allyl 3'-O-(5'-O-tert-butyldimethylsilyl)thymidinyl 5'-O-(3'-O-tert-butyldimethylsilyl)-5'(R)-C-vinylthymidinyl phosphoric ester | 404853-30-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: allyl 3'-O-(5'-O-tert-butyldimethylsilyl)thymidinyl 5'-O-(3'-O-tert-butyldimethylsilyl)-5'(R)-C-vinylthymidinyl phosphoric ester
• 英文别名: [(1R)-1-[(2S,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]prop-2-enyl] [(2R,3S,5R)-2-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] prop-2-enyl phosphate
• CAS: 404853-30-1
• 化学式: C₃₇H₆₁N₄O₁₂PSi₂
• 分子量: 841.056
• InChiKey: QFMJGVDRQCDOFG-QYQDZXHXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.96
• 重原子数：
  56
• 可旋转键数：
  18
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.68
• 拓扑面积：
  181
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  allyl 3'-O-(5'-O-tert-butyldimethylsilyl)thymidinyl 5'-O-(3'-O-tert-butyldimethylsilyl)-5'(R)-C-vinylthymidinyl phosphoric ester 在 RuCl2(1,3-dimesityl-imidazolidin-2-yl)(PCy3)(=CHPh) 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以31%的产率得到1(S_P)-(2(R)-(tert-butyldimethylsilyl)oxymethyl-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-3(S)-oxyl)-3(R)-(3(S)-(tert-butyldimethylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-1-oxo-3,6-dihydro-2,7-dioxaphosphepine
  参考文献：
  名称：

  构象受限的环状磷酸三酯键合二核苷酸的合成及NMR研究

  摘要：

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01047-x
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(叔丁基二甲基硅烷基)胸苷 在 四氮唑 、 叔丁基过氧化氢 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 allyl 3'-O-(5'-O-tert-butyldimethylsilyl)thymidinyl 5'-O-(3'-O-tert-butyldimethylsilyl)-5'(R)-C-vinylthymidinyl phosphoric ester
  参考文献：
  名称：

  构象受限的环状磷酸三酯键合二核苷酸的合成及NMR研究

  摘要：

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01047-x