(R)-1,5-dimethyl 2-(2-fluoro-5-formylbenzamido)pentanedioate | 1310744-58-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (R)-1,5-dimethyl 2-(2-fluoro-5-formylbenzamido)pentanedioate
• 英文别名: dimethyl (R)-2-(2-fluoro-5-formylbenzamido)pentanedioate；dimethyl (2R)-2-[(2-fluoro-5-formylbenzoyl)amino]pentanedioate
• CAS: 1310744-58-1
• 化学式: C₁₅H₁₆FNO₆
• 分子量: 325.294
• InChiKey: YSMLNEQWFJABMQ-GFCCVEGCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.9
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  98.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-1,5-dimethyl 2-(2-fluoro-5-formylbenzamido)pentanedioate 在 哌啶 、 溶剂黄146 、 lithium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 15.33h， 生成 (R,Z)-2-(2-fluoro-5-((4-oxo-2-thioxothiazolidin-5-ylidene)methyl)benzamido)pentanedioic acid
  参考文献：
  名称：

  新型的靶向细菌的MurD连接酶的2-thioxothothiazolidin-4-one抑制剂靶向d-Glu-和二磷酸结合位点

  摘要：

  Mur连接酶参与细菌肽聚糖生物合成的细胞质步骤，并且是抗菌药物发现的可行靶标。我们已经设计并合成了结合了谷氨酸部分和2-thioxothothiazolidin-4-one，thiazolidine-2,4-dione，2-iminothiazolidin-4-one或imidzolidine-2,4-dione ring的化合物的重点化学文库通过亚苄基连接。设计这些化合物以靶向MurD活性位点的d -Glu-和二磷酸结合袋，并评估其对大肠杆菌中MurD连接酶的抑制作用。最有效的化合物（R）-9和（S）-9抑制IC 50的MurD分别为45μM和10μM。通过高分辨率NMR光谱确定了MurD活性位点中（R）-9的特异性结合模式。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2011.05.070
• 作为产物：
  描述：

  2-氟-5-醛基苯甲酸 、 D-谷氨酸二甲酯盐酸盐 在 O-(benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium tetrafluoroborate 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 3.25h， 以69%的产率得到(R)-1,5-dimethyl 2-(2-fluoro-5-formylbenzamido)pentanedioate
  参考文献：
  名称：

  新型的靶向细菌的MurD连接酶的2-thioxothothiazolidin-4-one抑制剂靶向d-Glu-和二磷酸结合位点

  摘要：

  Mur连接酶参与细菌肽聚糖生物合成的细胞质步骤，并且是抗菌药物发现的可行靶标。我们已经设计并合成了结合了谷氨酸部分和2-thioxothothiazolidin-4-one，thiazolidine-2,4-dione，2-iminothiazolidin-4-one或imidzolidine-2,4-dione ring的化合物的重点化学文库通过亚苄基连接。设计这些化合物以靶向MurD活性位点的d -Glu-和二磷酸结合袋，并评估其对大肠杆菌中MurD连接酶的抑制作用。最有效的化合物（R）-9和（S）-9抑制IC 50的MurD分别为45μM和10μM。通过高分辨率NMR光谱确定了MurD活性位点中（R）-9的特异性结合模式。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2011.05.070

文献信息

• Structure-Based Design of a New Series of <scp>d</scp>-Glutamic Acid Based Inhibitors of Bacterial UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-<scp>l</scp>-alanine:<scp>d</scp>-glutamate Ligase (MurD)
  作者：Tihomir Tomašić、Nace Zidar、Roman Šink、Andreja Kovač、Didier Blanot、Carlos Contreras-Martel、Andréa Dessen、Manica Müller-Premru、Anamarija Zega、Stanislav Gobec、Danijel Kikelj、Lucija Peterlin Mašič

  DOI：10.1021/jm2002525

  日期：2011.7.14

  MurD ligase is one of the key enzymes participating in the intracellular steps of peptidoglycan biosynthesis and constitutes a viable target in the search for novel antibacterial drugs to combat bacterial drug-resistance. We have designed, synthesized, and evaluated a new series of D-glutamic acid-based Escherichia colt MurD inhibitors incorporating the 5-benzylidenethiazolidin-4-one scaffold. The crystal structure of 16 in the MurD active site has provided a good starting point for the design of structurally optimized inhibitors 73-75 endowed with improved MurD inhibitory potency (IC50 between 3 and 7 mu M). Inhibitors 74 and 75 showed weak activity against Gram-positive Staphylococcus aureus and Enterococcus faecalis. Compounds 73-75, with IC50 values in the low micromolar range, represent the most potent D-Glu-based MurD inhibitors reported to date.
• Novel 2-thioxothiazolidin-4-one inhibitors of bacterial MurD ligase targeting d-Glu- and diphosphate-binding sites
  作者：Tihomir Tomašić、Andreja Kovač、Mihael Simčič、Didier Blanot、Simona Golič Grdadolnik、Stanislav Gobec、Danijel Kikelj、Lucija Peterlin Mašič

  DOI：10.1016/j.ejmech.2011.05.070

  日期：2011.9

  Mur ligases are involved in cytoplasmic steps of bacterial peptidoglycan biosynthesis and are viable targets for antibacterial drug discovery. We have designed and synthesized a focused chemical library of compounds combining the glutamic acid moiety and the 2-thioxothiazolidin-4-one, thiazolidine-2,4-dione, 2-iminothiazolidin-4-one or imidazolidine-2,4-dione ring connected by a benzylidene group.

  Mur连接酶参与细菌肽聚糖生物合成的细胞质步骤，并且是抗菌药物发现的可行靶标。我们已经设计并合成了结合了谷氨酸部分和2-thioxothothiazolidin-4-one，thiazolidine-2,4-dione，2-iminothiazolidin-4-one或imidzolidine-2,4-dione ring的化合物的重点化学文库通过亚苄基连接。设计这些化合物以靶向MurD活性位点的d -Glu-和二磷酸结合袋，并评估其对大肠杆菌中MurD连接酶的抑制作用。最有效的化合物（R）-9和（S）-9抑制IC 50的MurD分别为45μM和10μM。通过高分辨率NMR光谱确定了MurD活性位点中（R）-9的特异性结合模式。