2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxanediyl)cytidine | 102434-71-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxanediyl)cytidine
• 英文别名: 3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisilyloxane-1,3-diyl)-2'-deoxycytosine；2'-deoxy-3',5'-di-O-1,1,3,3-(tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine；1-[(6aR,8R,9aS)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-4-aminopyrimidin-2-one
• CAS: 102434-71-9
• 化学式: C₂₁H₃₉N₃O₅Si₂
• 分子量: 469.729
• InChiKey: SDGWQDHHQAJTDI-NLWGTHIKSA-N

物化性质

• 沸点：
  483.7±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.19±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.07
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  95.6
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxanediyl)cytidine 在 吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 4-N-Phenylacetyl-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  The Phenylacetyl Group—The First Amino Protecting Group That Can Be Removed Enzymatically from Oligonucleotides in Solution and on a Solid Support

  摘要：

  Penicillin G acylase from E. coli was used to cleave the phenylacetyl group—the first enzyme‐labile protecting group for the amino function of nucleobases. Now protected oligonucleotides can be unmasked both in solution and on solid supports with this versatile enyzme under mild conditions (pH 7, room temperature). These results may lead to the development of new enzymatic reactions in oligonucleotide and solid‐phase chemistry as well as in combinatorial chemistry.

  DOI：

  10.1002/anie.199706471
• 作为产物：
  描述：

  1,3二氯-1,1,3,3-四异丙基二硅氧烷 、 2'-脱氧胞嘧啶核苷 在 吡啶 作用下， 反应 4.0h， 以55%的产率得到2'-deoxy-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxanediyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  非水介质中核苷与羟基自由基的反应性

  摘要：

  DNA损伤：HO的反应性。通过时间分辨技术研究了乙腈中甲硅烷基化的2'-脱氧核糖核苷的含量。所获得的速率常数通常略低于在水中报道的天然核苷的速率常数。通过UPLC-MS分析反应混合物，发现HO 。攻击发生在核碱基上（见方案）。

  DOI：

  10.1002/chem.201201090

文献信息

• SENSITIVE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS USING SULFUR-BASED FUNCTIONS AS PROTECTING GROUPS AND LINKERS
  申请人：Fang Shiyue

  公开号：US20210032281A1

  公开（公告）日：2021-02-04

  Embodiments for the synthesis of sensitive oligonucleotides as well as insensitive oligonucleotides are provided. Sulfur-based groups are used for the protection of exo-amino groups of nucleobases, phosphate groups and 2′-OH groups, and as cleavable linker for linking oligonucleotides to a support. Oligonucleotide syntheses are achieved under typical conditions using phosphoramidite chemistry with important modifications. To prevent replacing sulfur-based protecting groups by acyl groups via cap-exchange, special capping agents are used. To retain hydrophobic tag to assist RP HPLC purification, special phosphoramidites are used in the last synthetic cycle. With the sulfur-based groups for protection and linking, oligonucleotide deprotection and cleavage are achieved via oxidation followed by beta-elimination under mild conditions. Therefore, besides for insensitive oligonucleotide synthesis, the embodiments of the invention are capable for the synthesis of oligonucleotide analogs containing sensitive functional groups that cannot survive the harsh conditions used in prior art oligonucleotide synthesis technologies.

  本发明提供了用于合成敏感寡核苷酸和不敏感寡核苷酸的实施方案。使用基于硫的基团来保护核苷酸碱基的exo-氨基团、磷酸基团和2′-OH基团，并且作为可裂解的连接剂将寡核苷酸连接到支持物上。寡核苷酸的合成是在典型条件下使用磷酰亚胺化学进行的，并进行了重要的修改。为了防止通过帽交换将基于硫的保护基团替换为酰基，使用了特殊的封端剂。为了保留亲脂性标签以协助反相高效液相色谱（RP HPLC）纯化，在最后的合成周期中使用了特殊的磷酰亚胺。使用基于硫的基团进行保护和连接，寡核苷酸的脱保护和裂解是通过氧化随后在温和条件下进行beta-消除实现的。因此，除了用于不敏感寡核苷酸的合成外，本发明的实施方案还能够合成包含在先前的寡核苷酸合成技术中使用的严酷条件下无法存活的敏感功能团的寡核苷酸类似物。
• Electrophilic oligodeoxynucleotide synthesis using dM-Dmoc for amino protection
  作者：Shahien Shahsavari、Dhananjani N A M Eriyagama、Bhaskar Halami、Vagarshak Begoyan、Marina Tanasova、Jinsen Chen、Shiyue Fang

  DOI：10.3762/bjoc.15.108

  日期：——

  Solid-phase synthesis of electrophilic oligodeoxynucleotides (ODNs) was achieved using dimethyl-Dmoc (dM-Dmoc) as amino protecting group. Due to the high steric hindrance of the 2-(propan-2-ylidene)-1,3-dithiane side product from deprotection, the use of excess nucleophilic scavengers such as aniline to prevent Michael addition of the side product to the deprotected ODN during ODN cleavage and deprotection

  使用二甲基-Dmoc（dM-Dmoc）作为氨基保护基，实现了亲电性寡聚脱氧核苷酸（ODN）的固相合成。由于2-（丙烷-2-亚烷基）-1,3-二硫杂环丁烷副产物脱保护的高度位阻，因此在使用期间使用过量的亲核清除剂（例如苯胺）可防止将副产物迈克尔加成到脱保护的ODN中不再需要ODN裂解和脱保护。五个ODN（包括三个修饰的ODN）的合成和表征证明了改进的技术。改性的ODN含有亲电子基团乙酯，α-氯酰胺和硫代酯。使用该技术，可以将敏感组安装在ODN序列内的任何位置，而无需使用任何特定于序列或功能的条件和程序。
• Hydrogen peroxide-triggered gene silencing in mammalian cells through boronated antisense oligonucleotides
  作者：Shohei Mori、Kunihiko Morihiro、Takumi Okuda、Yuuya Kasahara、Satoshi Obika

  DOI：10.1039/c7sc04318j

  日期：——

  Hydrogen peroxide (H2O2) is a reactive oxygen species (ROS) involved in various diseases, including neurodegeneration, diabetes, and cancer. Here, we introduce a new approach to use H2O2 to modulate specific gene expression in mammalian cells. H2O2-responsive nucleoside analogues, in which the Watson–Crick faces of the nucleobases are caged by arylboronate moieties, were synthesized. One of these analogues

  过氧化氢 (H 2 O 2 ) 是一种活性氧 (ROS)，与多种疾病有关，包括神经退行性疾病、糖尿病和癌症。在这里，我们介绍了一种使用 H 2 O 2调节哺乳动物细胞中特定基因表达的新方法。合成了H 2 O 2响应性核苷类似物，其中核碱基的 Watson-Crick 面被芳基硼酸酯部分笼住。使用自动化 DNA 合成仪将其中一种类似物硼化胸苷 ( dTB ) 掺入寡脱氧核苷酸 (ODN) 中。添加 H 2 O 2后，该硼化 ODN 与互补 RNA 的杂交能力明显从关闭到开启方向切换。此外，我们使用dTB修饰的反义寡核苷酸 (ASO) 证明了 H 2 O 2在哺乳动物细胞中触发基因沉默。我们的方法可用于通过硼化 ASO 的序列设计来调节任何感兴趣的基因，并将有助于靶向疾病疗法的开发。
• Solid-Phase Oligodeoxynucleotide Synthesis:  A Two-Step Cycle Using Peroxy Anion Deprotection
  作者：Agnieszka B. Sierzchala、Douglas J. Dellinger、Jason R. Betley、Tadeusz K. Wyrzykiewicz、Christina M. Yamada、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1021/ja030376n

  日期：2003.11.1

  phosphoramidite based oligodeoxynucleotide two-step synthesis method has been developed. Keys to this method are replacement of the 5'-dimethoxytrityl blocking group with an aryloxycarbonyl and the use of N-dimethoxytrityl protection for the exocyclic amines of adenine and cytosine. With these modifications, coupling of each 2'-deoxynucleoside 3'-phosphoramidite to the growing oligodeoxynucleotide

  开发了一种新型固相亚磷酰胺基寡脱氧核苷酸两步合成方法。该方法的关键是用芳氧基羰基替换 5'-二甲氧基三苯甲基封闭基团，并使用 N-二甲氧基三苯甲基保护腺嘌呤和胞嘧啶的环外胺。通过这些修饰，每个 2'-脱氧核苷 3'-亚磷酰胺与固体支持物上生长的寡脱氧核苷酸偶联后，可以用缓冲在 pH 9.6 的过氧阴离子的水性混合物处理。该试剂有效去除碳酸酯保护基团，同时氧化亚磷酸酯核苷酸间键。因此，新的两步合成循环是可能的。
• Nucleotides. Part LXXV
  作者：Thomas Maier、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.200900198

  日期：2009.12

  On the same basis, labeling of 3 and 4 with 5‐aminofluorescein (14) was achieved to give the conjugates 15 and 17, respectively (Scheme 1). Treatment of 17 with 2‐(4‐nitrophenyl)ethanol in a Mitsunobu reaction led to double protection of the fluorescein moiety (→18) and desilylation yielded 19. Dimethoxytritylation (→20) and subsequent phosphitylations afforded the new building blocks 21 and 22. Synthesis

  的2'-脱氧的反应性ñ 4 - （苯氧基羰基）胞苷衍生物3和4与芳族胺进行了研究，以形成新型脲衍生物（见5 - 10）。在相同的基础上，标记3和4与5-氨基荧光素（14）达到，得到偶联物15和17，分别为（方案1）。在Mitsunobu反应中用2-（4-硝基苯基）乙醇处理17会导致荧光素部分的双重保护（→ 18）并发生甲硅烷基化反应，生成19。二甲氧基三苯甲基化（→ 20）和随后的磷酸化提供了新的结构单元21和22。通过21与23至26的缩合反应实现完全保护的三聚体28的合成，在去三苯甲基化（→ 27）后将其与25偶合，得到28（方案2）。用1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯（DBU）一步一步完成所有保护基的脱保护，得到29。decamer 5'-d（C Flu CCG GCC CGC）-3'（33）的合成始于30将其连接到固相支持物上，然后在5'末端加长31、32和22（C Flu