(2R)-2-[(2R)-2-氨基丙烷酰基]氧基丙酸 | 136577-07-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: (2R)-2-[(2R)-2-氨基丙烷酰基]氧基丙酸
• 中文别名: 硫代硫酸氢S-{2-[(萘-1-基甲基)氨基]乙基}
• 英文名称: D-alanyl-D-lactate
• 英文别名: D-Ala-D-Lac；(2R)-2-{[(2R)-2-ammoniopropanoyl]oxy}propanoate；(2R)-2-[(2R)-2-azaniumylpropanoyl]oxypropanoate
• CAS: 136577-07-6
• 化学式: C₆H₁₁NO₄
• 分子量: 161.158
• InChiKey: QLYOONKPELZQGZ-QWWZWVQMSA-N

物化性质

• 沸点：
  280.1±20.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.238±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.7
• 重原子数：
  11
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  89.6
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2R)-2-[(2R)-2-氨基丙烷酰基]氧基丙酸 、 乙酸酐 在 碳酸氢钠 、 盐酸 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 20.0h， 生成 Ac-D-Ala-D-Lac-OH
  参考文献：
  名称：

  Crystal Structures of Two Vancomycin Complexes with Phosphate andN-Acetyl–D-Ala. Structural Comparison between Low-Affinity and High-Affinity Ligand Complexes of Vancomycin

  摘要：

  我们测定了两种万古霉素与磷酸盐和 N-乙酰-d-Ala（AcDA）的复合物的晶体结构。每个复合物的不对称单元中都有两个晶体学上独立的万古霉素分子（V1 和 V2），它们形成了通常观察到的背靠背排列的万古霉素二聚体 V1-V2，两条双糖链以头顶头的方式排列，但两个配体结合位点中只有一个被占据。对比已发表的万古霉素低亲和力（分子尺寸小）配体复合物与高亲和力（大）配体复合物的晶体结构发现，当高亲和力配体结合时，三个结构因素（两个肽骨之间的氢键相互作用以及二聚体内疏水的糖环和环环（面）-环环（边）相互作用）会增强背靠背二聚体界面的稳定性，而这是据信能促进抗菌活性的一个重要因素。通过研究高亲和力配体复合物（包括 N-乙酰基-d-Ala-d-Ala）还发现，糖与配体的相互作用可能导致二聚体两半的亲和力不同；这也是配体与 AcDA 复合物中的 V1 结合失败的一个原因。本文提出了万古霉素与低亲和力和高亲和力配体形成复合物的可能情况。

  DOI：

  10.1246/bcsj.20090326
• 作为产物：
  描述：

  benzyl N-benzyloxycarbonyl-D-alanyl-D-lactate 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 、 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 (2R)-2-[(2R)-2-氨基丙烷酰基]氧基丙酸
  参考文献：
  名称：

  Crystal Structures of Two Vancomycin Complexes with Phosphate andN-Acetyl–D-Ala. Structural Comparison between Low-Affinity and High-Affinity Ligand Complexes of Vancomycin

  摘要：

  我们测定了两种万古霉素与磷酸盐和 N-乙酰-d-Ala（AcDA）的复合物的晶体结构。每个复合物的不对称单元中都有两个晶体学上独立的万古霉素分子（V1 和 V2），它们形成了通常观察到的背靠背排列的万古霉素二聚体 V1-V2，两条双糖链以头顶头的方式排列，但两个配体结合位点中只有一个被占据。对比已发表的万古霉素低亲和力（分子尺寸小）配体复合物与高亲和力（大）配体复合物的晶体结构发现，当高亲和力配体结合时，三个结构因素（两个肽骨之间的氢键相互作用以及二聚体内疏水的糖环和环环（面）-环环（边）相互作用）会增强背靠背二聚体界面的稳定性，而这是据信能促进抗菌活性的一个重要因素。通过研究高亲和力配体复合物（包括 N-乙酰基-d-Ala-d-Ala）还发现，糖与配体的相互作用可能导致二聚体两半的亲和力不同；这也是配体与 AcDA 复合物中的 V1 结合失败的一个原因。本文提出了万古霉素与低亲和力和高亲和力配体形成复合物的可能情况。

  DOI：

  10.1246/bcsj.20090326

文献信息

• Synthesis of Lipid-Carbohydrate-Peptidyl-RNA Conjugates to Explore the Limits Imposed by the Substrate Specificity of Cell Wall Enzymes on the Acquisition of Drug Resistance
  作者：Matthieu Fonvielle、Ahmed Bouhss、Coralie Hoareau、Delphine Patin、Dominique Mengin-Lecreulx、Laura Iannazzo、Nicolas Sakkas、Affaf El Sagheer、Tom Brown、Mélanie Ethève-Quelquejeu、Michel Arthur

  DOI：10.1002/chem.201802360

  日期：2018.10.9

  by the identification of orthogonal reactions. Here, lipid‐carbohydrate‐peptidyl‐RNA conjugates were obtained by post‐functionalization reactions, solid‐phase synthesis, and enzymatic steps, to generate molecules mimicking the substrates of FmhB, an essential peptidoglycan synthesis enzyme of Staphylococcus aureus. Mimics of Gly‐tRNAGly and lipid intermediate II (undecaprenyl‐diphospho‐disaccharide‐pentapeptide)

  鉴定正交反应限制了RNA与多个配偶体的缀合以获得复杂生物分子的模拟物。在这里，通过功能化后反应，固相合成和酶促步骤获得了脂质碳水化合物肽基RNA缀合物，以生成模拟金黄色葡萄球菌必不可少的肽聚糖合成酶FmhB底物的分子。甘氨酸酰-tRNA的模拟物甘氨酸和脂质中间体II（十一异戊烯二磷酸二糖五肽）合并在一个单一的“双向基板”抑制剂（IC 50 = 56Ñ米）。利用合成途径生成了含有d-乳酸残基的底物和抑制剂（d-Lac）代替五肽茎C-末端的d - Ala ，这是引起肠球菌对万古霉素耐药的修饰。取代削弱了FmhB对肽聚糖前体的识别。相关的适应性花费可能解释了在金黄色葡萄球菌中万古霉素抗性基因的有限传播。
• VanD-type glycopeptide-resistant Enterococcus faecium BM4339
  作者：B Perichon、P Reynolds、P Courvalin

  DOI：10.1128/aac.41.9.2016

  日期：1997.9

  Enterococcus faecium BM4339 was constitutively resistant to vancomycin (MIC, 64 microg/ml) and to low levels of teicoplanin (MIC, 4 microg/ml). A 605-bp product obtained with the V1 and V2 primers for amplification of genes encoding D-Ala:D-Ala ligases and related glycopeptide resistance proteins was sequenced after cloning. The deduced amino acid sequence had 69% identity with VanA and VanB and 43% identity with VanC, consistent with the finding that BM4339 synthesized peptidoglycan precursors terminating in D-lactate. This new type of glycopeptide resistance phenotype was designated VanD.

  粪肠球菌 BM4339 对万古霉素（MIC，64 微克/毫升）和低水平的替考拉宁（MIC，4 微克/毫升）具有组成型耐药性。用 V1 和 V2 引物扩增编码 D-Ala:D-Ala 连接酶和相关糖肽抗性蛋白的基因，获得了 605-bp 的产物，克隆后进行了测序。推导出的氨基酸序列与 VanA 和 VanB 有 69% 的相同性，与 VanC 有 43% 的相同性，这与 BM4339 合成以 D-乳酸为末端的肽聚糖前体的发现一致。这种新型糖肽抗性表型被命名为 VanD。
• Role of Arg301 in substrate orientation and catalysis in subsite 2 of d-alanine:d-alanine (d-lactate) ligase from Leuconostoc mesenteroides: A molecular docking study
  作者：Francis C. Neuhaus

  DOI：10.1016/j.jmgm.2010.01.010

  日期：2010.6

  d-Alanine:d-alanine (d-lactate) ligase (ADP) from Leuconostoc mesenteroides synthesizes the depsipeptide, d-alanyl-d-lactate, in addition to d-alanyl-d-alanine, when d-alanine and d-lactate are incubated simultaneously. The depsipeptide is responsible for the intrinsic resistance of this organism to vancomycin. The orientations of d-lactate and d-alanine in subsite 2 of the ligase that result in both

  d丙氨酸：d丙氨酸（d乳酸盐）连接酶（ADP）从明串珠菌合成的缩酚酸肽，d -alanyl- d乳酸盐，除了d -alanyl- d丙氨酸，当d丙氨酸和d -乳同时孵育。十肽负责该生物体对万古霉素的内在抗性。连接酶亚位点2中的d-乳酸和d-丙氨酸的取向导致亲核试剂的产生和随后对d亲电子中心的攻击子位点1中的-磷酸丙氨酯是未知的。使用AutoDock 4进行的分子对接研究表明，Arg301在确定位点2中受体底物的这些方向时，对于亲核试剂的产生和随后对磷酸盐中间体的攻击都具有重要作用。 对于d-乳酸酯，从Arg301到d-乳酸酯的R-OH的分叉H键可能解释了它的取向和亲核试剂的活化。当该残基的胍基侧链是柔性的时，观察到该取向。d-丙氨酸采用的方向是利用H键与水2882和亚位点1中的d-丙氨酰磷酸结合。这两个方向均提供了去质子化的机理，并将亲核试剂置于d-丙氨酰磷酸中间体的亲电羰基的3.2Å内用于形成过渡态。
• Purification and characterization of the VanB ligase associated with type B vancomycin resistance in<i>Enterococcus faecalis</i>V583
  作者：Djalal Meziane-Cherif、Marie-Ange Badet-Denisot、Stefan Evers、Patrice Courvalin、Bernard Badeta

  DOI：10.1016/0014-5793(94)01096-x

  日期：1994.11.7

  display variable levels of vancomycin resistance but remain susceptible to teicoplanin (VanB phenotype). This paper describes the over‐production, purification and characterization of VanB. Comparison of kinetic parameters of the two Van enzymes suggests that differences in catalytic efficiency could account, at least in part, for the various levels of vancomycin resistance.

  肠球菌对糖肽的获得性抗性与 D-丙氨酸的产生有关：D-丙氨酸连接酶相关蛋白。与高水平万古霉素和替考拉宁耐药性（VanA 表型）相关的 VanA 蛋白合成了一种新的肽聚糖前体 D-丙氨酸-D-乳酸，它降低了糖肽的亲和力。在显示出不同水平的万古霉素抗性但仍对替考拉宁（VanB 表型）敏感的菌株中诱导产生类似的蛋白质 VanB。本文描述了 VanB 的过量生产、纯化和表征。两种 Van 酶动力学参数的比较表明，催化效率的差异可能至少部分解释了不同水平的万古霉素抗性。
• Probe Compound for Detecting and Isolating Enzymes and Means and Methods Using the Same
  申请人：Golyshin Peter N.

  公开号：US20120231972A1

  公开（公告）日：2012-09-13

  The present invention relates to a probe compound that can comprise any substrate or metabolite of an enzymatic reaction in addition to an indicator component, such as, for example, a fluorescence dye, or the like. Moreover, the present invention relates to means for detecting enzymes in form of an array, which comprises any number of probe compounds of the invention which each comprise a different metabolite of interconnected metabolites representing the central pathways in all forms of life. Moreover, the present invention relates to a method for detecting enzymes involving the application of cell extracts or the like to the array of the invention which leads to reproducible enzymatic reactions with the substrates. These specific enzymatic reactions trigger the indicator (e.g. a fluorescence signal) and bind the enzymes to the respective cognate substrates. Moreover, the invention relates to means for isolating enzymes in form of nanoparticles coated with the probe compound of the invention. The immobilisation of the cognate substrates or metabolites on the surface of nanoparticles by means of the probe compounds allows capturing and isolating the respective enzyme, e.g. for subsequent sequencing.