异丁醇、3-甲基-1-丁醇、1-己醇、1-辛醇、1-戊醇、1-庚醇、3-甲基-1-戊醇、4-甲基-1-己醇、5-甲基-1-庚醇、4-甲基-1-戊醇、5-甲基-1-己醇和6-甲基-1-庚醇。设计师光合生产丁醇和相关高级醇的生物体，例如设计师转基因氧光合细菌和藻类，包括设计师卡尔文循环通道和光合作用NADPH增强途径基因和生物安全防护技术，以增强从二氧化碳和水中光生物生产丁醇和相关高级醇的产量。
• Designer Calvin-Cycle-Channeled and Hydrogenotrophic Production of Butanol and Related Higher Alcohols
  申请人：Lee James Weifu

  公开号：US20130344553A1

  公开（公告）日：2013-12-26

  Designer Calvin-cycle-channeled and hydrogenotrophic biofuel-production pathways, the associated designer genes and designer transgenic organisms for autotrophic production of butanol and related higher alcohols from carbon dioxide, hydrogen, and/or water are provided. The butanol and related higher alcohols include 1-butanol, 2-methyl-1-butanol, isobutanol, 3-methyl-1-butanol, 1-hexanol, 1-octanol, 1-pentanol, 1-heptanol, 3-methyl-1-pentanol, 4-methyl-1-hexanol, 5-methyl-1-heptanol, 4-methyl-1-pentanol, 5-methyl-1-hexanol, and 6-methyl-1-heptanol. The designer autotrophic organisms such as designer transgenic oxyphotobacteria and algae comprise designer Calvin-cycle-channeled and hydrogenotrophic pathway gene(s) and biosafety-guarding technology for enhanced autotrophic production of butanol and related higher alcohols from carbon dioxide and water.

  本发明提供了设计师Calvin循环通道和氢营养生物燃料生产途径，以及相关的设计师基因和设计师转基因生物，用于从二氧化碳、氢和/或水的自养生产丁醇和相关的高级醇。丁醇和相关的高级醇包括1-丁醇、2-甲基-1-丁醇、异丁醇、3-甲基-1-丁醇、1-己醇、1-辛醇、1-戊醇、1-庚醇、3-甲基-1-戊醇、4-甲基-1-己醇、5-甲基-1-庚醇、4-甲基-1-戊醇、5-甲基-1-己醇和6-甲基-1-庚醇。设计师自养生物，例如设计师转基因光合细菌和藻类，包括设计师Calvin循环通道和氢营养途径基因和生物安全保护技术，以增强从二氧化碳和水中自养生产丁醇和相关高级醇的能力。
• Designer calvin-cycle-channeled production of butanol and related higher alcohols
  申请人：Lee James Weifu

  公开号：US08986963B2

  公开（公告）日：2015-03-24

  Designer Calvin-cycle-channeled and photosynthetic NADPH-enhanced pathways, the associated designer genes and designer transgenic photosynthetic organisms for photobiological production of butanol and related higher alcohols from carbon dioxide and water are provided. The butanol and related higher alcohols include 1-butanol, 2-methyl-1-butanol, isobutanol, 3-methyl-1-butanol, 1-hexanol, 1-octanol, 1-pentanol, 1-heptanol, 3-methyl-1-pentanol, 4-methyl-1-hexanol, 5-methyl-1-heptanol, 4-methyl-1-pentanol, 5-methyl-1-hexanol, and 6-methyl-1-heptanol. The designer photosynthetic organisms such as designer transgenic oxyphotobacteria and algae comprise designer Calvin-cycle-channeled and photosynthetic NADPH-enhanced pathway gene(s) and biosafety-guarding technology for enhanced photobiological production of butanol and related higher alcohols from carbon dioxide and water.

  提供了设计师Calvin循环通道和光合作用NADPH增强途径，相关的设计师基因和设计师转基因光合作用生物，用于从二氧化碳和水进行光生物制备丁醇和相关高级醇。丁醇和相关高级醇包括1-丁醇、2-甲基-1-丁醇、异丁醇、3-甲基-1-丁醇、1-己醇、1-辛醇、1-戊醇、1-庚醇、3-甲基-1-戊醇、4-甲基-1-己醇、5-甲基-1-庚醇、4-甲基-1-戊醇、5-甲基-1-己醇和6-甲基-1-庚醇。设计师光合作用生物，如设计师转基因氧光合细菌和藻类，包括设计师Calvin循环通道和光合作用NADPH增强途径基因和生物安全保护技术，以增强从二氧化碳和水进行光生物制备丁醇和相关高级醇的产量。
• Designer Photoautotrophic and Hydrogenotrophic Production of Alcohols and Biodiesel
  申请人：Lee James Weifu

  公开号：US20150353961A1

  公开（公告）日：2015-12-10

  Designer Calvin-cycle-channeled and hydrogenotrophic biofuel-production pathways, the associated designer genes and designer transgenic organisms for autotrophic production of alcohols and biodiesel from carbon dioxide, hydrogen, and/or water are disclosed. The alcohols include methanol, ethanol, propanol, 1-butanol, 2-methyl-1-butanol, isobutanol, 3-methyl-1-butanol, 1-hexanol, 1-octanol, 1-pentanol, 1-heptanol, 3-methyl-1-pentanol, 4-methyl-1-hexanol, 5-methyl-1-heptanol, 4-methyl-1-pentanol, 5-methyl-1-hexanol, and 6-methyl-1-heptanol. The designer autotrophic organisms such as designer transgenic oxyphotobacteria and algae comprise designer Calvin-cycle-channeled and hydrogenotrophic pathway gene(s) and biosafety-guarding technology for enhanced autotrophic production of alcohols and biodiesel from carbon dioxide and water; wherein the designer transgenic cells in their mass liquid culture can inducibly self-flocculate for enhanced harvesting of their biomass upon the expression of the designer cell surface-linked positively charged polypeptides.

  公开了设计师卡尔文循环通道和氢营养生物燃料生产途径，相关的设计师基因和设计师转基因生物，用于自养生产醇类和生物柴油，从二氧化碳、氢和/或水中获取。醇类包括甲醇、乙醇、丙醇、1-丁醇、2-甲基-1-丁醇、异丁醇、3-甲基-1-丁醇、1-己醇、1-辛醇、1-戊醇、1-庚醇、3-甲基-1-戊醇、4-甲基-1-己醇、5-甲基-1-庚醇、4-甲基-1-戊醇、5-甲基-1-己醇和6-甲基-1-庚醇。设计师自养生物如设计师转基因氧合光合细菌和藻类包括设计师卡尔文循环通道和氢营养途径基因和生物安全保护技术，以增强从二氧化碳和水中自养生产醇类和生物柴油的能力。其中，设计师转基因细胞在其质量液体培养中可诱导自我絮凝，以增强表达设计师细胞表面连接的带正电的多肽后，收获其生物量。
• Experimental and computational investigation of enzyme functional annotations uncovers misannotation in the EC 1.1.3.15 enzyme class
  作者：Elzbieta Rembeza、Martin K. M. Engqvist

  DOI：10.1371/journal.pcbi.1009446

  日期：——

  Only a small fraction of genes deposited to databases have been experimentally characterised. The majority of proteins have their function assigned automatically, which can result in erroneous annotations. The reliability of current annotations in public databases is largely unknown; experimental attempts to validate the accuracy within individual enzyme classes are lacking. In this study we performed

  只有一小部分存入数据库的基因已通过实验表征。大多数蛋白质的功能是自动分配的，这可能会导致错误的注释。公共数据库中当前注释的可靠性在很大程度上是未知的；缺乏验证单个酶类内准确性的实验尝试。在这项研究中，我们对 BRENDA 酶数据库的功能注释进行了概述。我们首先应用高通量实验平台来验证 S-2-羟酸氧化酶 (EC 1.1.3.15) 酶类的功能注释。我们选择了该类的 122 个代表性序列，并筛选了它们的预测功能。基于实验结果、预测的域结构和与先前表征的 S-2-羟酸氧化酶的相似性，我们推断酶类中至少有 78% 的序列被错误注释。我们通过实验证实了错误注释序列中的四种替代活动，并表明酶类中的错误注释随着时间的推移而增加。最后，我们对 BRENDA 数据库中所有酶类的注释进行了计算分析，并表明所有序列中有近 18% 被注释为酶类，同时与实验表征的代表没有相似性或域结构。我们表明，即使经过充分研究