3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-((2,4,6-triisopropylphenyl)sulfonyl)-2'-deoxyuridine | 136055-13-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-((2,4,6-triisopropylphenyl)sulfonyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 2'-deoxy-3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-[(2,4,6-triisopropylbenzene)sulfonyl]uridine；1-((2R,4S,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)-tetrahydrofuran-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonate；3'-5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-6-O-(2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl)-2'-deoxyuridine；[1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl] 2,4,6-tri(propan-2-yl)benzenesulfonate
• CAS: 136055-13-5
• 化学式: C₃₆H₆₂N₂O₇SSi₂
• 分子量: 723.134
• InChiKey: WLXXYHJUJONONI-XAGDYJCDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.08
• 重原子数：
  48
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.72
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-((2,4,6-triisopropylphenyl)sulfonyl)-2'-deoxyuridine 在 ammonium hydroxide 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 3.5h， 生成 2'-deoxy-4-thiouridine
  参考文献：
  名称：

  S-氰乙基保护的4-硫尿苷和2'-脱氧-4-硫尿苷的合成及稳定性

  摘要：

  提出了方便的制备S-（2-氰乙基）保护的2'-脱氧-4-硫尿苷（5a）和4-硫尿苷（5b）的方法。该小号氰乙基保护基团是稳定的固相寡核苷酸合成的亚磷酰胺方法中通常遇到的试剂，并使用浓NH容易脱保护4 OH在25℃下。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(91)80679-z
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 3',5'-bis-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4-O-((2,4,6-triisopropylphenyl)sulfonyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  dA和dC残留物的波长选择性解笼

  摘要：

  硝基二苯并呋喃（NDBF）基团被用作对光不稳定的“笼型”基团，以暂时掩盖dA和dC残基的沃森-克里克相互作用。它们显示出改进的掩蔽能力，并且在这些位置的光脱保护效率比1-（邻硝基苯基）-乙基（NPE）笼蔽基团高12倍。此外，在NPE基团的存在下，NDBF基团可以波长选择性地除去。这将使寡核苷酸具有更复杂的（解笼）策略-超出通常的不可逆触发。

  DOI：

  10.1021/ol200141v

文献信息

• 4-vinyl-substituted pyrimidine nucleosides exhibit the efficient and selective formation of interstrand cross-links with RNA and duplex DNA
  作者：Atsushi Nishimoto、Daichi Jitsuzaki、Kazumitsu Onizuka、Yosuke Taniguchi、Fumi Nagatsugi、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1093/nar/gkt197

  日期：2013.7

  substrates indicated that interstrand cross-link formation is preferential for the adenine base on the 5′-side of the opposing uridine. In the absence of a 5′-adenine, a uridine at the opposite position underwent cross-linking. The oligodeoxynucleotides probe incorporating the T-vinyl derivative efficiently formed interstrand cross-links in parallel-type triplex DNA with high selectivity for dA in the

  核酸中链间交联的形成会对核酸的生物学功能产生强烈影响；因此，已经开发了许多用于生物应用的交联剂。尽管进行了大量研究，但仍然需要兼具效率和选择性的交联剂。在这项研究中，胸苷的 4-乙烯基取代类似物（T-乙烯基衍生物）被设计为一种新的交联剂，其中乙烯基朝向 Watson-Crick 面，与腺嘌呤碱基。链间交联与 T-乙烯基衍生物相对位点的 RNA 底物上的尿苷快速且选择性地形成。在改变 RNA 底物的侧翼碱基时对交联形成的详细分析表明，链间交联形成优先于相对尿苷 5' 侧的腺嘌呤碱基。在没有 5'-腺嘌呤的情况下，相反位置的尿苷发生交联。结合 T-乙烯基衍生物的寡脱氧核苷酸探针有效地在平行型三链 DNA 中形成链间交联，对高嘌呤链中的 dA 具有高选择性。T-乙烯基衍生物的效率和选择性说明了其在生物和材料研究中作为独特工具的潜在用途。结合 T-乙烯基衍生物的寡脱氧核苷酸探针有效地在平行型三链 DNA
• Optimal Destabilization of DNA Double Strands by Single-Nucleobase Caging
  作者：Patrick Seyfried、Marcel Heinz、György Pintér、Dean-Paulos Klötzner、Yvonne Becker、Michael Bolte、Hendrik R. A. Jonker、Lukas S. Stelzl、Gerhard Hummer、Harald Schwalbe、Alexander Heckel

  DOI：10.1002/chem.201804040

  日期：2018.11.27

  developed to identify protecting group derivatives with superior caging properties. Bulky rests are attached to the cage moiety via Cu‐catalyzed azide–alkyne cycloaddition post‐synthetically on DNA. Interestingly, the decrease in melting temperature upon introducing o‐nitrobenzyl‐caged (NPBY‐) and diethylaminocoumarin‐cages (DEACM‐) in DNA duplexes reaches a limiting value. NMR spectroscopy was used to

  光不稳定的保护基被广泛用于触发寡核苷酸活性。开/关幅度是一个关键参数。已经开发出实验装置以鉴定具有优异笼蔽性质的保护基衍生物。大块的残基通过铜催化的叠氮化物-炔烃环加成反应，在DNA上合成后附着在笼子部分。有趣的是，引入o后熔融温度降低DNA双链体中的‐硝基苄基笼（NPBY‐）和二乙基氨基香豆素笼（DEACM‐）达到极限值。NMR光谱用于表征各个碱基对的稳定性，并确定选定数量的光笼DNA分子的实验结构。实验结构与MD模拟预测的结构吻合良好。综合起来，结构数据表明，一旦添加空间要求基团以生成三取代碳，空间要求较低的笼部分就指向相邻的核苷，而较大的取代基仍保留在主凹槽中。
• A General Route to 4-C-Substituted Pyrimidine Nucleosides
  作者：Thomas Carell、Ulrich Hennecke、David Kuch

  DOI：10.1055/s-2007-965935

  日期：2007.3

  Palladium-catalyzed cross-coupling reactions of tin and zinc nucleophiles with arylsulfonates of pyrimidine nucleosides have been achieved to give a wide range of 4-C-substituted pyrimidine nucleosides. This method also allows the construction of pyrimidine-pyrimidinone dinucleosides, containing the carbon skeleton of the (6-4) DNA photo lesion.

  在钯催化下，锡和锌亲核物与嘧啶核苷的芳基磺酸盐发生了交叉偶联反应，生成了多种 4-C 取代的嘧啶核苷。这种方法还可以构建含有 (6-4) DNA 光变碳骨架的嘧啶-嘧啶酮二核苷。
• Recognition of 8-Oxo-2′-deoxyguanosine in DNA Using the Triphosphate of 2′-Deoxycytidine Connecting the 1,3-Diazaphenoxazine Unit, dCdapTP
  作者：Takato Sakurada、Yuta Chikada、Ryo Miyahara、Yosuke Taniguchi

  DOI：10.3390/molecules29102270

  日期：——

  attempted to develop a novel method to detect oxodG in DNA using artificial nucleosides. Recently, we have succeeded in the recognition of oxodG in DNA by a single nucleotide elongation reaction using nucleoside derivatives based on a purine skeleton with a 1,3-diazaphenoxazine unit. In this study, we developed a new nucleoside derivative with a pyrimidine skeleton in order to further improve the recognition

  DNA不断受到各种外部和内部因素的损害。特别是，氧化损伤发生在稳态下，8-氧代-2'-脱氧鸟苷（oxodG）被认为是主要的氧化损伤。 OxodG 是一种强基因毒性核苷，被认为参与癌症和神经系统疾病的发病机制。然而，尚未开发出检测 oxodG 在 DNA 中位置的突破性方法。因此，我们尝试开发一种使用人工核苷检测DNA中oxodG的新方法。最近，我们使用基于带有1,3-二氮杂吩恶嗪单元的嘌呤骨架的核苷衍生物，通过单核苷酸延伸反应成功地识别了DNA中的oxodG。在本研究中，我们开发了一种具有嘧啶骨架的新型核苷衍生物，以进一步提高识别能力和酶促反应效率。因此，我们设计并合成了2'-脱氧胞苷-1,3-二氮杂吩恶嗪（Cdap）及其三磷酸衍生物。结果表明，相对于dG模板，它由于其胞苷骨架而被掺入引物链中，但在oxodG模板的互补位置更有效。这些结果表明新的核苷衍生物可以被认为是检测DNA中oxodG的新候选者之一。
• Discovery and Synthesis of New UV-Induced Intrastrand C(4−8)G and G(8−4)C Photolesions
  作者：Martin Münzel、Claudia Szeibert、Andreas F. Glas、Daniel Globisch、Thomas Carell

  DOI：10.1021/ja111304f

  日期：2011.4.13

  UV irradiation of cellular DNA leads to the formation of a number of defined mutagenic DNA lesions. Here we report the discovery of new intrastrand C(4-8)G and G(8-4)C cross-link lesions in which the C(4) amino group of the cytosine base is covalently linked to the C(8) position of an adjacent dG base. The structure of the novel lesions was clarified by HPLC-MS/MS data for UV-irradiated DNA in combination with chemical synthesis and direct comparison of the synthetic material with irradiated DNA. We also report the ability to generate the lesions directly in DNA with the help of a photoactive precursor that was site-specifically incorporated into DNA. This should enable detailed chemical and biochemical investigations of these lesions.