N-[ethylamino(NHFmoc)-C^γ(S)(NHBoc)aminobutyl] benzylglycinate | 1007393-35-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: N-[ethylamino(NHFmoc)-C^γ(S)(NHBoc)aminobutyl] benzylglycinate
• 英文别名: benzyl 2-[[(2S)-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-6-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]hexyl]amino]acetate
• CAS: 1007393-35-2
• 化学式: C₃₅H₄₃N₃O₆
• 分子量: 601.743
• InChiKey: GOZFOQCXWOEGJF-SANMLTNESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.9
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  115
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[ethylamino(NHFmoc)-C^γ(S)(NHBoc)aminobutyl] benzylglycinate 在 5%-palladium/activated carbon 、 氢气 、 3-羟基-1,2,3-苯并三嗪-4(3H)-酮 、 N,N'-二异丙基碳二亚胺 作用下， 以 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N-[(2S)-6-amino-1-[4-aminobutanoyl-(2-amino-2-oxoethyl)amino]hexan-2-yl]dodecanamide
  参考文献：
  名称：

  脂-γ-AA肽作为一类新型的强效和广谱抗菌剂

  摘要：

  对开发抗菌肽（AMPs）作为下一代抗生素的需求日益增长，因为它们具有规避新兴的对常规抗生素治疗的耐药性的潜力。非天然抗菌肽模拟物是一个理想的例子，因为它们具有显着的效力和体内稳定性。在这里，我们首次报道了脂化的γ-AA肽作为抗菌剂的设计。这些脂质-γ-AA肽对真菌和一系列革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌（包括对大多数抗生素具有抗药性的临床相关病原体）显示出有效的广谱活性。我们使用膜去极化和荧光显微镜分析了它们的结构-功能关系和抗菌机制。引入不饱和脂质链显着降低了溶血活性，从而提高了选择性。此外，代表性的lipo-γ-AA肽不会在小鼠体内诱导耐药性金黄色葡萄球菌，即使经过17轮传代。这些结果表明，脂质-γ-AA肽具有类似于AMP的杀菌机制，并且具有作为新型新型抗生素治疗剂的强大潜力。

  DOI：

  10.1021/jm300274p
• 作为产物：
  描述：

  N-alpha-芴甲氧羰基-N-epsilon-叔丁氧羰基-L-赖氨酸 在 lithium aluminium tetrahydride 、 sodium cyanoborohydride 、 1-羟基苯并三唑 、 溶剂黄146 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.42h， 生成 N-[ethylamino(NHFmoc)-C^γ(S)(NHBoc)aminobutyl] benzylglycinate
  参考文献：
  名称：

  具有增强稳定性和延长体内活性的胰高血糖素 α/磺基-γ-A肽混合类似物

  摘要：

  多肽药物具有靶点特异性、成药性好等优点，已成为生物医学领域新药研究日益重要的热点之一。然而，肽药物普遍生物利用度和代谢稳定性较低，因此，对现有肽药物进行修饰以提高稳定性和保留活性具有重要意义。众所周知，胰高血糖素是治疗严重低血糖的有效疗法，但其半衰期短阻碍了其广泛的治疗用途。在此，我们报道，组合的非天然残基和长脂肪酸缀合提供了有效的胰高血糖素α/磺基-γ-A肽混合类似物，具有增强的稳定性和延长的体内活性。该策略可用于开发其他短效生物活性肽的稳定类似物。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.1c01289

文献信息

• α-Helix-Mimicking Sulfono-γ-AApeptide Inhibitors for p53–MDM2/MDMX Protein–Protein Interactions
  作者：Peng Sang、Yan Shi、Junhao Lu、Lihong Chen、Leixiang Yang、Wade Borcherds、Sami Abdulkadir、Qi Li、Gary Daughdrill、Jiandong Chen、Jianfeng Cai

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.9b00993

  日期：2020.2.13

  for the inhibition of protein-protein interactions (PPIs). Herein, we demonstrate that sulfono-γ-AApeptides can be rationally designed to mimic the p53 α-helix and inhibit p53-MDM2 PPIs. The best inhibitor, with Kd and IC50 values of 26 nM and 0.891 μM toward MDM2, respectively, is among the most potent unnatural peptidomimetic inhibitors disrupting the p53-MDM2/MDMX interaction. Using fluorescence polarization

  拟肽支架的使用是抑制蛋白相互作用的一种有前途的策略。在本文中，我们证明了可以合理设计磺基-γ-AA肽以模仿p53α-螺旋并抑制p53-MDM2 PPI。最好的抑制剂对MDM2的Kd和IC50值分别为26 nM和0.891μM，是破坏p53-MDM2 / MDMX相互作用的最有效的非天然拟肽抑制剂之一。使用荧光偏振分析，圆二色性，核磁共振波谱和计算模拟，我们证明了磺基-γ-AA肽采用类似于p53的螺旋结构，并通过结合到MDM2的疏水缝隙竞争性抑制p53-MDM2相互作用。有趣的是 通过增强p53转录活性并诱导MDM2和p21的表达，吻合的磺酰基-γ-AA肽显示出有希望的细胞活性。此外，磺基-γ-AA肽对蛋白水解表现出显着的抗性，从而增强了它们的生物学潜力。我们的结果表明，磺基-γ-AA肽是一类新型的破坏PPI的非天然螺旋折叠剂。
• Receptor-Specific Delivery of Peptide Nucleic Acids Conjugated to Three Sequentially Linked <i>N</i>-Acetyl Galactosamine Moieties into Hepatocytes
  作者：Pramod Bhingardeve、Bharath Raj Madhanagopal、Hemanth Naick、Prashant Jain、Muthiah Manoharan、Krishna Ganesh

  DOI：10.1021/acs.joc.0c00601

  日期：2020.7.17

  Peptide nucleic acids (PNAs) are DNA analogs that bind with high affinity to DNA and RNA in a sequence-specific manner but have poor cell permeability, limiting use as therapeutic agents. The work described here is motivated by recent reports of efficient gene silencing specifically in hepatocytes by small interfering RNAs conjugated to triantennary N-acetyl galactosamine (GalNAc), the ligand recognized

  肽核酸（PNA）是DNA类似物，它们以序列特异性方式与DNA和RNA高亲和力结合，但细胞通透性差，限制了其作为治疗剂的用途。此处描述的工作是受最近报道的，即通过与三触角N-乙酰半乳糖胺（GalNAc）（脱唾液酸糖蛋白受体（ASGPR）识别的配体）缀合的小干扰RNA在肝细胞中有效进行基因沉默所激发。的PNA缀合到在N末端或者三触角的GalNAc（支化结构），或位于C锚定的单体的GalNAc部分γ的三个连续的PNA单体的ñ - （2-氨基乙基）甘氨酸（AEG在固相上合成支架（顺序结构）。如紫外和圆二色光谱法所示，它们与互补的DNA和RNA形成双链体。GalNAc偶联的PNA的荧光标记类似物被表达ASGPR的HepG2细胞内在化，但缺少该受体的HEK-293细胞却不吸收。如共聚焦显微镜所证实的，相继缀合物比分支缀合物更有效地内化到HepG2细胞中，大约13倍。此处提出的结果突出了GalNAc偶联
• Bilingual Peptide Nucleic Acids: Encoding the Languages of Nucleic Acids and Proteins in a Single Self-Assembling Biopolymer
  作者：Colin S. Swenson、Arventh Velusamy、Hector S. Argueta-Gonzalez、Jennifer M. Heemstra

  DOI：10.1021/jacs.9b09146

  日期：2019.12.4

  synthesis, and stimuli-responsive assembly behavior of a bilingual biopolymer that integrates both amino acid and nucleobase sequences into a single peptide nucleic acid (PNA) scaffold to enable tunable storage and retrieval of tertiary structural behavior and programmable molecular recognition capabilities. Incorporation of a defined sequence of amino acid side-chains along the PNA backbone yields amphiphiles

  核酸和蛋白质是支持地球上所有生命的基本生物聚合物。核酸在核碱基序列中存储大量信息，而肽和蛋白质利用不同的氨基酸官能团来采用复杂的结构并执行广泛的活动。尽管大自然已经进化出读取核酸密码并将其翻译成氨基酸密码的机器，但现存的生物聚合物仅限于单独编码氨基酸或核苷酸序列，限制了它们在医学和生物技术中的潜在应用。在这里，我们描述了设计、合成、双语生物聚合物的刺激响应组装行为，将氨基酸和核碱基序列整合到单个肽核酸 (PNA) 支架中，以实现三级结构行为和可编程分子识别能力的可调存储和检索。沿着 PNA 骨架并入定义的氨基酸侧链序列产生具有“蛋白质代码”的两亲物，其在水性条件下指导自组装成胶束结构。然而，这些两亲物也携带一个“核苷酸密码”，因此随后引入互补 RNA 链会通过杂交诱导组装的序列特异性破坏。一起，这些特性使双语 PNA 成为一种强大的生物聚合物，它结合了两个信息系统来利用结构响应和序列识别。PNA
• GAMMA-AAPEPTIDES WITH POTENT AND BROAD-SPECTRUM ANTIMICROBIAL ACTIVITY
  申请人：Cai Jianfeng

  公开号：US20150274782A1

  公开（公告）日：2015-10-01

  The present invention is directed to a novel class of antimicrobial agents called γ-AApeptides. The current invention provides various categories of γ-AApeptides, for example, linear γ-AApeptides, cyclic γ-AApeptides, and lipidated γ-AApeptides. γ-AApeptides of the current invention are designed to exert antimicrobial activity while being stable and non-toxic. γ-AApeptides also do not appear to lead to the development of microbial resistance in treated microorganisms. Thus, the disclosed γ-AApeptides can be used for the treatment of various medical conditions associated with pathogenic microorganisms.

  本发明涉及一种新型类别的抗微生物药物，称为γ-AA肽。当前发明提供了各种类别的γ-AA肽，例如线性γ-AA肽、环状γ-AA肽和脂质化γ-AA肽。本发明的γ-AA肽被设计为具有抗微生物活性，同时稳定且无毒。γ-AA肽似乎也不会导致被治疗微生物体内微生物产生抗药性。因此，所披露的γ-AA肽可用于治疗与病原微生物相关的各种医疗状况。
• γ-AApeptides bind to RNA by mimicking RNA-binding proteins
  作者：Youhong Niu、Alisha “Jonesy” Jones、Haifan Wu、Gabriele Varani、Jianfeng Cai

  DOI：10.1039/c1ob05738c

  日期：——

  The interactions between proteins and RNAs are of vital importance for many cellular processes, including transcription and processing of RNA, translation, and viral infections. Here we report an γ-AApeptide that can mimic HIV-1 Tat protein and bind to TAR RNAs of HIV and BIV with nanomolar affinity, comparable to that of the RNA-binding fragment of Tat (amino acids 49–58). The interaction is resistant to the presence of a large excess of tRNA. With resistance to proteolytic hydrolysis and limitless potential for diversification, γ-AApeptides may emerge as a new class of peptidomimetics to modulate RNA-protein interactions.

  蛋白质与RNA之间的相互作用对许多细胞过程至关重要，包括RNA的转录和加工、翻译以及病毒感染。我们在这里报道一种γ-AA肽，它能够模拟HIV-1 Tat蛋白，并以纳摩尔亲和力结合HIV和BIV的TAR RNA，这一亲和力与Tat的RNA结合片段（氨基酸49-58）相当。该相互作用能抵抗大量tRNA的存在。由于对蛋白水解的抵抗以及无限的多样化潜力，γ-AA肽可能会成为调节RNA-蛋白相互作用的新型肽模仿物。