为了通过发夹式聚酰胺扩展识别码以包括5'-CWWC-3'类型的DNA序列,使用了两种聚酰胺PyPyPyPy-(R)(
H2N)γ-ImPyPyIm-beta-Dp(1)和PyPyPyPy-(R合成了( )γ-ImPy-β-Im-β-Dp(2),它们在靶向C x G的末端位置共有一个Py / Im对,但在内部存在一个不同的
β-丙氨酸位置残留物。在四个DNA位点确定平衡缔合常数(Ka),所述四个DNA位点在单个共同位置5'-T
NTACA-3'(N = T,A,G,C)不同。定量DNase I足迹滴定实验显示八环发夹PyPyPyPy-(R)( )γ-ImPyPyIm-beta-Dp(1)以相似的亲和力结合四个结合位点,Ka = 1.3-1.9 x 10(10) M(-1)表示不喜欢位置N。相反,重新设计的聚酰胺PyPyPyPy-(R)( )γ-ImPy-β-Im-β-Dp(2),将内部