methyl 2-acetamido-4-O-benzyl-2-deoxy-3-O-((R)-1-(methoxycarbonyl)ethyl)-β-D-glucopyranoside | 1266211-77-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: methyl 2-acetamido-4-O-benzyl-2-deoxy-3-O-((R)-1-(methoxycarbonyl)ethyl)-β-D-glucopyranoside
• 英文别名: methyl (2R)-2-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-2-(hydroxymethyl)-6-methoxy-3-phenylmethoxyoxan-4-yl]oxypropanoate
• CAS: 1266211-77-1
• 化学式: C₂₀H₂₉NO₈
• 分子量: 411.452
• InChiKey: UDNFPHCZBKAFRH-JGVQIMAZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.3
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 2-acetamido-4-O-benzyl-2-deoxy-3-O-((R)-1-(methoxycarbonyl)ethyl)-β-D-glucopyranoside 在 吡啶 、 lithium hydroxide 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 为溶剂， 生成 (2R)-2-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-2-(acetyloxymethyl)-6-methoxy-3-phenylmethoxyoxan-4-yl]oxypropanoic acid
  参考文献：
  名称：

  淋病奈瑟氏球菌肽聚糖修饰酶O-乙酰肽肽聚糖酯酶（Ape1）的水溶性底物

  摘要：

  肽聚糖是细菌细胞壁的组成部分，对于维持细胞的形状和刚性至关重要。这样，由N-乙酰基葡糖胺（GlcNAc）和N-乙酰基尿酸（MurNAc）的交替单元组成的其聚合结构也是宿主防御酶如溶菌酶的作用的靶标。许多细菌已经开发出通过添加糖苷配基部分来掩盖其细胞壁免受这些环境危害的方法，所述糖苷配基部分阻止识别或在空间上阻碍外源酶的降解作用，否则会损害细胞。肽聚糖乙酰基转移酶（Pat's）和O-乙酰基肽聚糖酯酶（Ape's）是负责将乙酸盐控制添加到肽聚糖中MurNAc残基的C-6羟基上并从中去除的酶。对淋病奈瑟氏菌中发现的一种O-乙酰基肽聚糖酯酶Ape1的研究表明，该酶对于细菌生存力是必不可少的，因此为抗菌设计提出了一个有吸引力的目标。由于Ape1的天然底物是不溶性聚合物，因此以前对Ape1的研究受到了阻碍。在本文中，我们概述了水溶性二糖和单糖底物类似物1和2的设计，合成和测试。既1和2作为与APE1的基板k

  DOI：

  10.1021/jo102329c
• 作为产物：
  描述：

  methyl 2-acetamido-4,6-O-benzylidene-3-O-((R)-1'-carboxyethyl)-2-deoxy-β-D-glucopyranoside 在 三乙基硅烷 作用下， 以 甲醇 、 乙醚 、 二氯甲烷 、 甲苯 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 methyl 2-acetamido-4-O-benzyl-2-deoxy-3-O-((R)-1-(methoxycarbonyl)ethyl)-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  淋病奈瑟氏球菌肽聚糖修饰酶O-乙酰肽肽聚糖酯酶（Ape1）的水溶性底物

  摘要：

  肽聚糖是细菌细胞壁的组成部分，对于维持细胞的形状和刚性至关重要。这样，由N-乙酰基葡糖胺（GlcNAc）和N-乙酰基尿酸（MurNAc）的交替单元组成的其聚合结构也是宿主防御酶如溶菌酶的作用的靶标。许多细菌已经开发出通过添加糖苷配基部分来掩盖其细胞壁免受这些环境危害的方法，所述糖苷配基部分阻止识别或在空间上阻碍外源酶的降解作用，否则会损害细胞。肽聚糖乙酰基转移酶（Pat's）和O-乙酰基肽聚糖酯酶（Ape's）是负责将乙酸盐控制添加到肽聚糖中MurNAc残基的C-6羟基上并从中去除的酶。对淋病奈瑟氏菌中发现的一种O-乙酰基肽聚糖酯酶Ape1的研究表明，该酶对于细菌生存力是必不可少的，因此为抗菌设计提出了一个有吸引力的目标。由于Ape1的天然底物是不溶性聚合物，因此以前对Ape1的研究受到了阻碍。在本文中，我们概述了水溶性二糖和单糖底物类似物1和2的设计，合成和测试。既1和2作为与APE1的基板k

  DOI：

  10.1021/jo102329c

文献信息

• Aldehyde‐Based Inhibitors of the Peptidoglycan <i>O</i>‐Acetylesterase Ape
  作者：Dmytro Voskoboinyk、Niusha Mahmoodi、Chang Sheng‐Huei Lin、Michael E. P. Murphy、Martin E. Tanner

  DOI：10.1002/cbic.202300205

  日期：2023.6

  The O‐acetylation of the muramic acid residues in peptidoglycan (PG) is a modification that protects the bacteria from lysis due to the action of lysozyme. In Gram‐negative bacteria, deacetylation is required to allow lytic transglycosylases to promote PG cleavage during cell growth and division. This deacetylation is catalyzed by O‐acetylpeptidoglycan esterase (Ape) which is a serine esterase and employs covalent catalysis via a serine‐linked acyl enzyme intermediate. Loss of Ape activity affects the size and shape of bacteria and dramatically reduces virulence. In this work, we report the first rationally designed aldehyde‐based inhibitors of Ape from Campylobacter jejuni. The most potent of these acts as a competitive inhibitor with a K_i value of 13 μM. We suspect that the inhibitors are forming adducts with the active site serine that closely mimic the tetrahedral intermediate of the normal catalytic cycle. Support for this notion is found in the observation that reduction of the aldehyde to an alcohol effectively abolishes the inhibition.

  摘要肽聚糖（PG）中μramic酸残基的O-乙酰化是一种修饰，可保护细菌不因溶菌酶的作用而溶解。在革兰氏阴性细菌中，需要进行脱乙酰化，以使溶菌性转糖基化酶在细胞生长和分裂过程中促进肽聚糖的裂解。这种去乙酰化作用由 O-乙酰肽聚糖酯酶（Ape）催化，Ape 是一种丝氨酸酯酶，通过丝氨酸连接的酰基酶中间体进行共价催化。Ape 活性的丧失会影响细菌的大小和形状，并显著降低毒力。在这项工作中，我们报告了首个合理设计的空肠弯曲杆菌 Ape 醛基抑制剂。其中最有效的抑制剂是 Ki 值为 13 μM 的竞争性抑制剂。我们怀疑抑制剂正在与活性位点丝氨酸形成加合物，这种加合物与正常催化循环的四面体中间体非常相似。将醛还原成醇可有效地消除抑制作用，这一观察结果支持了上述观点。
• Water-Soluble Substrates of the Peptidoglycan-Modifying Enzyme <i>O-</i>Acetylpeptidoglycan Esterase (Ape1) from <i>Neisseria gonorrheae</i>
  作者：Timin Hadi、John M. Pfeffer、Anthony J. Clarke、Martin E. Tanner

  DOI：10.1021/jo102329c

  日期：2011.2.18

  of the water-soluble di- and monosaccharide substrate analogues 1 and 2. Both 1 and 2 serve as substrates of Ape1 with kcat/KM values of (5.1 ± 1.7) × 103 M−1 s−1 and (3.1 ± 0.8) × 103 M−1 s−1, respectively. It was determined that the substitution of the GlcNAc residue in compound 1 with an O-benzyl group in compound 2 did not significantly decrease the enzyme’s affinity for the monosaccharide. These

  肽聚糖是细菌细胞壁的组成部分，对于维持细胞的形状和刚性至关重要。这样，由N-乙酰基葡糖胺（GlcNAc）和N-乙酰基尿酸（MurNAc）的交替单元组成的其聚合结构也是宿主防御酶如溶菌酶的作用的靶标。许多细菌已经开发出通过添加糖苷配基部分来掩盖其细胞壁免受这些环境危害的方法，所述糖苷配基部分阻止识别或在空间上阻碍外源酶的降解作用，否则会损害细胞。肽聚糖乙酰基转移酶（Pat's）和O-乙酰基肽聚糖酯酶（Ape's）是负责将乙酸盐控制添加到肽聚糖中MurNAc残基的C-6羟基上并从中去除的酶。对淋病奈瑟氏菌中发现的一种O-乙酰基肽聚糖酯酶Ape1的研究表明，该酶对于细菌生存力是必不可少的，因此为抗菌设计提出了一个有吸引力的目标。由于Ape1的天然底物是不溶性聚合物，因此以前对Ape1的研究受到了阻碍。在本文中，我们概述了水溶性二糖和单糖底物类似物1和2的设计，合成和测试。既1和2作为与APE1的基板k