(R)-dimethyl 2-(4-formylbenzamido)pentanedioate | 1117886-86-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (R)-dimethyl 2-(4-formylbenzamido)pentanedioate
• 英文别名: dimethyl (2R)-2-[(4-formylbenzoyl)amino]pentanedioate
• CAS: 1117886-86-8
• 化学式: C₁₅H₁₇NO₆
• 分子量: 307.303
• InChiKey: SOMFZFXYJWURBJ-GFCCVEGCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.8
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  98.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-dimethyl 2-(4-formylbenzamido)pentanedioate 在 哌啶 、 溶剂黄146 、 lithium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 15.33h， 生成 (R,Z)-2-(4-((4-oxo-2-thioxothiazolidin-5-ylidene)methyl)benzamido)pentanedioic acid
  参考文献：
  名称：

  新型的靶向细菌的MurD连接酶的2-thioxothothiazolidin-4-one抑制剂靶向d-Glu-和二磷酸结合位点

  摘要：

  Mur连接酶参与细菌肽聚糖生物合成的细胞质步骤，并且是抗菌药物发现的可行靶标。我们已经设计并合成了结合了谷氨酸部分和2-thioxothothiazolidin-4-one，thiazolidine-2,4-dione，2-iminothiazolidin-4-one或imidzolidine-2,4-dione ring的化合物的重点化学文库通过亚苄基连接。设计这些化合物以靶向MurD活性位点的d -Glu-和二磷酸结合袋，并评估其对大肠杆菌中MurD连接酶的抑制作用。最有效的化合物（R）-9和（S）-9抑制IC 50的MurD分别为45μM和10μM。通过高分辨率NMR光谱确定了MurD活性位点中（R）-9的特异性结合模式。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2011.05.070
• 作为产物：
  描述：

  D-谷氨酸二甲酯盐酸盐 、 对醛基苯甲酸 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 (R)-dimethyl 2-(4-formylbenzamido)pentanedioate
  参考文献：
  名称：

  新型的靶向细菌的MurD连接酶的2-thioxothothiazolidin-4-one抑制剂靶向d-Glu-和二磷酸结合位点

  摘要：

  Mur连接酶参与细菌肽聚糖生物合成的细胞质步骤，并且是抗菌药物发现的可行靶标。我们已经设计并合成了结合了谷氨酸部分和2-thioxothothiazolidin-4-one，thiazolidine-2,4-dione，2-iminothiazolidin-4-one或imidzolidine-2,4-dione ring的化合物的重点化学文库通过亚苄基连接。设计这些化合物以靶向MurD活性位点的d -Glu-和二磷酸结合袋，并评估其对大肠杆菌中MurD连接酶的抑制作用。最有效的化合物（R）-9和（S）-9抑制IC 50的MurD分别为45μM和10μM。通过高分辨率NMR光谱确定了MurD活性位点中（R）-9的特异性结合模式。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2011.05.070

文献信息

• Synthesis and biological evaluation of new glutamic acid-based inhibitors of MurD ligase
  作者：Tihomir Tomašić、Nace Zidar、Veronika Rupnik、Andreja Kovač、Didier Blanot、Stanislav Gobec、Danijel Kikelj、Lucija Peterlin Mašič

  DOI：10.1016/j.bmcl.2008.10.129

  日期：2009.1

  Mur ligases catalyze the biosynthesis of the UDP-MurNAc-pentapeptide precursor of peptidoglycan, an essential polymer of bacterial cell-wall. They constitute attractive targets for the development of novel antibacterial agents. Here we report on the synthesis of a series of 2,4-diaminoquinazolines, quinazoline-2,4(1H,3H)-diones, 5-benzylidenerhodanines and 5-benzylidenethiazolidine-2,4-diones and their inhibitory activities against MurD from Escherichia coli. Compounds (R)-27 and (S)-27 showed inhibitory activity against MurD with IC50 values of 174 and 206 mu M, respectively, which makes them promising starting points for optimization. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• Discovery of Novel 5-Benzylidenerhodanine and 5-Benzylidenethiazolidine-2,4-dione Inhibitors of MurD Ligase
  作者：Nace Zidar、Tihomir Tomašić、Roman Šink、Veronika Rupnik、Andreja Kovač、Samo Turk、Delphine Patin、Didier Blanot、Carlos Contreras Martel、Andréa Dessen、Manica Müller Premru、Anamarija Zega、Stanislav Gobec、Lucija Peterlin Mašič、Danijel Kikelj

  DOI：10.1021/jm100285g

  日期：2010.9.23

  We have designed, synthesized, and evaluated 5-benzylidenerhodanine- and 5-benzylidenethiazolidine-2,4-dione-based compounds as inhibitors of bacterial enzyme MurD with E. coli IC(50) in the range 45-206 μM. The high-resolution crystal structure of MurD in complex with (R,Z)-2-(3-[4-([2,4-dioxothiazolidin-5-ylidene]methyl)phenylamino}methyl)benzamido)pentanedioic acid [(R)-32] revealed details of the binding mode of the inhibitor within the active site and provides a good foundation for structure-based design of a novel generation of MurD inhibitors.
• Novel 2-thioxothiazolidin-4-one inhibitors of bacterial MurD ligase targeting d-Glu- and diphosphate-binding sites
  作者：Tihomir Tomašić、Andreja Kovač、Mihael Simčič、Didier Blanot、Simona Golič Grdadolnik、Stanislav Gobec、Danijel Kikelj、Lucija Peterlin Mašič

  DOI：10.1016/j.ejmech.2011.05.070

  日期：2011.9

  Mur ligases are involved in cytoplasmic steps of bacterial peptidoglycan biosynthesis and are viable targets for antibacterial drug discovery. We have designed and synthesized a focused chemical library of compounds combining the glutamic acid moiety and the 2-thioxothiazolidin-4-one, thiazolidine-2,4-dione, 2-iminothiazolidin-4-one or imidazolidine-2,4-dione ring connected by a benzylidene group.

  Mur连接酶参与细菌肽聚糖生物合成的细胞质步骤，并且是抗菌药物发现的可行靶标。我们已经设计并合成了结合了谷氨酸部分和2-thioxothothiazolidin-4-one，thiazolidine-2,4-dione，2-iminothiazolidin-4-one或imidzolidine-2,4-dione ring的化合物的重点化学文库通过亚苄基连接。设计这些化合物以靶向MurD活性位点的d -Glu-和二磷酸结合袋，并评估其对大肠杆菌中MurD连接酶的抑制作用。最有效的化合物（R）-9和（S）-9抑制IC 50的MurD分别为45μM和10μM。通过高分辨率NMR光谱确定了MurD活性位点中（R）-9的特异性结合模式。