1-(4-羟基-5-甲氧基-2-硝基苯基)环丁烷-1-腈 | 1527503-23-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 中文名称: 1-(4-羟基-5-甲氧基-2-硝基苯基)环丁烷-1-腈
• 英文名称: 1-(4-(hydroxyl)-5-methoxy-2-nitrophenyl)cyclobutanecarbonitrile
• 英文别名: 1-(4-Hydroxy-5-methoxy-2-nitrophenyl)cyclobutanecarbonitrile；1-(4-hydroxy-5-methoxy-2-nitrophenyl)cyclobutane-1-carbonitrile
• CAS: 1527503-23-6
• 化学式: C₁₂H₁₂N₂O₄
• 分子量: 248.238
• InChiKey: BCLXURONCZIUIK-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  484.8±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.38±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.9
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(4-羟基-5-甲氧基-2-硝基苯基)环丁烷-1-腈 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 5'-methoxy-6'-((1-methylpyrrolidin-3-yl)methoxy)spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine
  参考文献：
  名称：

  Discovery and Development of Potent and Selective Inhibitors of Histone Methyltransferase G9a

  摘要：

  G9a is a histone lysine methyltransferase responsible for the methylation of histone H3 lysine 9. The discovery of A-366 arose from a unique diversity screening hit, which was optimized by incorporation of a propyl-pyrrolidine subunit to occupy the enzyme lysine channel. A-366 is a potent inhibitor of G9a (IC50: 3.3 nM) with greater than 1000-fold selectivity over 21 other methyltransferases.

  DOI：

  10.1021/ml400496h
• 作为产物：
  描述：

  1-(苄氧基)-4-溴-2-甲氧基苯 在 aluminum (III) chloride 、 正丁基锂 、 硝酸 、 四氯化锡 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 乙酸酐 为溶剂， 反应 3.5h， 生成 1-(4-羟基-5-甲氧基-2-硝基苯基)环丁烷-1-腈
  参考文献：
  名称：

  Structure-Based Design, Docking and Binding Free Energy Calculations of A366 Derivatives as Spindlin1 Inhibitors

  摘要：

  染色质阅读蛋白Spindlin1在表观遗传调控中扮演重要角色，已与多种恶性肿瘤相关。在当前工作中，我们报道了先前发表的主要抑制剂A366的新类似物的开发。为了提高活性并探索结构-活性关系（SAR），合成了一系列21个衍生物，在体内进行了测试，并通过分子建模工具进行了研究。进行了对接研究和分子动力学（MD）模拟，以分析和理解负责Spindlin1活性的结构差异。MD模拟的分析揭示了重要的相互作用。我们的研究突出显示了用于Spindlin1抑制活性所需的主要结构特征，其中包括嵌入芳香笼中的带正电的吡咯烷基，通过丙氧基连接到2-氨基吲哚核心。在后者中，酰胺基固定化合物到通过与Asp184的盐桥相互作用的口袋中。测试了不同的协议以识别一种快速的计算机辅助方法，可以帮助区分A366系列中的活性和非活性化合物。使用MM-GBSA计算重新评分对接姿势在这方面取得了成功。由于A366被认为是G9a的抑制剂，因此还测试了最活跃的开发的Spindlin1抑制剂对G9a和GLP的选择性配置文件进行验证A366类似物。这导致了多种选择性化合物的发现，其中1s和1t显示出纳摩尔级别的Spindlin1活性，并且对G9a和GLP具有选择性。最后，基于我们的发现提出了未来的设计假设。

  DOI：

  10.3390/ijms22115910

文献信息

• INHIBITORS OF HISTONE METHYLTRANSFERASE G9a
  申请人：AbbVie Inc.

  公开号：US20150274660A1

  公开（公告）日：2015-10-01

  Described herein are compounds, pharmaceutical compositions and methods for treating cancer, inflammation, or autoimmune disease in a subject, or for inhibiting histone methyltransferase G9a.

  本文介绍了一种用于治疗癌症、炎症或自身免疫疾病，或用于抑制组蛋白甲基转移酶G9a的化合物、药物组合物和方法。
• Inhibitors of histone methyltransferase G9a
  申请人：AbbVie Inc.

  公开号：US09284272B2

  公开（公告）日：2016-03-15

  Described herein are compounds, pharmaceutical compositions and methods for treating cancer, inflammation, or autoimmune disease in a subject, or for inhibiting histone methyltransferase G9a.

  本文描述了一种化合物、药物组合物和治疗癌症、炎症或自身免疫性疾病的方法，或抑制组蛋白甲基转移酶G9a的方法。
• Discovery of DS79932728: A Potent, Orally Available G9a/GLP Inhibitor for Treating β-Thalassemia and Sickle Cell Disease
  作者：Katsushi Katayama、Ken Ishii、Hideki Terashima、Eisuke Tsuda、Makoto Suzuki、Keiichi Yotsumoto、Kumiko Hiramoto、Isao Yasumatsu、Munefumi Torihata、Takashi Ishiyama、Tsuyoshi Muto、Takahiro Katagiri

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.0c00572

  日期：2021.1.14
• US9284272B2
  申请人：——

  公开号：US9284272B2

  公开（公告）日：2016-03-15
• Structure-Based Design, Docking and Binding Free Energy Calculations of A366 Derivatives as Spindlin1 Inhibitors
  作者：Chiara Luise、Dina Robaa、Pierre Regenass、David Maurer、Dmytro Ostrovskyi、Ludwig Seifert、Johannes Bacher、Teresa Burgahn、Tobias Wagner、Johannes Seitz、Holger Greschik、Kwang-Su Park、Yan Xiong、Jian Jin、Roland Schüle、Bernhard Breit、Manfred Jung、Wolfgang Sippl

  DOI：10.3390/ijms22115910

  日期：——

  The chromatin reader protein Spindlin1 plays an important role in epigenetic regulation, through which it has been linked to several types of malignant tumors. In the current work, we report on the development of novel analogs of the previously published lead inhibitor A366. In an effort to improve the activity and explore the structure–activity relationship (SAR), a series of 21 derivatives was synthesized, tested in vitro, and investigated by means of molecular modeling tools. Docking studies and molecular dynamics (MD) simulations were performed to analyze and rationalize the structural differences responsible for the Spindlin1 activity. The analysis of MD simulations shed light on the important interactions. Our study highlighted the main structural features that are required for Spindlin1 inhibitory activity, which include a positively charged pyrrolidine moiety embedded into the aromatic cage connected via a propyloxy linker to the 2-aminoindole core. Of the latter, the amidine group anchor the compounds into the pocket through salt bridge interactions with Asp184. Different protocols were tested to identify a fast in silico method that could help to discriminate between active and inactive compounds within the A366 series. Rescoring the docking poses with MM-GBSA calculations was successful in this regard. Because A366 is known to be a G9a inhibitor, the most active developed Spindlin1 inhibitors were also tested over G9a and GLP to verify the selectivity profile of the A366 analogs. This resulted in the discovery of diverse selective compounds, among which 1s and 1t showed Spindlin1 activity in the nanomolar range and selectivity over G9a and GLP. Finally, future design hypotheses were suggested based on our findings.

  染色质阅读蛋白Spindlin1在表观遗传调控中扮演重要角色，已与多种恶性肿瘤相关。在当前工作中，我们报道了先前发表的主要抑制剂A366的新类似物的开发。为了提高活性并探索结构-活性关系（SAR），合成了一系列21个衍生物，在体内进行了测试，并通过分子建模工具进行了研究。进行了对接研究和分子动力学（MD）模拟，以分析和理解负责Spindlin1活性的结构差异。MD模拟的分析揭示了重要的相互作用。我们的研究突出显示了用于Spindlin1抑制活性所需的主要结构特征，其中包括嵌入芳香笼中的带正电的吡咯烷基，通过丙氧基连接到2-氨基吲哚核心。在后者中，酰胺基固定化合物到通过与Asp184的盐桥相互作用的口袋中。测试了不同的协议以识别一种快速的计算机辅助方法，可以帮助区分A366系列中的活性和非活性化合物。使用MM-GBSA计算重新评分对接姿势在这方面取得了成功。由于A366被认为是G9a的抑制剂，因此还测试了最活跃的开发的Spindlin1抑制剂对G9a和GLP的选择性配置文件进行验证A366类似物。这导致了多种选择性化合物的发现，其中1s和1t显示出纳摩尔级别的Spindlin1活性，并且对G9a和GLP具有选择性。最后，基于我们的发现提出了未来的设计假设。