N-benzoyl-3'-O-levulinoyl-2'-deoxy-β-D-cytidine | 91592-66-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N-benzoyl-3'-O-levulinoyl-2'-deoxy-β-D-cytidine
• 英文别名: N⁴-benzoyl-3'-O-levulinyl-2'-deoxycytidine；4-N-Benzoyl-2'-deoxy-3'-O-levulinoylcytidine；5'-OH-dC^Bz-3'-O-Lev；HOC^bzOR³；3'-O-Levulinoyl-N-benzoyl-2'-deoxycytidine；[(2R,3S,5R)-5-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] 4-oxopentanoate
• CAS: 91592-66-4
• 化学式: C₂₁H₂₃N₃O₇
• 分子量: 429.43
• InChiKey: IPNXDJIALHBJKB-LZLYRXPVSA-N

物化性质

• 熔点：
  189-191 °C
• 密度：
  1.41±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  135
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-benzoyl-3'-O-levulinoyl-2'-deoxy-β-D-cytidine 在 吡啶 、 盐酸 、 ammonium hydroxide 、 Amberlite IR-120 (plus) 、 Na⁺ form 、 双(2-氯苯基)磷酰氯 、 四甲基胍 、 2-硝基苯甲醛肟 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 42.5h， 生成 2'-deoxyadenylyl-(3'->5')-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  A New Approach to Oligonucleotide Synthesis in Solution

  摘要：

  A new approach, based on the use of 3'-H-phosphonate building blocks, is described for the synthesis of oligonucleotides and their phosphorothioate analogues in solution.

  DOI：

  10.1080/07328319808004743
• 作为产物：
  描述：

  N4-苯甲酰基-5′-O-(4,4′-二甲氧基三苯基)-2′-脱氧胞苷 在 4-二甲氨基吡啶 、 溶剂黄146 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 N-benzoyl-3'-O-levulinoyl-2'-deoxy-β-D-cytidine
  参考文献：
  名称：

  2,2,5,5-Tetramethylpyrrolidin-3-one-1-sulfinyl 基团用于 DNA 寡核苷酸固相制备中脱氧核糖核苷亚磷酰胺的 5'-羟基保护

  摘要：

  已经研究了几种氮硫试剂作为脱氧核糖核苷亚磷酰胺的潜在 5'-羟基保护基团，以改善玻璃微阵列上寡核苷酸的合成。在迄今为止研究的氮硫基保护基团中，2,2,5,5-四甲基吡咯烷-3-one-1-亚磺酰基由于其温和性而表现出近乎最佳的 5'-羟基保护性质。脱保护条件。具体而言，在控制孔玻璃上合成 5'-d(ATCCGTAGCCAAGGTCATGT) 时，末端 5'-亚磺酰胺基团的迭代裂解是通过在酸性盐的存在下用碘处理来有效完成的。寡核苷酸水解为其 2' -脱氧核糖核苷暴露于蛇毒磷酸二酯酶和细菌碱性磷酸酶后未显示任何核碱基加合物或其他修饰的形成。这些发现表明，用于亚磷酰胺 5'-羟基保护的 2,2,5,5-四甲基吡咯烷-3-one-1-亚磺酰基，如 10a-d，可能导致寡核苷酸微阵列的产生，其表现出增强的特异性和检测核酸靶标的灵敏度。

  DOI：

  10.1021/ja048377i

文献信息

• CAL-B-Catalyzed Acylation of Nucleosides and Role of the Sugar Conformation: An Improved Understanding of the Enzyme-Substrate Recognition
  作者：Saúl Martínez-Montero、Susana Fernández、Yogesh S. Sanghvi、Vicente Gotor、Miguel Ferrero

  DOI：10.1002/ejoc.201200609

  日期：2012.10

  that the sugar ring conformation of nucleosides plays a critical role during Candida antarctica lipase B (CAL-B) catalyzed acylation. Specifically, the North (N), but not the South (S) nucleoside sugar ring conformation is preferred for efficient binding at the catalytic site. In this study, we used nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy experiments to establish the sugar ring conformation of nucleosides

  我们证明核苷的糖环构象在南极念珠菌脂肪酶 B (CAL-B) 催化酰化过程中起着关键作用。具体而言，北 (N) 而非南 (S) 核苷糖环构象对于在催化位点的有效结合是优选的。在这项研究中，我们使用核磁共振 (NMR) 光谱实验来建立核苷的糖环构象，并进行分子建模研究以支持观察结果。与具有 S 构象的 2'-脱氧核苷相比，具有 N-构象的核糖和 2'-取代的 (OMe, F) 核苷经历快速而容易的酰化。这项研究提高了我们对糖构象在使用 CAL-B 进行生物转化过程中酶-底物识别中所起关键作用的理解。
• Synthesis of DNA fragments by the hydroxybenzotriazole phosphotriester approach
  作者：J.E. Marugg、M. Tromp、P. Jhurani、C.F. Hoyng、G.A. Van Der Marel、J.H. Van Boom

  DOI：10.1016/0040-4020(84)85104-2

  日期：1984.1

  The application of the phosphorylating agent 2-chlorophenyl-o,o-bis-[1-benzotriazolyl]-phosphate (HOBT-approach) for the introduction of 3'-5'-phosphotriester linkages between a properly 5'-protected (4,4'-dimethoxytrityl) deoxy-nucleoside and a deoxy-nucleoside having free OH groups is described. In this way, all sixteen partially-protected DNA dimers having a free 3'-OH group have been synthesized

  磷酰化剂2-氯苯基-邻的应用，邻-双- [1-苯并三唑基]磷酸（HOBT -approach），用于引入一个适当的5'-保护的3'之间-5'-磷酸三酯键（4，描述了4'-二甲氧基三苯甲基）脱氧核苷和具有游离OH基的脱氧核苷。以此方式，已经合成了具有自由的3'- OH基团的所有十六个部分保护的DNA二聚体。如此获得的二聚体已经使用HOBT方法应用于DNA片段d- CGCGCG，d- CGTACG和d- ATTAATAATAAC的合成。
• Efficient and flexible access to fully protected trinucleotides suitable for DNA synthesis by automated phosphoramidite chemistry
  作者：Andrea Zehl、Antje Starke、Dieter Cech、Thomas Hartsch、Rainer Merkl、Hans-Joachim Fritz

  DOI：10.1039/cc9960002677

  日期：——

  An efficient synthetic approach to protected trinuclotide phosphoramidites suitable for codon-by-codon synthesis of structural gene combinatorial libraries is described; the procedure rests on the use of pair of orthogonal protecting groups for the two oligomer termini and offers flexibility in the choice of chain elongation direction going from dimer to trimer.

  本文介绍了一种高效的三核苷酸磷酰胺保护合成方法，适用于逐个密码子合成结构基因组合文库；该方法的基础是在两个寡聚体末端使用一对正交的保护基团，并可灵活选择从二聚体到三聚体的链延伸方向。
• Solution-Phase Synthesis of Phosphorothioate Oligonucleotides Using a Solid-Supported Acyl Chloride withH-Phosphonate Chemistry
  作者：Ilaria Adamo、Cécile Dueymes、Andreas Schönberger、Aude-Emmanuelle Navarro、Albert Meyer、Meinolf Lange、Jean-Louis Imbach、Fritz Link、François Morvan、Jean-Jacques Vasseur

  DOI：10.1002/ejoc.200500547

  日期：2006.1

  The synthesis of oligonucleotides from dimers to a hexamer by a H-phosphonate approach in solution using solid-supported acyl chloride is reported herein. This strategy avoids the use of chromatography. The work-ups have been simplified and involve filtration, aqueous extraction and precipitation. The synthesis was scaled up to 1 mmol for the dimers and 340 μmol for the hexamer. (© Wiley-VCH Verlag

  本文报道了使用固体负载的酰氯在溶液中通过 H-膦酸酯方法将寡核苷酸从二聚体合成为六聚体。该策略避免使用色谱法。后处理已被简化，包括过滤、水萃取和沉淀。二聚体的合成放大到 1 mmol，六聚体的合成放大到 340 μmol。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2006)
• PEPTIDE-COMPOUND CYCLIZATION METHOD
  申请人：Chugai Seiyaku Kabushiki Kaisha

  公开号：US20150080549A1

  公开（公告）日：2015-03-19

  An object of the present invention is to provide methods of discovering drugs effective for tough targets, which have conventionally been discovered only with difficulty. The present invention relates to novel methods for cyclizing peptide compounds, and novel peptide compounds and libraries comprising the same, to achieve the above object.

  本发明的目的是提供一种发现对于难以处理的靶点有效的药物的方法，这些药物通常很难被发现。本发明涉及新型的环化肽化合物的方法，以及包含这些化合物的新型肽库，以实现上述目的。