N-((2S,3R)-1,3-dihydroxypent-4-en-2-yl)palmitamide | 917604-77-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: N-((2S,3R)-1,3-dihydroxypent-4-en-2-yl)palmitamide
• 英文别名: N-[(2S,3R)-1,3-dihydroxypent-4-en-2-yl]hexadecanamide
• CAS: 917604-77-4
• 化学式: C₂₁H₄₁NO₃
• 分子量: 355.561
• InChiKey: IAJWCKRVACPZQP-VQTJNVASSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.2
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.86
• 拓扑面积：
  69.6
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-((2S,3R)-1,3-dihydroxypent-4-en-2-yl)palmitamide 在 Hoveyda-Grubbs catalyst second generation 、 五氟苯酚 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 41.0h， 生成 N-((2S,3R,E)-1,3-dihydroxy-18-(5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamido)octadec-4-en-2-yl)palmitamide
  参考文献：
  名称：

  A biologically relevant ceramide fluorescent probe to assess the binding of potential ligands to the CERT transfer protein

  摘要：

  神经酰胺向鞘磷脂（SM）的转化直到最近才被认为与癌症有关。CERT 蛋白负责从头合成 SM 途径中一个高度特异的细胞器间神经酰胺转移步骤，它的过表达与癌细胞的多重耐药性有关。因此，鉴定新的 CERT 拮抗剂可能会带来潜在的抗敏药物。这项研究首次尝试设计一种基于陶瓷酰胺的荧光探针，并对其进行了优化，以评估潜在 CERT 配体的结合情况。我们选择了一种具有ω标记鞘磷脂骨架的原型结构。首先通过先导分子建模研究评估了 CERT 可能的识别模式。制备并测试了三种具有不同酰胺链长度的衍生物。结合效率与酰基的亲脂性成正比。含有 C16 氨基酸片段的最佳化合物被用于实际结合实验。这样就确保了对 CERT START 结构域识别各种结构的便捷评估。新陈代谢和成像实验也用来说明拟议的荧光神经酰胺类似物模仿天然神经酰胺细胞行为的能力。通过这项工作，我们合成并评估了一种ω-生物素化神经酰胺的高效 CERT START 结构域配体，它是筛选新型 CERT 拮抗剂的潜在探针。

  DOI：

  10.1039/c3ra42395f
• 作为产物：
  描述：

  tert-butyl ((2S,3R)-1,3-dihydroxypent-4-en-2-yl)carbamate 在 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 N-((2S,3R)-1,3-dihydroxypent-4-en-2-yl)palmitamide
  参考文献：
  名称：

  A biologically relevant ceramide fluorescent probe to assess the binding of potential ligands to the CERT transfer protein

  摘要：

  神经酰胺向鞘磷脂（SM）的转化直到最近才被认为与癌症有关。CERT 蛋白负责从头合成 SM 途径中一个高度特异的细胞器间神经酰胺转移步骤，它的过表达与癌细胞的多重耐药性有关。因此，鉴定新的 CERT 拮抗剂可能会带来潜在的抗敏药物。这项研究首次尝试设计一种基于陶瓷酰胺的荧光探针，并对其进行了优化，以评估潜在 CERT 配体的结合情况。我们选择了一种具有ω标记鞘磷脂骨架的原型结构。首先通过先导分子建模研究评估了 CERT 可能的识别模式。制备并测试了三种具有不同酰胺链长度的衍生物。结合效率与酰基的亲脂性成正比。含有 C16 氨基酸片段的最佳化合物被用于实际结合实验。这样就确保了对 CERT START 结构域识别各种结构的便捷评估。新陈代谢和成像实验也用来说明拟议的荧光神经酰胺类似物模仿天然神经酰胺细胞行为的能力。通过这项工作，我们合成并评估了一种ω-生物素化神经酰胺的高效 CERT START 结构域配体，它是筛选新型 CERT 拮抗剂的潜在探针。

  DOI：

  10.1039/c3ra42395f

文献信息

• Liposomal FRET Assay Identifies Potent Drug‐Like Inhibitors of the Ceramide Transport Protein (CERT)
  作者：Doaa Samaha、Housam H. Hamdo、Xiaojing Cong、Fabian Schumacher、Sebastian Banhart、Öznur Aglar、Heiko M. Möller、Dagmar Heuer、Burkhard Kleuser、Essa M. Saied、Christoph Arenz

  DOI：10.1002/chem.202003283

  日期：2020.12.15

  Ceramide transfer protein (CERT) mediates non‐vesicular transfer of ceramide from endoplasmic reticulum to Golgi apparatus and thus catalyzes the rate‐limiting step of sphingomyelin biosynthesis. Usually, CERT ligands are evaluated in tedious binding assays or non‐homogenous transfer assays using radiolabeled ceramides. Herein, a facile and sensitive assay for CERT, based on Förster resonance energy

  神经酰胺转移蛋白（CERT）介导神经酰胺从内质网到高尔基体的非囊泡转移，从而催化鞘磷脂生物合成的限速步骤。通常，CERT 配体在繁琐的结合测定或使用放射性标记神经酰胺的非均相转移测定中进行评估。本文提出了一种基于福斯特共振能量转移 (FRET) 的简单且灵敏的 CERT 检测方法。为此，我们混合了供体和受体囊泡，每个囊泡含有不同的荧光神经酰胺种类。通过 CERT 介导的荧光神经酰胺转移，建立了 FRET 系统，尽管组件具有高疏水性，但仍可以在 96 孔板格式中进行读数。对 2000 种化合物库的筛选产生了两种新的有效 CERT 抑制剂。一种被批准用于人类，另一种被批准用于动物。通过定量质谱和共聚焦显微镜对细胞活性的评估表明，神经酰胺运输和鞘磷脂生物合成受到抑制。
• Versatile Synthetic Method for Sphingolipids and Functionalized Sphingosine Derivatives via Olefin Cross Metathesis
  作者：Tetsuya Yamamoto、Hiroko Hasegawa、Toshikazu Hakogi、Shigeo Katsumura

  DOI：10.1021/ol062258l

  日期：2006.11.1

  and versatile method for the synthesis of various sphingolipids, such as sphingomyelin, ceramide, sphingosine, sphingosine 1-phosphate, and functionalized sphingosine derivatives, was established by two types of combinations of the olefin cross metathesis reaction. One reaction was between the same olefin part and appropriate amino alcohols, which were prepared starting from N-Boc-L-serine, and the other

  通过烯烃交叉复分解反应的两种组合，建立了一种高效且通用的合成各种鞘脂的方法，如鞘磷脂，神经酰胺，鞘氨醇，1-磷酸鞘氨醇和功能化鞘氨醇衍生物。一个反应是在相同的烯烃部分与合适的氨基醇之间，它们从N-Boc-L-丝氨酸开始制备，另一个反应在合适的烯烃与相同的氨基醇之间。[反应：请参见文字]。
• A biologically relevant ceramide fluorescent probe to assess the binding of potential ligands to the CERT transfer protein
  作者：Stéphanie Combemale、Cécile Santos、Frédéric Rodriguez、Virginie Garcia、Chantal Galaup、Céline Frongia、Valérie Lobjois、Thierry Levade、Cécile Baudoin-Dehoux、Stéphanie Ballereau、Yves Génisson

  DOI：10.1039/c3ra42395f

  日期：——

  The conversion of ceramide into sphingomyelin (SM) was only recently considered in relation to cancer. Overexpression of the CERT protein, responsible for a highly specific inter-organelle ceramide transfer step along the de novo SM synthesis pathway, has been associated with multi-drug resistance of cancer cells. Identification of new CERT antagonists may therefore lead to potential resensitizing agents. This work describes the first attempt to design a ceramide-based fluorescent probe optimised to evaluate the binding of potential CERT ligands. A prototypical structure with an ω-labelled sphingosine backbone was selected. Its possible recognition mode by CERT was first evaluated by means of a precursory molecular modelling study. Three derivatives with various amide chain lengths were prepared and tested. The binding efficiency was shown to be proportional to the lipophilicity of the acyl moiety. The best compound bearing a C16 amide fragment was used to implement a practical binding experiment. Facile assessment of the recognition by the CERT START domain of various structures was thus ensured. Metabolism and imaging experiments were also used to illustrate the capacity of the proposed fluorescent ceramide analogue to mimic the natural ceramide cellular behaviour. This work led to the synthesis and evaluation as an efficient CERT START domain ligand of a ω-biotinylated ceramide, a potential probe to develop the screening of new CERT antagonists.

  神经酰胺向鞘磷脂（SM）的转化直到最近才被认为与癌症有关。CERT 蛋白负责从头合成 SM 途径中一个高度特异的细胞器间神经酰胺转移步骤，它的过表达与癌细胞的多重耐药性有关。因此，鉴定新的 CERT 拮抗剂可能会带来潜在的抗敏药物。这项研究首次尝试设计一种基于陶瓷酰胺的荧光探针，并对其进行了优化，以评估潜在 CERT 配体的结合情况。我们选择了一种具有ω标记鞘磷脂骨架的原型结构。首先通过先导分子建模研究评估了 CERT 可能的识别模式。制备并测试了三种具有不同酰胺链长度的衍生物。结合效率与酰基的亲脂性成正比。含有 C16 氨基酸片段的最佳化合物被用于实际结合实验。这样就确保了对 CERT START 结构域识别各种结构的便捷评估。新陈代谢和成像实验也用来说明拟议的荧光神经酰胺类似物模仿天然神经酰胺细胞行为的能力。通过这项工作，我们合成并评估了一种ω-生物素化神经酰胺的高效 CERT START 结构域配体，它是筛选新型 CERT 拮抗剂的潜在探针。