1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose | 1233209-68-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: 1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
• 英文别名: (2R,3S,5R)-5-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• CAS: 1233209-68-1
• 化学式: C₉H₁₀Cl₂N₂O₃
• 分子量: 265.096
• InChiKey: CNAPVJIGAOZAKU-RRKCRQDMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.3
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  75.5
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose 在 氨 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 168.0h， 以74%的产率得到1β-(2-chloro-4-aminoyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  通过 2,4-二氯嘧啶核苷的顺序区域选择性反应合成 2,4-二取代的嘧啶-5-基 C-2'-脱氧核糖核苷

  摘要：

  通过 2,6-二氯嘧啶-5-基 C-核苷的顺序区域选择性反应，开发了多种 2,4-二取代嘧啶-5-基 C-2'-脱氧核糖核苷的新模块合成。中间体通过 2,6-二氯-5-碘嘧啶与乙二醇的 Heck 偶联制备，然后脱甲硅烷基化和还原。其温和的亲核取代或与 MeMgCl 的 Fe 催化交叉偶联在位置 4 处区域选择性地进行，而在升高的温度或过量的 MeMgCl 下，发生双取代。2-氯-4-取代的中间体经过另一次取代或偶联得到2,4-二取代的衍生物。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201000164
• 作为产物：
  描述：

  1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2,3-trideoxy-3-oxo-D-ribofuranose 在 三乙酰氧基硼氢化钠 、 溶剂黄146 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.25h， 以70%的产率得到1β-(2,4-dichloropyrimidin-5-yl)-1,2-dideoxy-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  遗传密码扩展有利于生物物理研究中 RNA 的位置选择性标记

  摘要：

  大自然依赖于高保真度地读取和合成遗传密码。因此，与规范的 A-T 和 G-C 碱基对正交的核酸构件特别适合促进核酸的位置特异性标记。在这里，我们使用正交 kappa-黄苷碱基对进行标记 RNA 的体外转录。我们设计了一种改进的合成路线，在固相合成中获得 kappa 核苷脱氧形式的亚磷酰胺。通过该 DNA 模板，我们证明了体外转录过程中黄嘌呤核苷的可靠掺入。使用核磁共振波谱法，我们表明黄嘌呤核苷仅在 RNA 螺旋中引入微小的结构变化。我们还合成了一种可点击的 7-脱氮黄苷，它允许用荧光团或其他标签对转录的 RNA 分子进行位点特异性修饰。

  DOI：

  10.1002/chem.201904623

文献信息

• Synthesis of 4-Aminophthalimide and 2,4-Diaminopyrimidine <i>C</i>-Nucleosides as Isosteric Fluorescent DNA Base Substitutes
  作者：Michael Weinberger、Falko Berndt、Rainer Mahrwald、Nikolaus P. Ernsting、Hans-Achim Wagenknecht

  DOI：10.1021/jo302768f

  日期：2013.3.15

  be further processed to the corresponding phosphoramidite as DNA building blocks that allow incorporation of these chromophores as artificial DNA bases by automated DNA synthesis. The combination of the poor stacking properties of 1 and the hydrogen bonding interface at the phthalimide functionality that does not fit to any of natural DNA bases in the counterstrand yields destabilization of the duplex

  4 aminophthalimide C-核苷1被设计为一个等量DNA碱基替代，以及合成路线核苷1与2,4-二氨基嘧啶-C-核苷一起2作为一个潜在的counterbase被制定。两种合成途径中的关键步骤均代表与2'-脱氧核糖呋喃糖苷糖基的立体选择性Heck型钯催化的交叉偶联，然后由NaBH（OAc）3进行立体选择性还原。核苷1在高极性和具有氢键合能力的溶剂中显示出溶剂化荧光色行为和明显的红移荧光。核苷1和2可以进一步加工成相应的亚磷酰胺作为DNA构建基块，从而可以通过自动DNA合成将这些生色团作为人工DNA碱基掺入。1的较差堆积特性和邻苯二甲酰亚胺官能团上的氢键键合界面（不适合反链中的任何天然DNA碱基）的组合会导致双链体在4-11°C时不稳定。代表性双链DNA中1的荧光特征是较大的斯托克斯位移和约12％的量子产率。考虑到发色团的尺寸非常小，这些都是非凡的光学性质，表明这些核苷类似物在荧光DNA分析和成像中具有很高的潜力。
• Development of novel C-nucleoside analogues for the formation of antiparallel-type triplex DNA with duplex DNA that includes TA and dUA base pairs
  作者：Yosuke Taniguchi、Yuya Magata、Takayuki Osuki、Ryotaro Notomi、Lei Wang、Hidenori Okamura、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1039/d0ob00420k

  日期：——

  Expansion of the triplex DNA forming sequence is required in the genomic targeting fields. Basically, triplex DNA is formed by the interaction between the triplex-forming oligonucleotides and homo-purine region with the target duplex DNA. The presence of the base pair conversion sites hampers stable triplex formation. To overcome this limitation, it is necessary to develop an artificial nucleic acid

  在基因组靶向领域中需要扩大三链DNA形成序列。基本上，三链体DNA是通过三链体形成寡核苷酸和高嘌呤区与靶双链体DNA之间的相互作用形成的。碱基对转化位点的存在妨碍稳定的三链体形成。为了克服该限制，必须开发一种人工核酸以识别碱基转化位点以及CG和TA碱基对。我们描述了C-核苷类似物的合成和三链体形成能力的评估。因此，组合使用新颖C-核苷类似物，AY - AY-d（Y-NH 2），AY-d（Y-C1）和我AP-d（Y-CL），能够识别双链DNA的包括TA或dUA碱基对。
• Synthesis of 2,4-Disubstituted Pyrimidin-5-yl C-2′-Deoxyribonucleosides by Sequential Regioselective Reactions of 2,4-Dichloropyrimidine Nucleosides
  作者：Tomáš Kubelka、Lenka Slavětínská、Blanka Klepetářová、Michal Hocek

  DOI：10.1002/ejoc.201000164

  日期：2010.5

  A new modular synthesis of diverse 2,4-disubstituted pyrimidin-5-yl C-2′-deoxyribonucleosides by sequential regioselective reactions of 2,6-dichloropyrimidin-5-yl C-nucleosides was developed. The intermediate was prepared by the Heck coupling of 2,6-dichloro-5-iodopyrimidine with glycal followed by desilylation and reduction. Its mild nucleophilic substitutions or Fe-catalyzed cross-coupling with MeMgCl

  通过 2,6-二氯嘧啶-5-基 C-核苷的顺序区域选择性反应，开发了多种 2,4-二取代嘧啶-5-基 C-2'-脱氧核糖核苷的新模块合成。中间体通过 2,6-二氯-5-碘嘧啶与乙二醇的 Heck 偶联制备，然后脱甲硅烷基化和还原。其温和的亲核取代或与 MeMgCl 的 Fe 催化交叉偶联在位置 4 处区域选择性地进行，而在升高的温度或过量的 MeMgCl 下，发生双取代。2-氯-4-取代的中间体经过另一次取代或偶联得到2,4-二取代的衍生物。
• Genetic Code Expansion Facilitates Position‐Selective Labeling of RNA for Biophysical Studies
  作者：Andreas Hegelein、Diana Müller、Sylvester Größl、Michael Göbel、Martin Hengesbach、Harald Schwalbe

  DOI：10.1002/chem.201904623

  日期：2020.2.6

  synthesizing the genetic code with high fidelity. Nucleic acid building blocks that are orthogonal to the canonical A‐T and G‐C base‐pairs are therefore uniquely suitable to facilitate position‐specific labeling of nucleic acids. Here, we employ the orthogonal kappa‐xanthosine‐base‐pair for in vitro transcription of labeled RNA. We devised an improved synthetic route to obtain the phosphoramidite of the

  大自然依赖于高保真度地读取和合成遗传密码。因此，与规范的 A-T 和 G-C 碱基对正交的核酸构件特别适合促进核酸的位置特异性标记。在这里，我们使用正交 kappa-黄苷碱基对进行标记 RNA 的体外转录。我们设计了一种改进的合成路线，在固相合成中获得 kappa 核苷脱氧形式的亚磷酰胺。通过该 DNA 模板，我们证明了体外转录过程中黄嘌呤核苷的可靠掺入。使用核磁共振波谱法，我们表明黄嘌呤核苷仅在 RNA 螺旋中引入微小的结构变化。我们还合成了一种可点击的 7-脱氮黄苷，它允许用荧光团或其他标签对转录的 RNA 分子进行位点特异性修饰。
• A General Regioselective Approach to 2,4-Disubstituted Pyrimidin-5-yl C-2-Deoxyribonucleosides
  作者：Michal Hocek、Tomáš Kubelka、Lenka Slavětínská

  DOI：10.1055/s-0031-1289694

  日期：2012.3

  new modular synthesis of diverse 2,4-disubstituted pyrimidin-5-yl C-2′-deoxyribonucleosides by sequential regioselective reactions of 2,6-dichloropyrimidin-5-yl C-nucleoside was developed. The intermediate was prepared by the Heck coupling of 2,6-dichloro-5-iodopyrimidine with glycal followed by desilylation and reduction. Its mild nucleophilic substitutions or cross-coupling reactions proceeded regioselectively

  的多样2,4-二取代的嘧啶-5-基甲新的模块化合成Ç通过2,6-二氯嘧啶-5-基的区域选择性顺序反应-2'-脱氧核糖核苷Ç核苷被开发。通过将2，6-二氯-5-碘嘧啶与糖类进行Heck偶联，然后进行甲硅烷基化和还原来制备中间体。其轻度的亲核取代或交叉偶联反应在第4位区域选择性进行，而在高温或过量试剂的作用下，发生了双重取代。对2-氯-4-取代的中间体进行另一次取代或偶联，以得到各种2，4-二取代的嘧啶-5-基C -2-脱氧核糖核苷酸的二维文库。 核苷-交叉偶联-Heck反应-亲核芳族取代-区域选择性